Успенский собор был возведен искусными новгородскими зодчими. В 1557 году, в праздник Успения Пресвятой Богородицы, игумен Филипп освятил новый храм.

Вскоре после освящения Успенского собора Игумен Филипп объявил братии о своем намерении построить еще более великолепный храм в честь Преображения Господня. Часть иноков высказывала опасение, что нет достаточных средств.

Уповая на помощь Божию, игумен Филипп приступил к строительству. Спасо–Преображенский собор был заложен в 1558 году. «С особенною любовию занимался Филипп сооружением этого храма; все делалось под неусыпным надзором его: своими руками он участвовал в работах, примером своим возбуждая ревность в работавших».

Царь пожертвовал 1000 рублей на новый храм, а в 1559 году разрешил безпошлинный провоз соли и безпошлинную закупку разных припасов. Строительство не было завершено при игумене Филиппе, но он успел приготовить утварь, сосуды, образа, ризы, кадила, серебряные подсвечники, цветные стекла для окон, и под папертью, с северной стороны, ископал себе могилу.

Близилось время, когда игумен Филипп должен был навсегда покинуть Соловецкую обитель и взойти к высокому служению митрополита Всея Руси. Не только в самой обители проявились благие плоды его трудов. В монастырских волостях он входил во все нужды крестьян, вплоть до того, что из монастыря отпускали дрова для варки соли в деревнях. Игумен сам указывал, какие работы когда проводить, и какими семенами засевать поля. Наиболее вредные пороки – пьянство и игра в зернь – были им запрещены, под угрозою изгнания из монастырских волостей.

Более всего игумен Филипп уделял внимание духовной жизни братии. «Переходя от подвига к подвигу, возвышаясь от добродетели к добродетели, он действовал на сердца примером гораздо более, чем словами, – силою любви несравненно более, чем силою власти». Четверо подвижников, подвизавшихся в обители во времена игуменства святителя Филиппа, прославлены Церковью – преподобные Вассиан и Иона Пертоминские и миряне Иоанн и Лонгин Яренгские.

Внимание Иоанна Грозного к обители было связано и с тем, что он благоволил лично игумену Филиппу. Царь неоднократно призывал его в Москву. В 1566 году игумен Филипп был вызван особой грамотой «духовного ради совета». Игумену шел уже 60–й год.

Свой путь в столицу он направил через Новгород. Граждане города просили его быть заступником перед царем, зная о гневе Грозного. Царь объявил игумену Филиппу, что по его державной воле и соборному избранию ему должно быть митрополитом. Игумен просил Грозного не разлучать его с пустынной обителью. Иоанн был непреклонен и поручил архиереям и боярам уговорить Филиппа. Соловецкий игумен согласился принять этот сан лишь с условием, что будет уничтожена опричнина.

При дворе Иоанна Филиппа встретили враждебно. Грозный не выказывал еще гнева, но в особой грамоте повелел «архиепископам и епископам сказать Филиппу, чтобы он отложил свое требование, не вступался бы в дела двора и опричнины». Игумен Филипп был вынужден уступить царской воле.

Святитель Филипп был посвящен в митрополита Московского и Всея Руси 25 июля (ст. ст.) 1566 года. Сам царь казался растроганным миролюбивой речью митрополита.

Приняв на себя бремя правления, святитель Филипп «как бы не отлучался духом от своей возлюбленной пустыни». Он постоянно помнил о соловецкой братии и с радостью принимал приезжавших из монастыря. На дворе митрополии он выстроил храм в честь Соловецких Чудотворцев. В 1568 году им было отдано распоряжение об окончании озера, которое не было закончено в его бытность в Соловках.

«Не напрасно душа святого Филиппа тосковала по мирной Соловецкой обители: над главою митрополита собиралась грозная туча. В январе 1567 года царь переехал из Кремля в свой укрепленный дворец среди опричников и был уже совершенно в руках у этих извергов. Среди общего безмолвия, все ожидали, что раздастся единственный спасительный голос Филиппа».

Митрополит обратился к епископам, но «единодушия между ними не оказалось». Святитель Филипп не устрашился и без помощников вступить в подвиг. Сначала наедине, потом в собраниях он стал обличать царя. «Государь царь! – мужественно говорил Святитель – различай лукаваго от правдиваго; принимай добрых советников, а не ласкателей. Грешно не возбранять согрешающим, но зачем разделять единство державы! Ты поставлен от Бога судить людей Божиих в правду, а не представлять из себя мучителя. Обличи тех, кто неправо говорит пред тобою…».

После таких встреч царь бывал мрачен и задумчив. Малюта Скуратов и Василий Грязной умели пользоваться таким настроением и еще более разжигали его гнев на праведные слова.