Собор, который, видимо, был посвящен только проблеме благочестия в церквах и единогласию, был очень непродолжителен и закончился уже 11 февраля, в день своего открытия. Помимо патриарха, на нем присутствовал престарелый Варлаам, митрополит Ростовский, митрополит Серапион Сарский и Подонский, а также архиепископы Маркел Вологодский, Моисей Рязанский, Иона Тверской и епископ Рафаил Коломенский. Кроме того, в состав собора вошли 5 архимандритов, 6 московских игуменов, игумен соловецкий и 10 московских протопопов, всего 29 человек[37]. Никона на соборе не было, не было и таких сторонников реформы из епископата, как Серапион Суздальский и Варлаам Вятский. Видимо, их умышленно забыли пригласить.

Краткое Деяние собора отмечает, что вследствие своевольных попыток ввести единогласие в Москве учинилась молва великая и всех чинов православные люди учали отлучаться от церкви за долгим и безвременным пением.

Поэтому собор постановил: как было при прежних святителех, митрополитех и патриархех, по всем приходским церквям службы служити по прежнему, и вновь ничего не вчинати[38].

Решение собора, состав которого был явно подтасован, было встречено боголюбцами бурей негодования и привело к прискорбным столкновениям. Они решили, что постановление собора, который, как выразился биограф — современник Никона, отказался “древнее неблагочиние на благочиние перемените”[39], является подрывом всего их дела и сознательным разрушением русского православия. Вонифатьев, явившись во дверец, “на собор”, заявил царю при патриархе, что в Московском государстве нет церкви Божией, а патриарха назвал… волком, а не пастырем; також называл… митрополитов, и архиереев, и епискупов… и весь освященный собор бранными словами… и волками и губителями… и патриарха и освященный собор бранил без чести[40].

Собор во главе с патриархом подал царю жалобу на Вонифатьева, требуя, ссылаясь на Уложение, наказания обидчика: В той твоей книге государевой, в Уложенной книге написано: кто изречет на соборную и апостольскую церковь какие хульные словеса— да смертью умрет. А он, Стефан, не токмо, что на соборную и апостольскую церковь хулу понес, но и на вси твои Божии церкви… и нас, богомолъцев Твоих, обесчестил.

В заключение патриарх и собор требовали предать Стефана Вонифатьева суду[41]. Царь не поддержал патриарха и епископат и не предал суду Стефана. Он чувствовал, что собор был неправ и что его руководители выступили против единогласия главным образом ввиду личных и тактических соображений. Поэтому там, где единогласие было введено, как, например, в церквях Вонифатьева, Неронова и их сторонников, оно не было отменено. Позже, в 1651 году, патриарх горько жаловался, что не он, а Вонифатьев и его друзья распоряжаются в церкви:

Аз слышах, яко многие на мя износят укоры, раняще нас, их же ответ готов имуще на судищи Христови устремихся умолчати; еще их сотворих. Третие бо сие лето есть биему — от сводник терпе клеветные раны. Доволен сый, яко имам послуха Господа тайнам советника. Елма же видят мнози молчание наше на известие клеветников веруя же, а не задолго терпение наше молчание, бо занеже не имехом ли силы разверсти уста ко истине[42].