Незлобиво и кротко принял раскаявшегося брата св. Евфросин и только заметил ему тихо: «О, брат! Это происходит от нашего маловерия». Затем утешил больного, простил его и скоро исцелил от раны.

С этого времени прп. Серапион начал вести трудную жизнь пустынника, разделяя нужды, лишения и подвиги своего учителя, прп. Евфросина. 55 лет подвизались они вместе, до самой кончины прп. Серапиона, который умер раньше прп. Евфросина.

В Толвской пустыне вырос большой монастырь, который подвижники устраивали общими трудами, в монастыре этом было много усердных подвижников. Но прп. Серапион едва ли не был усерднее всех из братии прп. Евфросина. На каждую монастырскую работу он приходил раньше всех и оставлял ее последним. Он помогал своему учителю в управлении братией и в устройстве монастыря.

Непрестанными трудами, воздержанием и добродетелями прп. Серапион превосходил в обители всех братий, являясь для них образцом послушания и иноческих добродетелей. Когда кто–нибудь из иноков оскорблял его, незлобивый подвижник все претерпевал со смирением и сам же первый просил прощения у обидчика. «Прости меня, раб Божий, прости меня, грешного», — говорил он при этом.

Друг, сподвижник и ученик прп. Евфросина, он ежедневно открывал учителю свои помыслы, как больной показывает врачу свои раны. Все уставы и иноческие правила, которые вводил св. Евфросин, твердо и строго соблюдал прп. Серапион. Дорожа каждой свободной минутой, он уходил в свою келлию и предавался молитве, пению псалмов или чтению Божественного Писания. Случалось, что в монастырь приходили христолюбцы, городские благотворители, и после общей трапезы устраивалась беседа, в которой принимали участие вместе с прп. Евфросином и остальные братия. Но св. Серапион, любя подвиг уединения и молчания, тотчас после трапезы уходил в свою келлию, самую худшую, самую темную в монастыре, в которой ничего не было кроме святых икон. Здесь он слезно молился о всех требующих Божией помощи и благотворителях святой обители. Изнуряя плоть свою, преподобный не довольствовался келейными подвигами, но часто по ночам выходил на болотные места или на источник к часовне и здесь, полуобнажившись, предавал плоть свою на съедение комарам и оводам.

Строго соблюдая устав своего учителя, данный Трехсвятительской обители, прп. Серапион никогда не пропускал Божественной службы; ранее всех из братии приходил в храм и последним оставлял его. Особенно любил он молитву церковную и предпочитал ее келейной. Преподобный говорил обыкновенно: «Двенадцать псалмов, пропетых в келлии, не могут равняться единожды пропетой в храме краткой молитве: "Господи, помилуй!"».

Отрекшись от всех благ земных, изнуряя воздержанием плоть свою, преподобный Серапион не только никогда не принимал сладкой или вкусной пищи, но и скудную пищу употреблял лишь в той мере, сколько требовалось ее для поддержания жизни. Одеждой подвижника было ветхое, разодранное рубище, едва прикрывавшее его наготу. И до тех пор носил он это рубище, пока оно, совершенно истлевши, не спадало с его плеч. Чтобы не видеть своего тела, святой никогда не обнажал его и не только не ходил в баню, но даже и не умывал водою лица и рук. В свою келлию преподобный никогда не допускал женщин, и если случалось где–нибудь встречаться с ними, он не смотрел на них, не разговаривал, старался скорее уйти, чтобы и мыслью не согрешить пред Богом. Так поступал он, в строгости исполняя предписания устава прп. Евфросина.

От непрерывных подвигов и воздержания преподобный однажды тяжело заболел и целых 12 дней находился между жизнью и смертью. Но от тяжелых страданий чудесно его избавил явившийся ему прп. Онуфрий (память 12/25 июня), во имя которого был устроен придел в монастырском храме. «Я пришел к тебе, чадо, на помощь, чтобы ты еще более утвердился в подвигах и делах Божиих», — сказал явившийся чудотворец исцеленному.

После чудесного избавления от болезни прп. Серапион еще с большим рвением стал подвизаться в молитве, воздержании и борьбе с греховной плотью.

Ради великих подвигов своих преподобный еще при жизни удостоился от Господа дара прозрения и чудотворений. Однажды, незадолго до своей кончины, в 1479 г., во время церковной службы св. Серапион с громким плачем и рыданиями молился перед чудотворным образом Божией Матери. Удивленные братия по окончании службы спросили преподобного: «Отче, о чем ты так горько плакал пред иконой Пречистой Богоматери?» Он отвечал: «О душе моей, не уготованной к исходу от тела, и о том еще, что в годину моей кончины сильный враг из Ливонии (немцы) с многочисленной ратью подступит к Пскову». И потом в утешение братии прибавил: «Молитесь и уповайте на милость Божию! Господь святых ради молитв Пречистой Своей Матери и Псковских чудотворцев умилосердится над градом благоверной княгини Ольги и сохранит его, а святая обитель эта неприкосновенна будет».

Пророчество преподобного сбылось. Со стотысячной ратью, как раз в год кончины преподобного, к Пскову подступили немцы и хотели взять его. Но псковичи, воодушевленные чудесным явлением святого князя Довмонта († 1299; память 20 мая/2 июня), разбили их, и город остался цел.

Несколько ранее, в 1476 г., один латыш–крестьянин, по имени Отто, или Антоний, у которого сильно и долго болели от гнойной раны ноги, был привезен родственниками в Спасо–Елеазаровскую обитель. Увидев прп. Серапиона, выходящего из церкви, больной попросил у него исцеления. Но святой молча прошел в свою келлию. Веруя в силу преподобного, Антоний взял снег от его следов, стал примачивать им свои раны и тотчас же почувствовал облегчение от болезни. Когда Антоний явился благодарить святого за чудесное исцеление от раны, подвижник смиренно сказал ему: «Чадо, Бог исцелил тебя за святые молитвы Пречистой Своей Матери, а не я грешный».

8 сентября 1480 г. после непродолжительной болезни прп. Серапион скончался на 90–м году своей жизни и был погребен своим учителем прп. Евфросином. От подвигов воздержания и тяжких трудов тело преподобного представляло из себя одни кости и кожу. Ветхое рубище и власяницу подвижника после смерти его никто не хотел взять себе. Не только братия, но даже и нищие не дотронулись до этих одежд, когда они были оставлены за монастырской оградой.

И после кончины своей, как и при жизни, прп. Серапион по воле Божией совершил много чудес, являясь скорым помощником и врачом недугов телесных и душевных для притекающих к нему с верою больных и скорбящих.