С. А. Алексеев, как и его отец А. А. Козлов, является представителем персонализма, тесно соприкасающегося с монадологией Лейбница. В своей книге «Мысль и действительность» он выступает против абсолютного интуитивизма Лосского, но до известной степени он сам является интуитивистом, так как он, хотя и рассматривает чувственные качества как субъективные, допускает, однако, наличие транссубъективного элемента в перцепции. Однако, по его мнению, интуитивная часть перцепции «слишком незначительна по отношению ко всему содержанию перцепции в целом» и представляет собой только «своего рода скудный остов, облекаемый актом апперцепции в пестрый, разноцветный покров, количественно различный для каждого воспринимающего» (гл. X).

В своей статье «Время» Алексеев проводит различие между онтологическим, психологическим и физическим временем. Он утверждает, что физическое время, с которым имеет дело современная теория относительности, получается путем измерения в связи с движением в пространстве. Это — относительное время, рассматриваемое не sub specie mundi (сточки зрения мира), а только sub speci mensionis (с точки зрения измерения) (83). Онтологическое время познается мыслью вне связи с движением в пространстве, в этом времени существует «теперь», однозначное для всех мировых систем (84).

Концепция всепобеждающего времени Алексеева состоит в следующем. В нашем времени: новое содержание бытия вытесняет старое, и последнее погибает. Возможна, однако, более высокая временная система, в которой прошлое не исчезает, но сохраняет свою жизненность наряду со все растущим новым содержанием. В области бытия, где время относится к этому типу, «вырвано жало смерти» (94).

Статья Алексеева «В защиту сверхъестественного» представляет особую ценность в наши дни, когда среди протестантов, даже среди духовенства, есть люди, которые под влиянием псевдонаучных идей отрицают возможность чудес. Согласно определению Алексеева, «чудо — это явление, происходящее в области объективного человеческого опыта, но обусловленное силами высших духовных существ и не вытекающее из законов материальной природы» (440).

Он подразделяет возражения против сверхъестественного на три категории — гносеологические, метафизические и этические — и показывает, что они несостоятельны. Он придает особое значение своему аргументу о том, что отдельная личность есть одна из причин явлений и что деятельность личности имеет характер индивидуальной причинности, а не всеобщего закона.

На основе своей метафизики, очень близкой к теориям Лейбница, Алексеев допускал перевоплощение. В конце жизни он написал книгу «О перевоплощении»[387].

Перед смертью в письме к профессору Андреевскому он писал: «Молясь отцу Иоанну Кронштадтскому и Св. Серафиму, я почувствовал, что должен сжечь мою книгу о перевоплощении. Может быть, я и прав в теории, но они отвергли бы мой труд. А я не могу молиться им, не уничтожив сначала то, что они осудили бы, сказав «не делай» и объявив это «нежелательным». Я сжег ее сегодня».