В некоторых воспоминаниях говорится о том, что П. А. Флоренский в 1905–1906 годах участвовал в деятельности «Христианского братства борьбы» (В. Ф. Эрн, А. В. Ельчанинов, В. А. Свентицкий, А. Волжский, С. Н. Булгаков, тифлисский священник Иона Брихничев). Дело было скорее так, что, когда друзья–однокашники пригласили П. А. Флоренского к участию в социальноутопической деятельности, он, юношески сочувствуя их пафосу, отозвался положительно, но реального участия в объединении не принял. Нашумевшая же проповедь «Вопль крови», произнесенная П. А. Флоренским 12 марта 1906 года в академической церкви против взаимного кровопролития и смертного приговора лейтенанту П. П. Шмидту, оказалась полной неожиданностью не только для академического начальства, но и для его друзей. За эту проповедь П. А. Флоренский был заключен в губернскую тюрьму на Таганке, где пробыл около недели. Впоследствии, в 1927 году, отец Павел свидетельствовал, что им двигали не политические, а нравственные побуждения. В юные годы для П. А. Флоренского более характерным и определяющим было обращение к опыту народному. Вместе с академическим другом С. С. Троицким П. А. Флоренский ездил в село Толпыгино Костромской губернии (ныне Ивановская область). В этом селе они проводили духовные чтения, проповедовали в храме, собирали фольклор[12], организовали библиотеку.

Но главным устремлением периода учебы в Академии (1904–1908) для П. А. Флоренского было познание духовности, не отвлеченно–философски, а жизненно. В 1904 году П. А. Флоренский поступает под духовное руководство иеромонаха Гефсиманского скита Исидора (ум. 1908), духовного отца старца Варнавы. Пастырский облик и пути руководства епископа Антония и иеромонаха Исидора были различными, но именно их взаимодополнение и совокупность способствовали воцерковлению П. А. Флоренского. Епископ Антоний был исключительно образованным иерархом, он прекрасно знал светскую, особенно античную, культуру, разбирался в науках, считал необходимым готовить особых апологетов, которые занимались бы миссионерством в секуляризованном обществе. Иеромонах Исидор был необразованный простец из крепостных крестьян, его характерные черты — исключительная терпимость и любовь, видение начатков естественного добра даже в нецерковной среде. Было и то, что единило обоих старцев и давало возможность совместного их руководства: глубокая церковность, духовная опытность и рассудительность, черты юродства.

П. А. Флоренский встречался также со схиигуменом Германом и другими старцами Зосимовой пустыни. Во время поездки в Оптину пустынь 7 сентября 1905 года П. А. Флоренский в скиту беседовал со старцем Анатолием (Потаповым) на волновавшую его тему: «Спрашивал я у о. Анатолия насчет законности занятий философией и наукой и объяснил, что мой вопрос по поводу предъявляемых мне тезисов «философия или Христос»! О. Анатолий советовал познакомиться с Иоанном Кронштадтским или написать ему свои вопросы; молиться при всяком деле и испрашивать благословения и призывать Василия Великого, Иоанна Златоустого и Григория Богослова, и еще Тихона Калужского. «Это помогает», — сказал он».

Ответ старца Анатолия был по–оптински мудр и опытен. П. А. Флоренский через собственный духовный опыт и подвиг должен был прийти к Истине и раскрыть ее секуляризованному миру. Это мы и находим в позднейших лекционных курсах и выступлениях отца Павла: «Философия каждого народа до глубочайшей своей сущности есть раскрытие веры народа, из этой веры исходит и к этой же вере устремляется. Если возможна русская философия, то только — как философия веры православной»[13] (1912). «Философия высока и ценна не сама в себе, а как указующий перст на Христа и для жизни во Христе» (1914)[14] «А основная задача, которую нужно поставить мне, по свойствам моего образования, это по преимуществу «кафартика», т. е. очищение ума от ложных предпосылок и догматов современности, от ложной науки и ложной философии, чтобы чистым оком ума учащиеся научились взирать на область духовную, благодатью открываемую. Могу заниматься я и другим, но в интересах дела, думаю, полезнее всего заниматься мне именно вышесказанным; я считаю, что вовсе не столь нужно научить системе того или другого философа, как выпрямить самые понятия и тем облегчить путь («уровнять пути») грядущему в душу Христу» (1918).[15]

Очевидно, что данные основополагающие мысли отца Павла — свидетельство глубокой укорененности его творчества в жизни Церкви.

