Тогда же он начал свою научную деятельность публикациями статей в духовных журналах. В МДА сразу оценили молодого ученого. На это указывает тот факт, что через 4 года после окончания Академии, в 1874 году, А. П. Лебедев стал экстраординарным профессором МДА, победив в конкурсе путем баллотировки доцента МДА В. О. Ключевского, хотя последний окончил курс на 5 лет раньше и был представлен на конкурс ректором Академии А. В. Горским, а Алексея Петровича представлял профессор В. Д. Кудрявцев.[7]

В 1879 г. А. П. Лебедев защитил докторскую диссертацию по теме «Вселенские соборы IV и V веков. Обзор их догматической деятельности в связи с направлением школ Александрийской и Антиохийской».[8] В этом же году он был сделан ординарным профессором МДА. Такое быстрое продвижение было следствием признания Академическим советом неординарных способностей Алексея Петровича.

Николаевские времена в целом не были благоприятными для появления многочисленных трудов по церковной истории. На первом месте в системе богословских наук стояло догматическое богословие.[9] Эта старая школа направлялась и опекалась митрополитом Московским Филаретом, который не приветствовал новых научных поисков в стенах Московской Духовной Академии. Единственным авторитетом в области истории церкви был А. В. Горский. Но даже среди профессоров на первом плане были богословы, которые и определяли научное лицо Академии. Церковно-историческая наука, по словам А. А. Спасского, питалась только в стенах МДА «как нежный цветок, нуждающийся в постоянном уходе, в закрытой от свежего воздуха оранжерее».[10]

При императоре Александре II богословская наука вообще и церковная история в частности получили должный стимул к развитию. Не последнюю роль тут сыграл новый устав, введенный в 1869 г. Прежнее беспорядочное преподавание наук, с опорой на богословско-философские, было заменено прочной системой. Все богословские науки разделены были на 3 группы: собственно богословие, церковно-практические и церковно-исторические дисциплины. Студенты Академии получили возможность систематизировать свои знания и определяться по одному какому-либо направлению, не отвлекаясь на побочные темы. Профессора также могли теперь заняться изучением одной какой-то дисциплины.

Другое важное нововведение — появление магистерских и докторских степеней. Причем приобретение той или иной степени связывалось с предоставлением печатной диссертации и публичной защитой высказанных в ней тезисов. До устава 1869 г. степень магистра существовала, но ее получали студенты за лучшее курсовое сочинение, которое писалось ими на 4-м (выпускном) курсе. Затем эти сочинения сдавались в архив и оставались неизвестными. Докторской же степени от профессоров вообще не требовалось. Она давалась Св. Синодом двум-трем архиереям или протоиереям в течение каждого десятилетия. После 1869 г. докторство стало присуждаться Советом Академии и представлялось на окончательное утверждение Св. Синодом. Естественно, это стало одним из самых сильных стимулов для дальнейшего движения церковно-исторической науки, поскольку приобретение ученых степеней стало нравственным долгом каждого сознающего свои обязанности профессора.

В этом росте церковно-исторической науки одно из первых мест принадлежит А. П. Лебедеву. Начав свою службу в МДА в 70-х годах, он внес в разработку своей науки живую энергию.[11] Но в самой Академии к тому времени уже была школа церковно-исторической науки. Она была насаждена заботами Филарета Гумилевского и особенно А. В. Горского.[12] А. П. Лебедев с почтением относился к нему как к ученому, и хотя Александр Васильевич не был его научным руководителем, Алексей Петрович впоследствии всегда отмечал большое влияние его. А. В. Горский занимал кафедру Церковной истории с 1833 г. Он преподавал церковную историю в течение 30-и лет. С 1862 г. он был ректором Академии. Все, кто имел отношение к церковно-исторической науке, отмечали, что именно он, вместе с Ф. Гумилевским, произвел переворот в МДА. Это выразилось в том, что если ранее любимым предметом в МДА была философия, которая развивалась благодаря деятельной заботе Ф. А. Голубинского, то А. В. Горский и Ф. Гумилевский на самое видное место поставили историю церкви. А. В. Горский — личность весьма цельная. Это глубоко верующий ученый, убежденный, что во все времена все высокое в стремлении духа человеческого истекает из источника св. веры. В его душе кроме страстной любознательности всегда жила пламенная вера. Сам он в служении богословской науке видел своеобразное служение церкви, один из видов духовного знания.[13] И в то же время Александр Васильевич был очень дотошен, когда дело касалось научного творчества. «Он всегда был за делом, — вспоминал его современник проф. П. С. Казанский. — Когда он садился за свой столик в углу, то не видел никого».[14] Главное достоинство его научных трудов по Восточной и Русской Церкви — это то, что автор работал по рукописным источникам и руководствовался при этом строго научным методом критического исследования.[15] Изучая историю Русской церкви, он опирался на свое знание истории древней Восточной церкви, исторических источников по ней. Этот метод был усвоен затем его учеником Е. Е. Голубинским, а также всеми учеными, вышедшими из школы А. В. Горского, в том числе и А. П. Лебедевым. Александр Васильевич смотрел на Академию как на храм богословской науки. Он видел в ней духовное братство, опору церкви, источник богословского влияния для Православной церкви.

Научным руководителем А. П. Лебедева в его студенческие годы был профессор философии МДА Виктор Дмитриевич Кудрявцев-Платонов.[16] У него Алексей Петрович писал свою магистерскую диссертацию. В. Д. Кудрявцев-Платонов был учеником Ф. А. Голубинского и преподавал философию в МДА с 1854 г. до своей смерти в 1891 г. Его ученики выделяют три главных качества, присущих его характеру: скромность, аккуратность и постоянство.[17] Они проявлялись и в профессорской деятельности Виктора Дмитриевича. Хотя в дальнейшем А. П. Лебедев не стал заниматься философией, но все же Виктор Дмитриевич во многом повлиял на него. Скромность, аккуратность и постоянство стали и его качествами.

