Личность и произведения Оригена как при жизни, так и после смерти были окружены необычайным уважением и авторитетом. Его учение легло в основу многих учений, и еретических, и православных. Его популярность особенно возросла в четвертом веке, в период бурного расцвета христианского богословия, когда все христианские мыслители вдохновлялись им и так или иначе ссылались на его творения. Но поскольку влияние его учения во многом было отрицательным и породило явно еретические формы «оригенизма», он был посмертно осужден как еретик и предан анафеме на поместном константинопольском соборе 543 года при императоре Юстиниане. Десять лет спустя осуждение Оригена было подтверждено на Пятом Вселенском соборе, а сочинения его были объявлены подлежащими уничтожению. Несмотря на это, авторитет Оригена среди христианских мыслителей не был вполне уничтожен, и следы его влияния можно проследить в более позднем богословии как на Западе, так и на Востоке.

Многие из сочинений Оригена погибли безвозвратно, а другие дошли до нас в латинских переводах его учеников и поклонников, зачастую смягчавших или искажавших смысл его учения. Ориген был необычайно плодовитым писателем: дошедшие до нас его сочинения занимают четыре тома в собрании Миня.

Важную часть наследия Оригена составляют экзегитические сочинения (толкования и комментарии). К ним относятся прежде всего «Гекзаплы» ― составленные Оригеном списки Ветхого Завета, разделенные на шесть столбцов (отсюда и название). В первом столбце помещался еврейский текст (в масоретской версии), написанный на иврите; во втором ― тот же текст в греческой транслитерации. В остальных четырех столбцах помещались греческие переводы: в третьем ― Акилы, в четвертом ― Симмаха, в пятом ― перевод Семидесяти толковников (Септуагинта), в шестом ― Феодотиона. Переводы Акилы, Феодотиона и Симмаха не были общеупотребительными ― по выражению Евсевия, Ориген «открыл их в каком-то темном углу». Для некоторых частей Библии (например, псалмов) Ориген включил и другие переводы (эннеаплы). Перевод Семидесяти толковников, который Ориген явно не считал единственно авторитетным текстом, снабжен критическими заметками, указывавшими на отличие от еврейского текста: обелис, означал добавление в еврейском тексте, лакуна, ― пропуск в еврейском тексте. Проделанная Оригеном работа представляет собой первую в истории попытку критического исследования Библии. «Гекзаллы» в течение веков служили восточным богословам в качестве основного источника ветхозаветной эрудиции.

Комментарии Оригена обнимают почти все св. Писание. Их можно разделить на три группы: схолии (заметки на полях), гомилии или проповеди (до нас дошло 574, из них 20 ― в греческом оригинале) и собственно научные комментарии к «Песне песней», к Евангелиям от Матфея и Иоанна и к «Посланию к Римлянам».

В своих толкованиях и беседах Ориген пользуется традиционным александрийским методом ― аллегорией. Для современного человека этот метод может показаться бесполезным и бессмысленным. Для правильной его оценки необходимо помнить, что Ориген писал для греков и в культурном отношении сам был греком. Он любил Ветхий Завет и бережно относился к малейшим его деталям, но в то же время хорошо понимал, что для его греческих современников необходимость читать ветхозаветную историю не была очевидной. Без этого, однако, они не могли стать христианами и правильно понять христианство. Поэтому Ориген объяснял, что все, даже самые казалось бы незначительные подробности ветхозаветных книг имеют вечный смысл и их нужно понимать символически, как аллегории отвлеченно духовных и истинно важных событий, относящихся ко Христу и Церкви.

Иногда Ориген до такой степени увлекается аллегоризмом, что всецело пренебрегает историческим смыслом текста. Но во многих случаях его духовное толкование стало традиционным христианским толкованием Библии.

Писания Оригена также живо говорят о его личности и характере: блестяще образованный эрудит, профессор, с характерно эллинским складом ума, он был влюблен в ветхозаветный текст любовью интеллектуала, был искренне предан Церкви и был очень добросовестным богословом. Ниже приводится несколько блестящих по глубине и уму примеров из его комментариев и проповедей.

В гомилии на Лк.1 Ориген говорит о существовании апокрифических писаний наряду с каноническими:

Следует вам знать, что много Евангелий было написано, а не только те четыре, которые мы читаем и которые были избраны и вверены церквам. Это нам известно непосредственно из первой главы Евангелия от Луки, где сказано: «Как уже многие начали составлять повествования о совершенно известных между нами событиях»... (Лк.1:1)

В комментарии на заповеди блаженства («Блаженны миротворцы...») Ориген утверждает, что для понимания священного текста необходимо особого рода знание, даруемое Святым Духом. Это знание раскрывает нам единый духовный смысл внешне противоречивых текстов Писания, и тем самым устанавливается «мир»:

Тому, кого мы можем назвать миротворцем, ничто в божественных высказываниях не представляется ни искаженным, ни извращенным. Все ясно тому, кто наделен пониманием.