В «Истории» Евсевия упоминается еще несколько небольших сочинений, список которых, однако, не исчерпывает всех творений Климента. А в «Библиотеке» Фотия (IX век) содержится интересное упоминание о не дошедшей до нас книге «Начертания». Судя по замечаниям Фотия, «Начертания» содержали платонизированную христианскую метафизику, весьма подобную той, которой будет придерживаться Ориген. По всей видимости, во времена Климента в Александрии существовало негласное сообщество христианских «гностиков», любивших философские рассуждения, которые держали свои убеждения в тайне и расценивали самое себя как элиту. Вполне возможно, что и Климент принадлежал к этому сообществу. Провести четкую границу между просто образованными христианами и «гностиками», разумеется, невозможно. С другой стороны, мы видели, с какой настойчивостью этот гностический элитизм опровергался св. Иринеем. Если прав Фотий в своем описании содержания «Начертаний», то Климент действительно был ― в частном порядке ― лжеучителем.

Основной задачей Климента, как и других апологетов, было сделать христианство понятным и доступным современному эллинистическому миру, «проложить мосты» между христианской верой и греческой философией, объяснить соотношение между верой и знанием. Попытки такого сближения должны делаться снова и снова, но этот путь может вести и к заблуждениям, и тогда христианство подстерегает опасность превратиться в изолированную, никому не нужную секту.

Согласно Клименту, часть истин христианского учения содержалась в язычестве, и между философией и Евангелием нет полной противоположности ― обе стремятся к достижению высшей Истины. Стремясь обратить греков в христианство, привести их в Церковь, Климент доказывает превосходство христианства над язычеством, в то же время сохраняя вполне положительное отношение к греческой философии:

Философия нужна была грекам ради праведности, до прихода Господа, и даже сейчас она полезна для развития истинной религии, как подготовительная дисциплина для тех, кто приходит к вере посредством наглядной демонстрации... Ибо Бог ― источник всякого добра: либо непосредственно, как в Ветхом и Новом Заветах, либо косвенно, как в случае философии. Но возможно даже, что философия была дана грекам непосредственно, ибо она была «детоводителем» (Гал.3:24) эллинизма ко Христу ― тем же, чем и Закон был для евреев. Таким образом, философия была приготовлением, проложившим человеку путь к совершенству во Христе.

(«Строматы», 1,5)

Эта мысль о том, что как для евреев закон был «детоводителем» (т.е. «педагогом») ко Христу, так и для эллинов ― философия, находит интересное выражение на некоторых недавних фресках на Афоне, где среди ветхозаветных святых изображены Платон и Аристотель.

В связи с этим Климент ставит важный вопрос: необходимо ли изучать философию для того, чтобы понять христианское откровение?

О некоторых вещах написанное мною скажет загадками; для некоторых смысл написанного будет ясен;... написанное будет говорить таинственно, раскрывать скрытым образом, показывать, сохраняя молчание. Будут изложены догматы основных ересей и ответы на них, которым надлежит следовать путем посвящения в знание, то есть в соответствии с таинственным посвящением, в котором мы будем продвигаться вперед согласно известному и почитаемому правилу Предания... так что мы станем готовы услышать содержание Гностического Предания.

(«Строматы», 1,1)

Как видно из этого текста, для Климента христианский «гнозис» есть понятие положительное, предполагающее известный элитизм или (как говорил Н.А. Бердяев) «аристократию духа». Конечно, многие простые верующие, не обучавшиеся в университете или даже просто безграмотные, не могут изучать философию, однако прямой ответственностью образованного христианина является знать как можно больше, ибо наука есть ступень к высшему знанию, философии, которая, в свою очередь, есть вспомогательное средство для веры. Кроме того, знание наук и философии помогает установить связь между христианством и окружающим миром. Проблема эта стоит очень остро и в наше время, когда многие образованные и интеллигентные люди совсем не интересуются христианским учением, считая его невежественным обскурантизмом.

Источником и основой богословской системы Климента является учение о Логосе (Слове). Согласно Клименту, Логос ― творец мироздания. Через Него осуществлялось откровение Божие в ветхозаветном законе и в эллинской философии, завершившееся, когда «настала полнота времен», Воплощением Христа. В качестве божественного разума Логос является учителем и законодателем человечества. Истинное христианство заключается в знании, а знание взаимосвязано с верой. В той настоятельности, с которой Климент снова и снова подчеркивает роль знания (т.е. «гнозиса»), отражается интеллектуализм его религиозного мышления. Порою создается впечатление, что он действительно считает, что полнота знания доступна только избранной элите.

Несмотря на то, что в учении Климента несомненно можно обнаружить элементы гностицизма, следует проводить различие межу такими гностиками, как Валентин, который порвал с Церковью и основал свою собственную секту, и «гностиками», подобными Клименту, всегда остававшемуся в общении с Церковью и внесшему значительный вклад в ее Предание.