Следует сказать также о старших товарищах А. П. Лебедева по Московской Духовной Академии. Это представители молодого и свежего направления: проф. церковной истории России Е. Е. Голубинский, профессор церковной археологии и литургии И. Д. Мансветов и доцент, а в дальнейшем профессор русской гражданской истории В. О. Ключевский. По мнению А. А. Спасского, все они внесли в церковно-историческую науку свежую струю и продвинули ее далеко вперед. Опираясь на традиции школы А. В. Горского и Ф. Гумилевского, они отказались от жесткого консерватизма в науке, присущего МДА во время митр. Филарета, когда церковная история должна была служить интересам богословских наук. Она была поставлена в самостоятельное положение и на серьезную научную почву.[18]

Кроме Московской Духовной Академии, церковная история начала развиваться и в Санкт-Петербургской, и в Казанской Академиях. Можно указать на таких ученых, как И. Л. Янышев, И. В. Чельцов, А. Л. Катанский, Т. В. Барсов, И. Е. Троицкий. Они разрабатывали историю Восточной церкви в СПбДА. В Казани во второй половине XIX века появляются работы Ф. А. Курганова о взаимоотношении церковной и светской властей, в Киеве профессор Ф. А. Терновский посвятил свою научную работу проблеме истории древней церкви.

Естественно, в этом развитии церковной истории как науки А. П. Лебедеву принадлежит одно из видных мест. Со своей стороны он был своего рода «научным отцом» семи докторов богословия, церковной истории и канонического права. Это: профессор МДА П. С. Казанский, архиепископ Владимирский Сергий, профессор Московского Университета А. М. Иванцов-Платонов, профессор МДА Н. Ф. Каптерев, профессор Харьковского Университета М. А. Остроумов, профессор МДА П. И. Цветков, профессор МДА Н. А. Заозерский.[19] Непосредственно учениками Алексея Петровича были такие известные впоследствии ученые, как: профессор Новороссийского Университета А. П. Доброклонский, профессор богословия в Санкт-Петербургской Духовной Академии Н. Н. Глубоковский, профессор церковной истории в Московской Духовной Академии А. А. Спасский, историк церкви А. Ф. Карташев, профессор Санкт-Петербургского Университета И. Д. Андреев и другие.[20] Недаром знаменитый церковный историк Берлинского Университета А. Гарнак в отзыве о сочинении Н. Глубоковского в 1890 г. отмечал существование при Московской Духовной Академии целой школы, которая посвящала свои труды изучению церковной древности. Главная заслуга в ее развитии принадлежит А. П. Лебедеву.

После опубликования докторской диссертации Алексея Петровича, вызвавшей разноречивые отклики, его стали обвинять в «либеральном духе» и в «неправославии». Поэтому начались сложности с духовным начальством и с цензурой. Уже в 1885 г. А. П. Лебедев вынужден было покинуть стены любимой Академии, и ему назначили чтение лекций в Казанском Университете. И только ходатайство профессоров Академии о нем спасло его тогда.[21] Но уже в 1895 г. профессор все же вынужден был оставить стены своей alma mater и перейти в Московский Университет на кафедру Церковной истории, где после смерти протоиерея А. М. Иванцова-Платонова освободилось место.[22]

По собственному выражению, Алексей Петрович чувствовал себя в Университете, как «архиерей на покое». Но этот покой был только кажущимся, так как давал профессору простор для дальнейшего творчества. И он работал тут с неувядающим юношеским жаром. Прежде всего, он принялся за издание 10-томного собрания своих трудов. Но кроме того, не проходило и года, чтобы в каком-либо духовном журнале не появилось новое его исследование по церковной истории.

Сам А. П. Лебедев не был сухим кабинетным ученым. Он состоял членом различных церковно-общественных и научно-просветительских обществ. Его научные заслуги настолько высоко ценились, что он был избран почетным членом нескольких Духовных Академий и Университетов.[23] В конце своей жизни А. П. Лебедев стал интересоваться наметившейся в России церковной реформой. И хотя он не был избран в члены Предсоборного Присутствия по делам церковной реформы, всегда интересовался его работой и высказывал свои мысли в различных статьях.[24]

По природе своей Алексей Петрович был чужд оголтелого либерализма. Все, кто его знал, отмечали, что скорее ему был присущ здоровый, незакостенелый консерватизм. Особенно это стало проявляться в конце жизни ученого, когда реформаторские идеи стали носиться в воздухе, и о замыслах перестроить Россию и Православную церковь можно было услышать на каждом шагу. Он не остался в стороне от всех этих споров и дискуссий. А. П. Лебедев отозвался на них печатным словом и с обычной четкостью сформулировал свои тезисы. Во многих его сочинениях последнего времени звучат сближения с современным ему положением дел. Текущая церковная жизнь не осталась вне его наблюдений, она также оказалась объектом критического суждения профессора. Он собирал материалы по новейшему «реформированию» церкви. Тогда же Алексей Петрович выступил в печати с апологетической статьей о митрополите Филарете (Дроздове). В своих научных работах профессор проповедовал исключительную священность православного пастырства. Правда, некоторые его современники считали, что последние статьи А. П. Лебедева написаны скорее в публицистическом духе, а эта сфера деятельности никогда не удавалась ученому.