В те дни, когда Митрополит Дионисий находился в эмиграции, Православная Церковь в Польше управлялась Варшавской Духовной Консисторией, которую возглавлял протопресвитер Иоанн Коваленко, настоятель митрополичьей церкви св. Марии Магдалины. Как только закончилась Вторая мировая война и была восстановлена Польша, Митрополит Дионисий вернулся в Варшаву, но здесь и со стороны православного духовенства, и со стороны паствы стали раздаваться настойчивые голоса как против незаконной автокефалии Православной Церкви в Польше, так и против ее главы — Митрополита Дионисия. Решено было обратиться к Матери–Русской Церкви и испросить у нее благословение на каноническую автокефалию. Летом 1948 года в Москву прибыли делегаты Православной Церкви в Польше, которые представили Святейшему Патриарху Алексию I и Священному Синоду Русской Православной Церкви следующее обращение:

«1. Польская автономная Церковь признает неканонической и недействительной автокефалию Польской Церкви, провозглашенную Томосом Константинопольского Патриарха Григория VII от 13 ноября 1924 г. (№ 4588) и испрашивает благословение Матери–Русской Церкви на каноническую автокефалию.

2. Ввиду того что Митрополит Польской Церкви Дионисий пребывает в отдалении от Матери–Русской Православной Церкви, причем он не раз в письмах Патриарху Московскому утверждал, что Польская Церковь получила от Церкви Константинопольской каноническую автокефалию, Польская Церковь не может продолжать с ним молитвенного и литургического общения и не будет впредь возносить его имя за богослужением как имя своего Предстоятеля.

3. Равным образом, Польская Церковь прекращает молитвенное общение со всеми священнослужителями и мирянами Польской Церкви, разделяющими упомянутое заблуждение Митрополита Дионисия, впредь до их раскаяния».

Выслушав это обращение, Святейший Патриарх Алексий и Священный Синод Русской Церкви 22 июня 1948 г. определили:

«1. Принимая во внимание отказ Польской Церкви от ее неканонической автокефалии, — Святейший Патриарх и Священный Синод — ныне же восстанавливают с ней каноническое молитвенное и литургическое общение и дают ей право на полное самостоятельное управление.

2. По утверждении Собором епископов Православной Русской Церкви автокефалии Польской Церкви, — Польская Церковь избирает Главу своей Церкви. К этому времени Польская Церковь получает устройство, требуемое канонами для автокефалии» [594].

Московский Патриархат незамедлительно поставил в известность Поместные Православные Церкви о всем происшедшем.

Во главе Церкви временно стал архиепископ Белостокский и Вельский Тимофей.

Оказавшись в полной изоляции, Митрополит Дионисий в августе 1948 года направил Святейшему Патриарху Алексию I покаянное письмо, в котором просил принять его «хотя и запоздалое, но искреннее покаяние во всех содеянных» им «по отношению к Матери–Церкви прегрешениях» [595].

Это письмо было предложено Патриархом Алексием на рассмотрение Священному Синоду, который на своем очередном заседании в ноябре 1948 года постановил:

«1. Удовлетворить ходатайство Митрополита Дионисия и, ради искреннего его раскаяния, считать каноническое общение его с Матерью–Русской Церковью восстановленным.

2. Считать возможным оставление за ним, ввиду исполнившегося35–летия его служения в епископском сане, — сана митрополита, но без присвоенного ему в период его выхода из юрисдикции Московской Патриархии титула «Блаженнейший» [596].