К Оригену приходили и многие другие ученые мужи, привлекаемые повсюду разнесшеюся славою его имени, и желали удостовериться в богатстве духовных его познаний. Ревностно внимало ему бесчисленное множество еретиков и немалое число знаменитейших философов, учась у него не только божественной, но и внешней мудрости. Тех своих слушателей, в которых были заметны хорошие дарования, Ориген вводил в круг наук философских, преподавал им геометрию, арифметику и другие предуготовительные предметы, знакомил их с различными системами философов и объяснял написанные ими сочинения, делая на каждое из них свои замечания и взгляды, так что у самих язычников прослыл философом. Напротив, слушателей простых и менее образованных заставлял он изучать науки, входившие в круг обыкновенного воспитания, говоря, что эти знания доставят им немалое облегчение в уразумении и изъяснении божественных Писаний. Для сей-то особенно цели познания светские и философские он почитал нужными и самому себе.

(Там же, кн. 6. гл. 18)

По мере того, как расширялись интеллектуальные интересы Оригена, в его школе устанавливалась атмосфера широты взглядов и взаимного уважения между христианами и язычниками. Вот как вспоминает об этом «интеллектуальном рае» выпускник александрийского огласительного училища св. Григорий Чудотворец (епископ неокесарийский):

... Нам ничего не было запрещено, ничто не было от нас сокрыто. Мы пользовались возможностью узнать всякое слово, варварское и эллинское, тайное и явное, божественное и человеческое, кочуя от одного к другому совершенно свободно и исследуя их, пользуясь плодами всего и наслаждаясь богатствами души; было ли это некое древнее учение об истине, или же его можно назвать как-то иначе, ― мы погружались в него, полные чудесных видений, будучи снабжены прекрасной подготовкой и умением. Одним словом, это поистине был наш рай...

(Из «Обращения» св. Григория к Оригену)

В 212 году Ориген отправился с визитом в Рим, где познакомился и подружился с будущим римским епископом Ипполитом. В 215 году он посетил Аравию (нынешнюю Трансиорданию), а оттуда поехал в Антиохию по приглашению матери императора Септимия Севера Юлии Маммеи. В 216 году, во время гонения Каракаллы. Ориген нашел убежище в Палестине. Преданные ему епископы иерусалимский и кесарийский дали Оригену возможность продолжать преподавательскую деятельность, и он устроил в Кесарии «Александрию в миниатюре», а также занимался изъяснением св. Писания перед собраниями верующих в церквах. Здесь произошло первое столкновение Оригена с церковной иерархией: александрийский епископ Димитрий, недовольный тем, что мирянин учит в церкви, отозвал его обратно в Александрию.

В 231 году Ориген отправился в Грецию и, проезжая через Палестину, принял в Кесарии рукоположение в священники от местных епископов. Рассерженный Димитрий александрийский официально (на двух местных соборах) опротестовал это рукоположение и отлучил Оригена от Церкви на том основании, что, во первых, он, будучи мирянином, проповедовал в присутствии епископов и что, во-вторых, скопец не может быть священником. В 232 году, после смерти Димитрия, Ориген вернулся в Александрию, где был снова отлучен преемником Димитрия. На этот раз Ориген окончательно переехал в Палестину, где многие епископы были его бывшими учениками. Он продолжал свою ученую и преподавательскую деятельность и приобрел такой авторитет, что каждое его слово записывалось стенографами.

Во время Декиева гонения Ориген находился в Тире. Он был арестован, и у Евсевия мы находим описание его пыток:

Но какие и сколько мучений перенес в это гонение Ориген, чем они кончились, когда лукавый демон выводил, против него попеременно всю свою силу, восставал на него со всеми возможными ухищрениями и нападал гораздо более, чем на прочих тогдашних подвижников, ― какие и сколько уз и телесных истязаний претерпел он за слово Христово, как страдал в углу темницы от железных на шее цепей и как его ноги в продолжении многих дней были растянуты до четвертой степени на деревянном орудии казни, ― с каким мужеством вынес он также угрозы быть сожженным и все другое со стороны своих врагов, ― чем все это кончилось, когда судья сильно настаивал, чтобы его никак не лишать жизни, и сколько после того написал он полезнейших сочинений для людей, имевших нужду в утешении, ― о всем этом подробно и верно сказано в весьма многих его посланиях.

(«Церковная история», кн. 6. гл. 39)

Возможно, что Ориген остался жив благодаря тому, что римские чиновники того времени скорее стремились принудить христиан к отречению от веры, нежели добивались их смерти. В их интересы не входило умножать число мучеников, которых народное почитание сразу делало героями. Во всяком случае Ориген от веры не отрекся, но пытки и тюремное заключение разрушили его здоровье, и он скончался в 253(4?) году в Тире. Хотя его юношеская мечта умереть мучеником не сбылась, он несомненно принадлежит к числу исповедников, т.е. людей, пострадавших за веру. Ориген умер в общении с Церковью, по крайней мере с Палестинской церковью ― с александрийским епископом он так никогда и не примирился.