В ст. 13 говорится о правах Местоблюстителя. Как и сам Патриарх, он управляет Русской Церковью совместно с Синодом; имя его возносится за богослужением во всех храмах Русской Православной Церкви; он обращается с посланиями ко «всей Русской Церкви и к предстоятелям поместных Церквей. Но в отличие от Патриарха, Местоблюститель сам, когда найдет это нужным, не может ставить вопрос о созыве Собора Архиереев или Поместного Собора с участием клира и мирян. Данный вопрос ставит Синод под его председательством. Причем речь может идти лишь о созыве Собора для избрания Патриарха и не позднее 6 месяцев с момента освобождения Патриаршего Престола. Положение не предоставляет Местоблюстителю права награждать архиереев титулами и высшими церковными отличиями.

Священный Синод, согласно Положению об управлении Русской Православной Церковью 1945 г., отличался от Синода, образованного в 1918 г., тем, что он не делил свою власть с Высшим Церковным Советом и имел иной состав, а от Временного Синода при Заместителе Местоблюстителя он отличался наличием реальной власти, тем, что не являлся только совещательным органом при Первоиерархе.

Составу Синода посвящены ст. ст. 17-21 Положения. Священный Синод, согласно Положению, состоял из председателя — Патриарха, — постоянных членов — митрополитов Киевского, Минского и Крутицкого (Архиерейский Собор 1961 г. расширил состав Священного Синода, включив в него в качестве постоянных членов Управляющего делами Московской Патриархии и Председателя Отдела внешних церковных сношений). Три временных члена Синода вызываются поочередно на полугодовую сессию, согласно списку архиереев по старшинству (для этого все епархии разделены на три группы). Вызов архиерея в Синод не обусловлен двухлетним пребыванием его на кафедре. Синодальный год разделен на 2 сессии: с марта по август и с сентября по февраль.

В отличие от Определения Поместного Собора 1917-1918 гг., в котором подробно регламентирована компетенция Синода, в Положении ничего не говорится о круге подведомственных ему дел. Однако в ст. 1 Положения предусматривалось, что управление Русской Церковью осуществляется Патриархом совместно со Священным Синодом. Следовательно, все важные общецерковные дела решаются Патриархом не единолично, а в согласии с возглавляемым им Синодом.

Высшее управление Русской Православной Церкви по ныне действующему уставу от 9 июня 1988 г.

Поместный Собор 1988 г. и принятый им Устав об управлении Русской Православной Церкви

В год тысячелетнего юбилея Крещения Руси, с 6 по 9 июля 1988 г., в Троице-Сергиевой Лавре заседал Поместный Собор Русской Православной Церкви. В деяниях Собора приняли участие: по своему положению — все архиереи Русской Церкви; по избранию — по два представителя от клириков и мирян каждой епархии; а также представители духовных школ, наместники и игумений монастырей. Председательствовал на Соборе Святейший Патриарх Пимен и постоянные члены Синода.

Среди документов Собора важнейшее значение имеет Устав об управлении Русской Православной Церкви, принятый 9 июня 1988 г. Проект Устава был разработан и представлен полноте Собора архиепископом Смоленским и Вяземским Кириллом (ныне митрополит). Предварительно он обсуждался на Архиерейском Предсоборном Совещании 28-31 марта 1988 г. На Предсоборном Совещании и во время дискуссии, состоявшейся на самом Поместном Соборе, были рассмотрены и внесены поправки в текст Устава, уточнены отдельные формулировки. Это первый Устав в истории Русской Церкви. В синодальную эпоху управление Русской Церковью осуществлялось на основании «Духовного регламента», в некотором отношении сходного с Уставом; затем «Духовный регламент заменили отдельные Определения Поместного Собора 1917-1918 гг. и, наконец, с 1945 г. по 1988 г. действовало краткое «Положение об управлении Русской Православной Церковью».

Ныне действующий Устав разделен на 15 глав, каждая из которых состоит из нескольких статей. В преамбуле Устава («Общие положения») говорится о том, что Русская Православная Церковь является многонациональной поместной автокефальной Православной Церковью, находящейся в вероучительном единстве и молитвенно-каноническом общении с другими поместными Православными Церквами. Определение «многонациональная» соответствует действительности. Приводится в Уставе и другое официальное наименование Русской Церкви — Московский Патриархат.

Согласно ст. 3 Устава, юрисдикция Русской Церкви простирается на лиц православного исповедания, проживающих на территории России, за исключением Грузии, а также на добровольно входящих в нее православных, живущих за границей. В ст. 4 содержится перечень источников действующего русского церковного права: Священное Писание и Священное Предание, святые каноны, постановления Поместных Соборов Русской Православной Церкви, настоящий Устав. Отмечено и то обстоятельство, что свою деятельность Русская Церковь осуществляет при уважении и соблюдении государственных законов.

Высшими органами церковной власти, в соответствии с Уставом, являются Поместный Собор, Архиерейский Собор и Священный Синод во главе с Патриархом. В преамбуле Устава названы также органы епархиального и приходского управления. Правами церковного суда, согласно Уставу, обладают Поместный и Архиерейский Соборы, Священный Синод и Епархиальный Совет. В заключительной статье преамбулы (ст. 9) закреплено положение о том, что Патриархия, ее учреждения, епархии, приходы, монастыри и духовные школы обладают гражданской правоспособностью.

Устройство Высшего управления Русской Церкви регламентируется в гл. 2-6 Устава.