В «Разговоре с Трифоном» также содержится учение св. Иустина о Боге, заслуживающее особого рассмотрения. Иустин говорит о Боге в философских терминах. Прежде всего он утверждает абсолютную трансцендентность Бога, Его сокрытость, невыразимость, безначальность. Бог ― превыше всякого имени, но поскольку мы должны как-то называть Его, то, по мнению св. Иустина, наиболее подходящим для Него именем является библейское «Отец». В данном случае Иустин представляет типичное доникейское богословие, в котором Бог рассматривается исключителльно как Бог-Отец.

У этого невыразимого, неизреченного Бога есть Слово (Логос) ― посредник между Богом и миром. До сотворения мира Логос существовал в Боге Отце как «невыраженное Слово». Пытаясь объяснить троичность Бога, Иустин предлагает различать после сотворения мира «Слово произнесенное», «Слово семенное», «Слово воплощенное». Бог сотворил мир посредством «Слова произнесенного». Термин «Слово семенное» выражал мысль, что при сотворении мира Бог «посеял» повсюду свое присутствие. И в этом случае налицо стремление Философа объяснить соотношение Лиц Троицы грекам, в философских системах которых имелась подобная концепция. И, наконец, «Слово воплощенное», т.е. Христос, представляет собой максимальное самовыражение Бога в тварном мире.

Мысль о том, что Бог творит мир посредством своего Слова, а следовательно, что второе Лицо св. Троицы зависит от воли Божией, может быть легко истолкована как субординатизм (ересь, утверждающая неравенство и соподчинение Лиц св. Троицы). Но, с другой стороны, если Иустин имел в виду, что проявление Отца в тварном мире происходит через Его Сына Слово, его богословие можно считать вполне православным. Очевидно, что св. Иустин не мог предвидеть всех богословских проблем последующих поколений и искренне старался объяснить грекам, что такое св. Троица. Стремление к диалогу с греками и тон его сами по себе уже свидетельствуют о широте его кругозора и характеризуют его как человека непредубежденного и интеллектуально открытого.

В творениях св. Иустина, как и у св. Иринея Лионского, мы встречаем одно из самых ранних свидетельств почитания девы Марии. Он тоже пользуется образом Марии как новой Евы, которым впоследствии пользовались многие богословы. Его интересовали и текстологические проблемы. В частности, он обсуждает греческий перевод текста пророка Исайи «...се, Дева во чреве приимет...» (Ис. 7:14). Противник Иустина Трифон оспаривал правильность греческого перевода, утверждая, что еврейское слово «альма» означает просто «молодая женщина». Иустин указывает на примеры, где это слово означает именно «дева», и защищает правильность перевода Семидесяти толковников (Септуагинта), использованный в евангельском рассказе о Рождестве Христовом и в котором слово «алма» переведено как «дева».

Огромный интерес для нас представляет описание таинств и христианского богослужения. Смысл крещения описывается следующим образом:

Потом мы приводим их туда, где есть вода, и они возрождаются таким же образом, как сами мы возродились, то есть омываются тогда водою во имя Бога Отца и владыки всего, и Спасителя нашего Иисуса Христа и Духа Святого.... Так как мы не знаем первого своего рождения... и выросли в худых нравах и дурном образе жизни, то, чтобы не оставаться нам чадами необходимости и неведения, но чадами свободы и знания и чтобы получить нам отпущение прежних грехов, ― в воде именуется на хотящем возродиться имя Отца всего и владыки Бога... А омовение это называется просвещением, потому что просвещаются умом те, которые познают это.

(«Первая апология», 61)

Крещение у св. Иустина понимается как рождение заново, предполагающее преданность принятой вере и обещание жить согласно христианским принципам. Несомненно, что Иустин имеет в виду крещение взрослых. Интересно отметить настоятельность, с которой он несколько раз говорит о крещении, как о вступлении в новую жизнь, и ни словом не упоминает о том, что, на Западе, стало считаться основным смыслом обряда, ― во оставление первородного греха. Отсутствие понятия вины потомков за первородный грех характерно для восточной святоотеческой мысли, тогда как на Западе утвердилась идея, что все люди разделяют «вину» Адамова грехопадения и могут очиститься лишь посредством крещения. Восточная практика крещения младенцев не предполагает их греховности или «виновности», но основана на том, что младенцы рождаются в греховном мире, в «этом» мире, а потому тоже нуждаются в даре обновленной жизни.

В этом же тексте, говоря о Боге и об Иисусе Христе, Иустин явно обнаруживает тенденцию к субординатизму. «Неизреченный» Бог, абсолютно иной, которому даже нет подходящего имени (в согласии с древней иудейской традицией), Иисус Христос, распятый при Понтии Пилате, и Дух Святой, через пророков предсказавший все об Иисусе, ― находятся в отношении иерархического соподчинения:

... Никто не может сказать имени неизреченного Бога; если же кто и осмелился бы сказать, что оно есть, тот показал бы ужасное безумие... И при имени Иисуса Христа... и при имени Духа Святого... омывается просвещенный.

(Там же, 61)

Следуя своим апологетическим целям, Иустин описывает христиан как хороших граждан, соблюдающих законы: