На месте часовни была устроена деревянная церковь и приготовлено все необходимое для ее освящения и совершения богослужения. Иеромонах Ефрем отправился в Вологду к архиепископу с просьбой об антиминсе и книгах для нового храма. Получив все необходимое, он уже возвращался в новую обитель, но на дороге был захвачен и убит поляками, опустошавшими Русскую землю в смутное время самозванства. Все церковные вещи были разграблены. Такая же судьба постигла и Козьму с сыном: они собирали на храм в окрестностях Онежского озера и в Каргопольском уезде были убиты литовцами. Другие пустынники покинули свои кельи; остался в пустыне один Савватий.

Церковь стояла неосвященной пять лет. Наконец, к гробам преподобных пришел иеромонах Иаков. Он позаботился об освящении храма в честь Преображения Господня и устроил над местом погребения преподобных Вассиана и Ионы раку. Скоро к нему собрались пустынножители. Новая обитель была названа Пертоминским монастырем преподобных Вассиана и Ионы.

Петр I, застигнутый бурей на пути из Соловецкой обители в Архангельск, нашел убежище в Пертоминском монастыре. Пробыв здесь три дня, он своими руками устроил огромный деревянный крест, с надписью на русском и голландском языках: «Сей крест поставил капитан Петр в лето 1694». Крест был поставлен на берегу и впоследствии перенесен в кафедральный собор г. Архангельска.

По свидетельству «Соловецкого патерика» (М., 1906), мощи преподобных Вассиана и Ионы почивают под спудом в каменном храме Успения Божией Матери, освященном в 1691 году.

Пустынники XVII века

При игумене Антонии (1605–1612) Василий Кенозерец, любивший уединяться в пустынные места острова, рассказал своему духовному отцу Иосифу встречу с чудным пустынником Андреем: «Случилось мне однажды, – говорил Он, – зайти далеко от монастыря, так что я, потеряв дорогу, блуждал без пищи и пития. Вдруг вдали показалась мне как бы тень человека. Я устремился за нею, – тень скрылась в дебри; я продолжал бежать и, увидев малую тропинку, по ней дошел до густой чащи, в которой был узкий проход для одного человека. Проникнув этим проходом, я увидел гору и на ней следы босого человека. В горе виделось малое отверстие. Сотворив молитву, я вошел в темную пещеру. Перекрестившись, я простер руки и осязал человека, в испуге сотворил молитву, на которую житель пещеры ответил: «Аминь». Я пал к его ногам. «Зачем ты пришел сюда и чего тебе нужно?» – спросил незнакомец. «Прости меня, отец святой; я заблудился и пришел сюда; молю тебя, сжалься надо мною и укажи мне путь к обители». Отшельник провел меня в другую пещеру, в которой с южной стороны было окно, освещавшее внутреннее помещение. Тогда я рассмотрел незнакомца: он был наг, с малой бородой, тело его было черно.

В пещере поставлены четыре сошки; на них положены две доски и два корытца, в одном вода, в другом моченая трава. Пустынник дал мне отведать травы и напоил водой. Вкусив предложенную пищу, я ощутил в себе бодрость и крепость сил. Тогда я спросил старца поведать мне житие его. «Я был трудником Соловецкого монастыря; имя мне Андрей, – так начал свою повесть пустынник, – пришедши в Соловецкую обитель, я трудился в Сосновой, вываривая соль. Игуменом в то время был Варлаам (1571- 1581), впоследствии ростовский митрополит.

