В учении Климента о Предании гностическая направленность его мысли становится еще более явственной: он говорит о передаче знания через отдельных личностей. В отличие от св. Иринея, утверждавшего, что Истина принадлежит Церкви, что христианское знание носит общинный, публичный характер, Климент считает знание прерогативой избранных. Его высказывания по этому поводу можно понимать различным образом. В каком-то смысле Климент утверждает нечто диаметрально противоположное св. Иринею. Но не следует также забывать, что в православной традиции особым почтением всегда пользовались святые, обладавшие непосредственным созерцательным и мистическим знанием Бога. Св. Василий Великий в своих писаниях проводил различие между авторитетом харизматиков (людей, наделенных духовными дарами) и авторитетом церковной иерархии, подчеркивая, однако, что конфликта между ними быть не должно. История Церкви знает примеры таких великих святых и мистиков, как преп. Серафим Саровский и Симеон Новый Богослов, которые лично достигли высшей ступени богопознания. Но и такие святые никогда не заявляли права на особый авторитет и не отвергали власти епископата. Церковь в целом всегда признавала святых, как людей, имеющих особый дар общения с Богом, и в этом смысле некий «гностический» элемент неизменно был частью православного Предания на Востоке, но он уравновешивался общепризнанным авторитетом Церкви. У Климента это равновесие нарушено: из его писаний создается впечатление, что богопознание в истинном смысле доступно только немногим образованным и интеллингентным людям, что одним лишь им дано постичь мистические вершины общения с Богом.

Западное христианство всегда было настроено более скептически по отношению к духовной традиции, и равновесие между церковным авторитетом и харизмой отдельных личностей было нарушено в обратном от Климента смысле, в пользу формального авторитета церковной иерархии. В римо-католической традиции очень рано наметилось разделение всех верных на «Церковь учащую» и простых верующих. На Востоке такого разделения не было. Дух соборности поддерживал убеждение, что Истина принадлежит Богу, который открывает ее всем людям. Знание истины не является прерогативой ни лиц, занимающих высокие административные должности, ни тех, кто успешно завершил свое высшее образование. Утверждение, что существуют люди, которым недоступно знание церковного Предания, следует признать гностической ересью.

В то же время у Климента мы находим ряд высказываний, вполне согласующихся с православной экклесиологией:

Есть единая истинная Церковь, настоящая древняя Церковь, к которой принадлежат все праведники, исполняющие божественные повеления... Эта единая Церковь насильственно расколота еретиками на многие секты. По существу, в идеале, по происхождению, по превосходству мы говорим, что эта древняя кафолическая Церковь ― единственная Церковь. Волею единого Бога через единого Господа (Христа) эта Церковь приводит к единству веры, которая согласуется с соответствующими заветами или, скорее, с одним заветом, заключенным в различные времена... Превосходство Церкви, равно как и источник ее организации, зависит от ее абсолютного единства: она намного выше всего на свете, и нет ей ни соперников, ни равных... Есть одно учение апостолов и также одно Предание...

(«Строматы», 7.16)

Внимательное рассмотрение учения Климента об евхаристии обнаруживает, что он понимает это таинство двойственно. Причащаясь святых Тайн, мы участвуем в символическом, духовном посвящении, фактически открывающем нам доступ к знанию Истины:

Странная тайна! Нас приглашают отложить наше ветхое плотское тление и, оставив ветхую пищу, причаститься нового питания ― Христа: нас приглашают, насколько это возможно, хранить Его в себе, принять Спасителя к сердцу, дабы мы могли упорядочить привязанности плоти... «Моя Плоть» ― это аллегория Святого Духа... Аналогично «Кровь» значит «Слово», ибо Слово как густая кровь вливается в нашу жизнь. Смесь плоти и крови есть Господь, пища его младенцев; Господь есть Дух и Слово. Эта пища ― то есть Господь Иисус, то есть Слово Божие, Дух, соделанный плотью, ― есть освященная небесная плоть. Эта пища есть молоко Отца. которым кормимся мы, младенцы.

Кровь Господа носит двойной характер. С одной стороны, это кровь в физическом смысле, кровь, посредством которой мы были освобождены от тления; с другой стороны, это духовная кровь, через которую мы делаемся помазанниками. Пить кровь Иисуса ― значит причащаться Господнего бессмертия; а Дух есть сила Слова, так же как кровь есть сила плоти... Как вино смешивается с водой, так же, по аналогии. Дух смешивается с человеком. Эта смесь питает человека для веры; Дух ведет к бессмертию. Смешение обоих ― напитка и Слова ― называется Евхаристией, благодатью хвалы и красоты...

«Молоко» (I Кор.3:2) есть обучение, рассматриваемое как начальное питание души, «плоть» ― есть мистическое созерцание. Плоть и кровь Слова представляют собой понимание божественной власти и сущности... Он сообщает себя тем, кто причащается этой пищи более духовным образом.

(«Педагог», 1,6; 2,2; «Строматы». 5,10)

Интересной частью наследия Климента является его нравственное учение, адресованное мирянам (как правило, церковные писатели предпочитали писать на морально-аскетические темы, адресуясь в первую очередь к монахам). Особо следует отметить обсуждение вопроса о супружеской жизни и безбрачии ― волнующая тема для всех поколений и народов. В распущенную атмосферу греко-римского общества христианство внесло две совершенно новых, неслыханных идеи: идею единственности супружества и идею безбрачной жизни, одинаково чуждую иудаизму и эллинизму. При этом христианские писатели усиленно ― порою даже слишком ― настаивали на превосходстве безбрачия над супружеской жизнью.

В отличие от большинства богословов, у Климента мы находим трезвый, уравновешенный подход к проблеме брака и безбрачия: