Преподобный имел намерение вбегать в костелы и возглашать те же слова, но его догнали слуги владык, съехавшихся на сейм, и, втолкнув в болото, глубиной выше колен, продержали его до прихода с постоялого двора воза. Произошло это в марте месяце: страдалец терпел великую стужу. Еле живой на возу был доставлен во владычную гостиницу и снова кинут в заключение. По жалобе некоего Даниловича, архиерейского писаря, «старшие отцы судят» преподобного и, «не имея на это никакого права», постановляют решение: лишают его игуменства и пресвитерства», затем препровождают его, как зачумленного, от одной духовной особы к другой и по окончании сейма отправляют на суд к Киевскому митрополиту, которым тогда был знаменитый Петр Могила.

Консистория митрополита оправдала Афанасия, и варшавское определение было уничтожено. «Когда я на суде, — замечает Афанасий, — припомнил, как меня в Варшаве водили от гостиницы к гостинице, отец Гизель сказал: "Как от Анны к Каиафе"», т. е. сравнил варшавский суд над Афанасием с судом первосвященников иудейских над Иисусом Христом.

Восстановленный в пресвитерском сане, преподобный неоднократно совершал святые литургии в Киеве, как в пещерах, так и в церкви Успения Богоматери, а когда православное Брестское братство вошло к митрополиту с просьбой вновь прислать на игуменство св. Афанасия, Петр Могила исполнил это ходатайство братчиков. В грамоте братству по поводу возвращения игумена митрополит ставил на вид, что преподобный посылается на игуменство «после надлежащего вразумления духовного за поступок, который всей Церкви Российской причинил скорбь и трудности», и что Брестский игумен вперед «будет осторожней поступать в делах церковных, особенно же перед королем, его милостью, господином нашим милостивым и всем пресветлым его сенатом».

Вернувшись в Брест, св. Афанасий всей душой отдался монашеским подвигам с братией вверенного ему Симеонова монастыря. Но обстоятельства в Западной Руси слагались в то время так, что тихая и уединенная жизнь иноков постоянно прерывалась. Православные — как духовенство и монахи, так и миряне — терпели много притеснений за свою веру: не раз испытывали от своевольных школьников иезуитских и от униатских попов ругательства, позорные насмешки и битье, нападения и всякого рода бедствия. Один униатский архимандрит, насильно захвативши на большой дороге монахов, посланных к св. Афанасию из Купятицкого монастыря, священноиноку отрезал бороду, диакона раздел донага и обоих прогнал, а двух монастырских коней со всеми вещами грабительски присвоил себе. Дошло до того, что никому из монастыря нельзя было показаться на улицу, не подвергаясь ругательствам. «На каждом месте, — рассказывает св. Афанасий, — во дворах и судах, ругаются над нами и кричат на нас: "Гу–гу, русин, волк, схизматик, турко–гречин, отщепенец"».

Так как канцлер Сапега считался покровителем (патроном) Брестского монастыря (обитель имела землю, им данную), то преподобный в 1644 г. ездил к Сапеге в Краков и просил своего прежнего хозяина, чтобы он выхлопотал у короля охранный лист для православных жителей Бреста, которые не находят в судах защиты от притеснений со стороны униатов. Но гордый вельможа дал такой ответ преподобному: «Поп с попами подрался, а мне какое дело? Сделайтесь униатами и будете жить в покое».

Обиды и притеснения, которые отовсюду сыпались на православных, разумеется, не могли не волновать преподобного. В сильном возбуждении он становится на молитву перед Купятицкой иконой Богоматери и опять явственно слышит голос, исходящий от святой иконы: «Афанасий! Проси еще с помощью Моего образа на будущем сейме перед королем польским и Польским государством о полном уничтожении проклятой унии. Хорошо будет, если послушают и уничтожат ее: поживут еще счастливо в будущих летах».

Устрашенный видением, св. Афанасий пять дней был чрезвычайно слаб, не пил, не ел и все раздумывал о том, как ему поступить. Он знал, что смелые речи на сейме снова вызовут суд над ним и осуждение, и в то же время боялся нарушить волю Божию. Смущался великостью дела, которое на него, смиренного, возлагал Господь, и успокаивал себя тем, что даже ослица Валаама говорила некогда по воле Божией. Подобно другим инокам хотел бы преподобный сидеть в обители, молясь Творцу своему за себя и за всех властей, духовных и светских, а особливо за своих благодетелей, но, вынуждаемый волей Божией, он начал готовиться к генеральному сейму 1645 г. Прп. Афанасий имел намерение, как в предшествующий сейм, поднести корою и сановникам в нескольких тетрадях снимок Купятицкой иконы Пресвятой Богородицы вместе с описанием чудес от нее во время путешествия в Москву, а затем сделать предложение об отмене унии и успокоении православной веры. Но преподобному не суждено было осуществить свои намерения: в ноябре 1644 г. он был арестован в Бресте, отвезен в Варшаву и брошен в оковы, в которых содержался более года.