Кандидатское сочинение П. А. Флоренского «О религиозной Истине» (1908), которое стало ядром магистерской диссертации (1912) и книги «Столп и утверждение Истины» (1914), было посвящено путям вхождения в Православную Церковь. «Живой религиозный опыт как единственный законный способ познания догматов»[16] — так отец Павел выразил главную мысль книги, выстраданную жизнью. «Ведь, церковность — вот имя тому пристанищу, где умиряется тревога сердца, где усмиряются притязания рассудка, где великий покой нисходит в разум»[17] Книга «Столп…» написана как опыт теодицеи, т. е. оправдания Бога от притязаний человеческого рассудка, находящегося в греховном, падшем состоянии. В речи перед защитой магистерской диссертации отец Павел говорил: «Разум перестает быть болезненным, т. е. быть рассудком, когда он познает Истину: ибо Истина делает разум разумным, т. е. умом, а не разум делает Истину истиною… Эта самоистинность Истины выражается, — как вскрывает исследование, — словом ομοονσί а, единосущее. Таким образом, догмат Троичности делается общим корнем религии и философии, и в нем преодолевается исконная противоборственность той и другой»[18].

Самая глубокая оценка «Столпа…» принадлежит ректору Московской Духовной Академии епископу Феодору· «Как огласительное слово для стоящих «во дворе церковном», — писал епископ Феодор, — а так просит смотреть на его книгу сам автор (5 стр.), книга выполнена прекрасно. Сделана полная апология христианской веры как единственной истины и сделана тем путем и в той сфере мысли, в какой полагают последний резон всякой истины поклонники человеческого рассудка, и все сказано на родном для них языке рассудка, логики и философии. […]

Как Теодицея, книга отца Павла может удовлетворить самый требовательный вкус, изощренный в философии и богословии. Раскрывается вся премирная глубина христианства, его необходимость для человека, освещается светом христианства и уясняется им высший смысл жизни и бытия мира и все частное и основное в христианстве, с необыкновенной ясностью, выявляется в своем высшем смысле и единстве. Не знаю, есть ли на Западе чтолибо подобное, но в русской литературе подобного опыта Теодицеи нет, и в этом смысле книга отца Павлаявление исключительное. […]

Как труд богословско–философский, книга автора от начала до конца православна.

[…]

Книга отца Павла высоко научная; трудно сказать, в какой области научного знания автор не проявил себя специалистом в этой книге. Он прекрасно знает античную философию и античный мир; в совершенстве изучил новую философию, показал себя филологом и математиком, проявил громадную начитанность и в святоотеческой литературе, в литературе богословской, иностранной и русской. […] Но автор везде остается свободным от подавляющего влияния этого научного багажа, он везде творец и хозяин. Читая книгу автора, чувствуешь, что вместе с ней растешь духовно, а не только приобретаешь знание в какой‑нибудь области: да до нее и нужно дорасти, чтобы понять»[19].

Для самого отца Павла «Столп…» — лишь один из первых этапов богословского творчества, в котором он осмысливает ради пользы других свой приход в Церковь. При этом отец Павел ценил не столько «пройденный путь, [который] делается уже ненужным», сколько цель пути: «Мне же еже прилеплятися Богови благо есть, полагати о Господе упование спасения моего»[20]. Православность «Столпа…», свидетельствованная епископом Феодором, относится не к догматической точности каждого положения книги, а к ее духу, к тому, к чему призывает книга.

Как автор «Столпа…» и ряда других работ отец Павел завершил становление онтологической школы Московской Духовной Академии (протоиерей Феодор Голубинский — В. Д. Кудрявцев–Платонов — А. И. Введенский — архимандрит Серапион Машкин — священник Павел Флоренский). На основании защиты магистерской диссертации 19 мая 1914 года священник Павел Флоренский был утвержден в степени магистра богословия и звании экстраординарного профессора Московской Духовной Академии. В 1914–1915 годах за магистерскую диссертацию «О духовной Истине» отец Павел был награжден премиями митрополита Московского Филарета и митрополита Московского Макария.

В 1908–1919 годах отец Павел преподавал в Московской Духовной Академии историю философии. Тематика его лекций обширна: Платон и Кант, мышление еврейское и мышление западноевропейское, оккультизм и христианство, религиозный культ и культура и др. Он стремился выделять и развивать те моменты исторического процесса, мысли, которые имеют особо важное значение для богословия, и указывал на религиозные следствия, содержащиеся в том или другом течении мысли[21]. В этом отец Павел был близок к традиции Климента Александрийского и таких отцов Церкви, как Афанасий Великий, Григорий Нисский, Иоанн Дамаскин.