В 255 году Киприан принимает участие еще в одном споре, касательно крещения еретиков. Как и Тертуллиан, Киприан считал, что крещение еретиков нельзя считать действительным, потому что крещение невозможно вне Церкви и, по существу, есть вступление в Церковь. Этот взгляд на вещи был официально провозглашен на трех карфагенских соборах (255-256 гг.), вызвав резкое неодобрение со стороны римского папы Стефана. Однако всем спорам вскоре пришел конец, так как в 258 году император Валериан провозгласил новый эдикт против христиан. В ходе разразившихся гонений и Киприан, и папа Стефан погибли мученической смертью.

Творения св. Киприана можно в основном разделить на апологетические и этические. Особняком стоят уже упоминавшиеся книги «О падших» и «О единстве кафолической Церкви». Апологетические сочинения Киприана написаны в традиции апологий Тертуллиана и отличаются таким же строгим максимализмом. До нас дошли три длинных письма, по сути дела написанных в форме трактатов. В письме «К Донату» описывается обращение Киприана в христианство и обсуждается природа крещения, как вступление в новую жизнь, наполненную покоем и счастием христианской веры. Письмо «К Димитриану» представляет опровержение язычника Димитриана, утверждавшего, что христиане повинны в войне, море, голоде и засухе. Эти напасти объяснялись нежеланием христиан совершить жертвоприношение идолам. Письмо «К Квирину» очень важно для историков, изучающих латинский текст Библии, ибо оно содержит множество ветхозаветных цитат в раннем латинском переводе, организованных под различными заголовками.

Сочинения Киприана на этические темы также обнаруживают сходство с писаниями Тертуллиана. Нам известно несколько коротких трактатов, из которых особый интерес представляют следующие: «Об одежде девственниц», «О благе терпения» и «О ревности и зависти». В маленькой книге «О смертности», написанной во время чумы, разразившейся сразу же после Декиева гонения, описывается христианское отношение к смерти: ничем так не отличаются христиане от язычников, как духом, с которым они приветствуют окончание жизни. Киприан осуждает обычай оплакивать мертвых, так как для верующего человека смерть во Христе ведет к бессмертию и вечному вознаграждению, освобождая его от трудов и невзгод этого мира для поселения в истинном отечестве:

Покажем себя истинно верующими: не будем оплакивать кончины друзей наших, и, когда наступит день нашего собственного призыва, пойдем неукоснительно и благодушно на голос зовущего нас Господа. Надобно размышлять, возлюбленнейшие братья, и почасту думать о том, что мы отреклись от мира и находимся здесь временно, как гости и странники. Будем же благословлять день, который каждого из нас приводит к собственному его жилищу, который восхитив нас от земли и разрешив от мирских уз, возвращает нас в рай и в царство небесное. Кто, находясь на чужой стороне, не спешил бы вернуться в отечество?... А мы отечеством своим почитаем рай,... почему же не спешим скорее увидеть свое отечество, приветствовать родных... К ним-то поспешим... с неудержимой любовью, с пламенным желанием ― быть скорее с ними, скорее придти к Христу.

(«О смертности»)

К этому же разделу принадлежит и самый ранний в истории христианства комментарий на «Отче наш» (или «Книга о молитве Господней»), появившийся примерно в то же время, что и Оригенов комментарий на Востоке. В этом коротком трактате внимание автора сосредоточено на идеях единства Церкви и общинного ее характера:

Учитель мира и Наставник единства прежде всего не хотел, чтобы молитва была совершаема врозь и частно, так чтобы молящийся молился только за себя. В самом деле, мы не говорим: «Отче мой, иже еси на небесех,... хлеб мой даждь мне днесь»; каждый из нас не просит об оставлении только своего долга, не молится об одном себе, чтобы не быть в веденным в искушение и избавиться от лукавого. У нас всенародная и общая молитва, и когда мы молимся, то молимся не за одного кого-либо, но за весь народ, потому что мы ― весь народ ― составляем одно. Бог-Наставник мира и согласия, поучавший единству, хотел, чтобы и один молился за всех так же, как Он один носил нас всех.

(«О молитве Господней»)

Эта тема единства проходит через все экклесиологические писания св. Киприана.

Прошение о Царствии толкуется в эсхатологическом смысле:

Затем в молитве следует: «да придет царствие Твое». Мы просим о пришествии к нам царства Божия в таковом же смысле, в каком молим Бога, чтобы святилось в нас Его имя. Ибо когда же Бог не царствует или когда положить начало Его царства, которое всегда было при Нем и не перестает быть? Мы просим, да придет наше царство, обещанное нам Богом, приобретенное кровью и страданием Христовым; просим, чтобы нам, послужившим в сем веке, царствовать потом с Владыкою-Христом, как и сам Он обещал это...