И в тюрьме, как на свободе, преподобный более всего отдавался скорби о тяжелом положении Православной Церкви в Польско–Литовском государстве и мысли о «полном и общем успокоении» истинной веры. Лучшим выражением его тогдашнего настроения служит стихотворение, которое он составил, сидя в тюрьме, и, положив на голос, распевал для утоления душевной боли: «Пошли покой Церкви Своей, Христе Боже! Не знаю, может ли кто из нас терпеть дальше! Дай нам помощь в печали, чтобы мы всецело отдались вере святой, непорочной».

Когда надзор за преподобным был ослаблен, он, сидя в тюрьме, усердно занялся составлением памятной записки (мемориала), которая и подана была от его имени королю Владиславу 29 июня 1645 г. во время заседания генерального сейма. В записке своей преподобный доказывает: Русь с самого принятия христианства стояла в церковной зависимости от Константинопольского патриарха, а униаты, «отбегшие пастыря своего законного» и отдавшиеся другому, не настоящему (папе), подлежат анафеме, как отступники от веры; самая уния принята была духовными по корыстным побуждениям: например, епископ Игнатий Поцей, один из ее защитников, добивался сенаторского кресла; митрополит Рагоза и епископ Кирилл Терлецкий склонялись к унии, привлекаемые вольностями, которые им обещаны от лица папы. «От того часу, — говорит св. Афанасий, — как Каин Авеля и Измаил Исаака, так проклятый униат бил и преследовал православного брата своего и по сие время, с помощью прислужников и врагов правды святой, при попущении Божием, как хочет, так и злодействует: бедных людей всякого сословия, как в братствах церковных, так и во всяких советах, судебных и ремесленных, клевеща безбожно, грабит и дерет со всего, что имеют православные христиане — с веры святой, с совести чистой, с славы доброй, с имущества, всячески поносит их и бьет; кроме того — и это хуже всего — печатает, отбирает, повергает в нищенство и уничтожает церкви, мешает свободе благочестивой совести. Во многих и разных местах в королевстве христианском ради той проклятой унии и по сие время совершаются ненужные кровопролития. В конце концов и с казаками из–за той же унии была внутренняя бесполезная война; из–за нее милость исчезла чуть не во всех; из–за нее ласкательство, подхалимство, зависть, предательства, злодейства и — хуже всего — размножается проклятая вражда; из–за нее погиб порядок духовный и светский». Св. Афанасий обращается к королю с мольбою отменить унию, введенную королевской властью: духовные отцы (епископы) уже не могут улучшить положения, так как сами нуждаются в исправлении. При вступлении на престол король присягою скрепил обещание умирить Православную Церковь, а между тем этого не сделано и доселе. Не нужно насилия ни над чьей совестью: пусть униаты остаются, если хотят, при своих заблуждениях, но и пусть православные будут свободны в своей вере.

Неизвестно, как эта горячая мольба узника была принята королем, думая, что бумага не дошла до него, преподобный из темницы пишет второе прошение, в котором обращается к королю с трогательным воззванием: «Смилуйся, наияснейший король польский, господин мой благосклонный, над гонимою Восточною Церковью, которая находится в твоем королевстве». Это прошение, оправленное в зеленый атлас, во время проезда короля по Варшаве было брошено кем–то в его карету и прочитано Владиславом IV, но распоряжения по нему не было сделано. Еще одна бумага, назначавшаяся корою, не была им принята. «Не нужно, не нужно больше ничего, — сказал он, — я уже приказал выпустить его».

