Тот факт, что мы говорим о двух природах, отнюдь не обусловливает необходимости говорить о двух Богах или о двух Сынах. Это было бы крайней глупостью...

(Там же, 8, 14)

И все же, несмотря на то что Феодор видит и понимает всю сложность проблемы, ему никак не удается избежать выражений, предполагающих, что Сын Божий и Иисус ― не одно и то же лицо:

Что имеется в виду, когда говорится «обитать как в Сыне»? Мы имеем в виду, что, когда Он занял свою обитель, полностью присоединил к Себе того, кем Он облекся, и устроил так, что тот, в кого Он вселился, разделил бы с Ним всю честь, которую вселившийся Сын имеет Сам, будучи Сыном по естеству. Результатом этого союза и соучастия во власти является одно Лицо (πρόσωπον). Через воспринятого Им Он управляет всем...

(«О Воплощении», 7)

Феодор употребляет слово просопон там, где мы бы сейчас сказали ипостась. Но по-гречески просопон помимо значения «личность» также значит и «лицо», «внешний вид», «наружность» и даже «маска». Понятно, что слово с таким расплывчатым значением плохо подходило для выражения идеи ипостасного единства двух природ Спасителя.

То ли отсутствие подходящей терминологии подвело Феодора, то ли он плохо усвоил учение каппадокийцев ― как бы то ни было, его христология становится все более и более запутанной. Отвечая на вопрос, кого родила Мария ― Бога или человека, он говорит:

...Мы должны ответить: обоих. Она родила человека в физическом смысле и, неочевидным образом, также и Бога. На естественном уровне Она ― человекородица, поскольку тот, кто был в Ее чреве и произошел из него, был человеком; Она ― Богородица, поскольку Бог был в человеке, который родился. Он не был заключен в нем по естеству, но в результате движения воли.

(Там же, 15)

В сущности Феодор утверждает, что Дева Мария родила на свет ребенка, в которого пожелал вселиться Бог. Эта нечеткость мысли Феодора Мопсуэстийского показывает, что он не всегда и не вполне отходит от христологических предпосылок, и до него существовавших в Антиохии (например, Павел Самосатский в III веке) и связанных с понятием адопционизма. Адопционисты утверждали, что Иисус был усыновлен Богом при крещении: рассказы о Его детстве объявлялись мифами, что подтверждалось отсутствием этих рассказов в самом древнем Евангелии от Марка. Следует заметить, что разные варианты адопционизма в наше время поддерживаются многими протестантскими учеными. В ранней Церкви праздник Рождества Христова возник как реакция против такого понимания природы Спасителя: празднование рождественского цикла указывало на то, что Христос был Богом с самого начала Своей человеческой жизни. У Феодора Бог усыновляет Иисуса во чреве матери путем объединения «двух сынов». Это было одной из предпосылок несторианства и явилось причиной того, что в 553 году сам Феодор был осужден как еретик.

Когда в 427 году архиепископ Константинопольский Сициний умер, император Феодосии II решил повторить прецедент с избранием Златоуста и опять пригласил на вакантную должность антиохийского проповедника Нестория. В апреле 428 года Несторий становится архиепископом столицы. Он с самого начала проявил необычайное рвение, стараясь оказаться на высоте по сравнению со своим знаменитым предшественником Златоустом. Свой пыл он направил главным образом на борьбу с ересями. Самыми большими врагами Нестория были аполлинаристы, утверждавшие, что во Христе на месте человеческой души был божественный Логос, тем самым нарушая полноту человечности Спасителя. Вопрос о природе Христа тогда носился в воздухе, и все споры по существу сводились к проблеме, как называть Деву Марию ― Богородицей или «человекородицей». Несторий считал, что Пресвятую Деву не следует называть Богородицей, ибо она родила не Бога, а человека, Эммануила, с которым соединилось предвечное Слово Божие. Это решение было с большим негодованием встречено среди народных масс, так как в богослужении слово «Богородица» уже стало привычным ― о «человекородице» и слышать не хотели. В качестве компромисса Несторий предложил называть Марию «Христородицей», но это не решало проблемы, а лишь обходило ее. Очевидно было, что речь идет не о словоупотреблении, а о понимании сущности Воплощения. По империи стала распространяться молва о новой ереси. В конце концов Несторий получил письмо от александрийского патриарха Кирилла с решительным опровержением своего учения. Ответное письмо Нестория исполнено чувства оскорбленного достоинства. 6 декабря 428 года в соборе Святой Софии Несторий торжественно провозглашает свои взгляды и начинает жестокое преследование своих противников среди константинопольского духовенства и монашества. В ответ египетское монашество обвинило Нестория в ереси и стало бурно выступать в защиту Православия.

Без сомнения, важную роль в конфликте играла политическая борьба между Антиохией и Александрией. К тому же в 430 году произошел следующий инцидент. В столицу прибыла группа спасающихся от гонений пелагиан, как раз тогда осужденных на Западе стараниями блаженного Августина. В лице Нестория они нашли гостеприимного хозяина, который их радостно принял и обласкал. Побеседовав с ними, он не нашел в их учении ничего предосудительного и даже написал негодующее письмо папе Целестину по поводу несправедливого осуждения пелагианства. Одновременно Кирилл Александрийский тоже написал папе письмо с выражениями преданности и с жалобами на Нестория и его неправильную христологию. Папа римский, мало понимавший в богословской стороне вопроса, был целиком на стороне Кирилла, будучи раздражен Несторием, который не только укрывал пелагиан, но к тому же писал грубые письма.