Постоянный Святейший Синод состоит из Архиепископа Афинского и епископов, возглавляющих постоянные синодальные комитеты, Вице-председателем Постоянного Синода Архиерейский Синод может назначить старейшего по хиротонии епископа. В период между сессиями высшим органом церковной власти является Постоянный Синод, который имеет всю полноту власти Архиерейского Синода, за исключением права предлагать трех кандидатов для избрания Архиепископа. Судебная власть Постоянного Синода ограничена тем, что Архиерейский Синод рассматривает апелляционные жалобы на приговоры Постоянного Синода и выносит по ним окончательные решения. Постоянный Синод координирует также деятельность постоянных синодальных комитетов, руководит деятельностью духовных школ и богословских факультетов, утверждает церковный бюджет, издает официальные бюллетени.

Генеральная церковная ассамблея состоит из непременных и избираемых членов. Непременными ее членами являются Архиепископ Афинский (Председатель), все епископы, находящиеся на кафедрах, секретари Постоянного Синода, генеральные директора церковных учреждений и секретари — директора постоянных синодальных комитетов. Избираемыми членами Ассамблеи являются представители от епархии: по одному члену и по одному заместителю из мирян. Генеральная церковная ассамблея созывается на одну сессию в год. Чрезвычайная сессия созывается по решению постоянного синодального комитета или по письменному заявлению 1/3 избираемых членов Ассамблеи. Генеральная церковная ассамблея решает финансовые и хозяйственные вопросы церковной жизни, обсуждает церковный бюджет, защищает материальные интересы Элладской Церкви; выносит на рассмотрение Архиерейского Синода предложения об изменении границ и названий епархий; обсуждает канонические способности кандидатов на архиерейские кафедры. В период между сессиями Генеральной церковной ассамблеи ее полномочия принадлежат ответственному перед ней Центральному церковному совету. Центральный церковный совет состоит из председателя — Архиепископа — и вице-председателя Постоянного Синода, а также генеральных директоров церковных учреждений в качестве его непременных членов. Избираемыми членами совета являются 2 пресвитера и 4 мирянина, вместе со своими заместителями, избираемыми на 3 года Генеральной церковной ассамблеей.

Синодальная администрация включает в себя:

1. Комитет секретариата Святейшего Синода, состоящий из трех иерархов, избираемых Архиерейским Синодом;

2. Комитет по догматическим, нравственным, каноническим и церковно-законодательным вопросам;

3. Комитет по богослужебным вопросам и церковному искусству;

4. Комитет духовного образования;

5. Комитет внешних церковных сношений;

6. Издательский комитет;

7. Комитет христианского воспитания молодежи;

8. Пастырский комитет;

9. Финансовый комитет.

В каждый комитет, кроме Комитета секретариата Святейшего Синода, входят по три непременных члена в епископском сане, избираемых Святым Архиерейским Синодом по предложению Постоянного Синода сроком на 3 года. Избираемые члены назначаются Архиерейским Синодом по предложению непременных членов. Непременными членами комитетов могут быть епископы, находящиеся на покое. Центральным административным органом церковной власти, исполняющим постановления всех высших органов церковной власти, является Архиепископ Афинский и всей Эллады.