Действительно, 19 октября 1645 г. по приказу Владислава было написано Киевскому митрополиту, чтобы он прислал взять к себе Афанасия, который «заслужил наказание, но его королевская милость оставляет без внимания»; вместе с тем от митрополита требовалось послать беспокойного для польской власти игумена в такое место, где бы он не мог уже «чинить никаких тревог». Тем временем с преподобного сняли оковы и ослабили надзор, так что он мог свободно получать письма от близких ему людей. Одно из присланных в тюрьму писем, утешая узника, называет его исповедником. Преподобный сравнивается здесь со святым апостолом Павлом, и говорится далее, что «среди запустения он процвел как благоуханный цвет, сияющий не только российскому народу, но всему соборному вселенскому благочестию». Хотя св. Афанасий мог легко бежать из тюрьмы, но он не соблазнялся свободой и требовал суда над собой или, по крайней мере, приема у короля. Он рассылал письма и прошения к лицам, влиятельным при дворе, чтобы они испросили ему у короля прием, и король было согласился выслушать игумена, но католическое духовенство отговорило Владислава, и 3 ноября 1645 г. преподобный был отправлен с двумя драгунами в Киев. Явившись к митрополиту Петру Могиле, св. Афанасий представил ему подробный отчет о своих деяниях в Варшаве с приложением в копиях документов, которые им были даны королю. Вероятно, преподобный надеялся, что митрополит и на этот раз оправдает его, как оправдал раньше, и отошлет опять на игуменство в Брест, но королевское повеление возымело свою силу: подвижник был оставлен в Печерском монастыре как бы под началом. Заключение преподобного в Киеве сильно волновало многочисленных его почитателей и один из них, по имени Михаил, писал по этому поводу наместнику и братии Брестского монастыря в следующих выражениях: «Извещает ваше благочестие меня, что пречестный отец Афанасий разрешен от узилища иноверных и послан в Киев на заключение к единоверным. Это дивно для меня, ибо и Христос, Господь наш, пострадал не от неверных, но от верных своих предан был в руки человек грешных. Пророчествует господин отец Афанасий, что уния погибнет. Я бы веровал этому, если бы видел наши заслуги, но я не вижу их и не смею веровать в конец (унии). А почему? Спросите. Потому что наша Русь этого не хочет, особенно же старейшины. Кто не желает ратовать против унии, тот стремится к ней; поэтому наши старейшины хотят унии, если не словом, то делом, что еще хуже». Вероятно под влиянием этого ясно обнаружившегося расположения православных к святому и последовавшей 1 января 1647 г. смерти Петра Могилы преподобный получил свободу и вновь вступил на свое игуменство.

Но недолго святой Афанасий наслаждался покоем в тихой обители Брестской. Весною 1648 г. в Малороссии вспыхнуло казацкое восстание под предводительством Богдана Хмельницкого, началась несчастная для поляков война. Православное население Литвы и Польши во время войны страдало еще больше, было на постоянном подозрении в измене польскому королю, в соучастии с восставшими казаками. И святой Афанасий принял тогда мученическую кончину, несправедливо обвиненный в измене.

О суде над преподобным и его казни обстоятельно рассказывает особая повесть, составленная под сильным впечатлением скорбных событий послушниками Брестской обители св. Симеона, почитателями св. Афанасия. «Что мы видели своими глазами, что могли узнать от других людей о муках и отшествии из мира сего покойного отца Афанасия, нашего игумена, о том пишем и свидетельствуем. Кто–то недобрый в то время поднял войну с казаками: и встали великое преследование и неосновательное подозрение от иноверных на бедную Русь во всей короне Польской и великом княжестве Литовском. Покойный отец игумен уже не говорил ничего, противного униатам, сидел себе тихо в монастыре в то тревожное время. Вдруг паны из каптуровых судов воеводства Брестского по навету пана Шумского, в то время капитана королевской гвардии, прислали несколько человек шляхты в наш монастырь, чтобы взять игумена в замок. А был тогда день субботний, именно 1 июля, и покойный сам служил литургию в храме Рождества Пречистой Девы Богородицы в другом своем монастыре.

Когда он, находясь у престола, заметил в церкви, как раз во время пения «Иже Херувимы», шляхту, за ним пришедшую, — сильно встревожился, как бы впал в забытье и стоял долго, ничего не совершая, так что можно было пропеть Херувимскую песнь в другой раз. Потом оправился, опять начал служить и всю литургию окончил чинно. А по окончании обедни выслушал от шляхты, что она пришла за ним, и немедленно, никуда не заходя из церкви, взявши с собой другого брата, пошел в замок. Там, став перед панами судьями, начал сперва громко говорить им и с почетом к судьям привел то, что святой апостол Павел был перед царем Агриппою и считал себя счастливым, так как знал, как ему защищаться (Деян. 26, 1–2). Но паны судьи отнеслись с презрением к речи покойного игумена и, не слушая больше, приказали доносчику, названному пану Шумскому, начать докладывать дело против него о посылке каких–то листов и пороху казакам. А отец игумен отвечает на это: «Милостивые паны! Это клевета и ложный вымысел, будто я посылал листы или порох казакам. Ведь вы имеете немало дозорщиков, пошлите за ними, и пусть они покажут, если я когда–нибудь и куда–нибудь отправлял порох. Что касается листов, то пусть ябедник приведет какое–нибудь доказательство, что я посылал их, как он клевещет». Тогда немедленно послали доносчика Шумского и других при нем, чтобы перерыли наш монастырь и отыскали порох и листы. А когда ничего не нашли там и уже уходили назад, доносчик отрыгнул злобу свою и сказал гайдукам: «Что же вы не подкинули какого–нибудь мешочка с порохом и не донесли, что нашли тут у монахов».