У православной церкви иной взгляд на св. писание. «Св. Писание относится к человеку, как всякий другой предмет к субъективному разумению. Для Церкви, единицы органической и разумной, это отношение есть отношение внутреннее, иными словами: отношение объекта к субъекту, которому объект служит выражением, отношения человеческого слова к человеку, его произнесшему. Такое отношение ставит объект вне и выше всякого сомнения» (II, 198). «Пусть бы сегодня удалось доказать, что послание к Римлянам принадлежит не Ап. Павлу; Церковь сказала бы: «оно от меня», — и на другой же день это послание читалось бы, по-прежнему, что громогласно во всех Церквах, и христиане, по-прежнему, внимали бы ему в радостном молчании веры; ибо мы знаем, чье свидетельство одно для нас неотвержимо» (II, 197, 198).

Хомяков рассматривает отказ протестантов от молитвы по усопшим, отрицание культа святых и пренебрежение к хорошему устройству церкви как выражение утилитарного рационализма, который не видит органической цельности видимой и невидимой церкви.

Недостатки римской церкви и протестантства, по мнению Хомякова, имеют один и тот же психологический источник — страх. Одни боятся потерять единство церкви, другие боятся потерять свою свободу. Но как те, так и другие думают о небесном по-земному. Католики считают, что ересь восторжествует в том случае, если будет отсутствовать центральная власть, решающая вопросы догматов.

Протестанты придерживаются другого мнения. Они считают, что, если каждый будет вынужден соглашаться с мнением других, наступит интеллектуальное рабство.

Хомяков так описывает расхождение трех христианских верований:

«Три голоса громче других слышится в Европе:

«Повинуйтесь и веруйте моим декретам», — это говорит Рим.

«Будьте свободны и постарайтесь создать себе какое-нибудь верование», — это говорит протестантство.

А Церковь взывает к своим: «Возлюбим друг друга, да единомыслием исповедимы Отца и Сына и Святого Духа».

Хомяков подчеркивает важность неразрывного единства любви и свободы. Именно это является особо ценным в его религиозных и философских работах. Христианство — религия любви, и в силу этого оно предполагает и свободу. Постигшим особенности церковной жизни ясно, что догматы церкви нерушимы. Однако в области «мнений» Хомяков свободно отыскивает новые пути. «Я позволяю себе, — пишет он в письме к Аксакову, — не соглашаться во многих случаях с так называемым мнением Церкви» (II, 328). Неудивительно поэтому, что вскоре после смерти Хомякова реакционная газета «Московские ведомости» назвала его учителем ереси.

Взгляды Хомякова на историческое развитие человеческого общества и на социальную жизнь неразрывно связаны с его религиозной философией. В «Мыслях по вопросам всеобщей истории» («Семирамиде») Хомяков сводит весь исторический процесс к борьбе двух принципов — арийского и кушицкого. Арийский принцип означает духовное поклонение «свободно творящему духу», а кушицкий принцип (родиной которого является Эфиопия) — подчинение материи, «органической необходимости, определяющей свои результаты посредством неизбежных логических законов». Арийский принцип в религии — это величественный монотеизм, высочайшим проявлением которого является христианство. Кушицкий принцип в религии — это пантеизм с отсутствием определенного Божества в нравственном смысле. Борьба этих двух принципов в истории является борьбой между свободой и необходимостью.