Вскоре мысль о грехах пробудилась во мне; породилось желание, оставить все, подвизаться для Бога. Ни мало не отлагая, я пошел в пустыню, нашел это место, выкопал пещеру и поселился в ней. Томился я голодом и жаждой; питался ягодами и грибами, много раз терпел наваждения бесовские, биения, ругательства, болезни; боролся с помыслами, как с лютыми зверями. Не раз раскаивался, что ушел в пустыню, считая бесплодным свое отшельничество. Неоднократно даже оставлял пещеру, чтобы идти в мир. Но раздавался гром небесный, проливался дождь, и я принужден был возвратиться в пещеру. Здесь тихая прохлада успокаивала меня. Иногда поднимался я из пещеры зимою; но страшный мороз, от которого сокрушались мои кости, не давал мне возможности отойти на пять шагов. Три года продолжалась эта тяжелая борьба.

После трехлетних искушений для меня настало спокойствие, и прекратились все неприязненные нападения. Тогда явился ко мне некто святообразный и сказал: «Мужайся; не оставляй пути к Богу, указанного тебе». Он дал мне эту траву, говоря: «Питайся ею, и пей воду из этого озера». И вот я 38 лет питаюсь этой травой».

Выслушав этот рассказ, я упал к ногам старца, прося его молитв. Пустынник Андрей вывел меня из пещеры, указав путь к обители и, благословив, сказал: «Иди с миром и никому не говори слышанного от меня, пока я жив». Я пошел, и мне показалось, что до монастыря было не более полуверсты. Спустя некоторое время, Василий с другим учеником Иосифа – Дамианом отправились отыскивать пещеру Андрея; но, проходив целую неделю, не нашли ни дебри, ни горы, ни пещеры.

Повесть Василия глубоко запала в душу Дамиана. Он желал отшельнической жизни; жаждал беседы с подвижниками пустыни, ведомыми одному Богу, а потому в пустынных местах острова провел сорок дней в поисках пустыннолюбца. Наконец силы его изнемогли, и Он, едва дышащий, лег под дерево. Здесь нашли его соловецкие иноки, положили на носилки и, принесши к монастырскому подворью, призвали духовного отца. «Что с тобой, Дамиан?» – спрашивал духовник. «Прости меня, отец; с тех пор, как я вышел из монастыря, не видал хлеба, а питался только травой». Тогда дали ему хлеба, и Дамиан оправился. Опять пробудилось в нем желание отыскать отшельников. После усердной молитвы к Богу и преподобным Зосиме и Савватию, он вышел из обители и в этот раз нашел многих пустынников, подвизавшихся на Соловецком и Анзерском островах. Это были: старец Ефрем черный и мирянин Никифор Новгородец, потом Алексий калужанин, Иосиф и Тихон москвитянин, Феодул рязанец, Порфирий, Трифон, Иосиф младый, Севастиан и многие другие. Сердечной любовью прилепился к ним Дамиан, начал часто посещать их. Когда умирал кто‑либо из них, то он своими руками совершал погребение.

Во время таких трудов встретил его однажды пустынник Никифор. «Посещай, Дамиан, чтобы и сам ты был посещен от Бога», – сказал отшельник и скрылся. Дамиан нашел в пустыне Тимофея, который, во время смуты самозванцев, оставив в Алексине дом родительский, приплыл из Архангельска на остров в малой лодке, выстроил себе хижину и поселился в ней. Подобно Андрею, он питался травой.

Дамиан пожелал подражать примеру отшельников, выстроил себе уединенную келью и удалился туда на безмолвие. Но здесь посетило его тяжкое искушение. Однажды служивший Дамиану брат, придя навестить его, сотворив молитву, не получил ответа. Инок отворил дверь и нашел Дамиана едва живым, всего распухшим. Пустынника перевезли в монастырскую больницу, где он пробыл полгода, под надзором опытных старцев. Но лишь только Дамиан оправился, решился искать иного места для уединенной жизни. На малой лодке он пустился в море и поселился на Онеге. Здесь звероловы тяжело избили его; но, оправившись, пустынник пошел отсюда за озеро Бодло и вблизи острова на Юрьевой горе водрузил крест и поставил себе келью, где провел семь лет. Дамиан начал строить здесь храм во имя Святой Троицы и, положив основание обители, скончался ноября 27 дня 1633 года.