По возвращении митрополита в Киев представители рады явились в его покои с грубым требованием об уходе Владыки с Киевской митрополии. Видя, что угрозы не помогают, члены церковной рады решили пойти другим путем: как-то поздно вечером в лаврскую квартиру митрополита явился священник Фоменко в сопровождении военного и с неожиданной ласковостью стал предлагать Владыке Владимиру патриаршество в украинской Церкви. Однако за это ночные посетители требовали выдать из средств митрополичьего дома сто тысяч рублей.

После заявления митрополита о том, что средства принадлежат всей епархии, которая и распоряжается ими, поведение пришедших стало настолько угрожающим, что митрополит был вынужден пригласить монастырскую братию, чтобы выпроводить непрошенных гостей. Однако они безобразничали в митрополичьих покоях еще часа полтора.

Устроившийся в Лавре архиепископ Алексий Дородницын стал настраивать монахов-украинцев против законного митрополита Владимира в надежде добиться его увольнения и самому управлять украинской церковью.

Обстановка в Лавре накалялась. Примерно 800 монахов, в основном из простых крестьян, становились враждебными канонической власти. Когда в монастырскую среду впервые проникли слухи о возможности покушения на жизнь митрополита, то не только младшая, но даже старшая братия не приняли никаких мер к охране своего архипастыря.

В результате интриг архиепископа Алексия находились монахи, которые притесняли Владыку даже в мелочах. Ему иногда отказывали даже в лошадях для выезда. Он чувствовал себя в митрополичьих покоях Лавры, как в осажденной крепости.

В январе 1918 года в Киев пришла гражданская война. Многие обители и храмы подвергались обстрелу. С 15 января в Лавру долетали ружейные пули и снаряды, а с 22 января монастырь подвергся жесточайшему обстрелу. На следующий день бойцы Красной Армии овладели Лаврой. Во время обстрелов митрополит Владимир молился в храме или у себя в покоях. Последнюю литургию Владыка совершил 21 января, в воскресенье, в великой лаврской церкви. 24 января митрополит в той же церкви служил акафист Успению Божией Матери. Это последнее служение митрополита Владимира в церкви накануне расстрела, по воспоминаниям сослужащих, было особенно проникновенным.

Вечером 25 января пятеро вооруженных людей, войдя в Лавру, спросили одного монаха, где живет митрополит.

В митрополичий дом позвонили. Владыка вышел к убийцам и спросил: "В чем дело?" Трое увели Владыку в комнату и там оставались с ним наедине некоторое время. У дверей поставили караул. Затем повели митрополита в верхние покои.

Через двадцать минут окруженный солдатами митрополит вышел в рясе с панагией и в белом клобуке.

У крыльца к Владыке подошел под благословение его старый келейник Филипп, но матрос оттолкнул его, крича: "Довольно кровопийцам кланяться, наклонялись, будет!" Владыка все-таки подошел к келейнику и благословил его, поцеловал и, пожав руку, сказал: "Прощай, Филипп!" Потом вынул из кармана платок и вытер слезы.

Филипп передавал, что митрополит был спокоен, словно шел служить литургию. Поравнявшись с лаврским собором, митрополит остановился и, перекрестившись, низко поклонился, как бы прощаясь с обителью; он тихо напевал Благообразный Иосиф...

У боковых ворот толпились монахи. Увидев процессию, они молча расступились.

От лаврских ворот к месту расстрела Владыку привезли на автомобиле. Остановились у пригорка между Лаврой и Никольским военным собором. Владыка спросил: "Вы здесь меня хотите расстрелять?" Один из убийц ответил: "А что же, церемониться с тобой, что ли?" Тогда митрополит Владимир спросил разрешения помолиться Богу, на что последовал ответ: "Только поскорей". Воздев руки к небу, Владыка молился вслух: Господи, прости мои согрешения вольныя и невольныя и приими дух мой с миром! Потом благословил крестообразно обеими руками своих убийц и сказал: "Господь вас да простит". Так по-христиански, с молитвой и величайшим мужеством митрополит Владимир принял мученическую смерть.

Из лаврской братии никто не последовал за Владыкой. Всю ночь тело пролежало на пригорке. Убитый лежал на спине, покрытый шубой; при нем не оказалось панагии, клобучного креста, чулок, сапог с галошами и золотых часов с цепочкой. Лишь на другой день его увидела проходившая мимо женщина и принесла ужасную весть в Лавру. Прибывшая на место убийства братия Лавры перенесла тело своего архипастыря, положила его во гроб и на следующий день похоронила его...