Рукоположенный сначала в сан иеродиакона, потом иеромонаха, блаженный Макарий получил от епископа Черниговского Лазаря Барановича (1657–1692) посвящение в сан архимандрита и звание настоятеля Овручской обители. Преподобный по смирению своему вначале долго отказывался от этой почести, но когда братия приступили к нему с настойчивой просьбой, возлагая в случае отказа все согрешения свои на его душу, тогда преподобный принял игуменство (ок. 1659 г.).

Пребывание блаженного Макария в должности настоятеля Овручской обители совпало с тяжелым и страшным временем преобладания на Волыни поляков, которые старались навязать православным унию и латинство. Прп. Макарий был здесь одним из самых деятельных защитников Православия, добрым руководителем подчиненных ему братий, которые не раз думали даже оставить монастырь, часто приходили в уныние от насмешек и бесчестия со стороны униатов, нередко нападавших на Овручскую обитель и расхищавших церковное имущество. Среди таких бед и скорбей святой настоятель обители не падал духом и, ободряя братию надеждой на Промысл Божий и небесное заступничество, говорил им: «Повторяйте, повторяйте чаще слова пророка Давида: Господь просвещение мое и Спаситель мой: кого убоюся? Аще востанет на мя брань, на Него аз уповаю (Пс. 26, 1, 3). И сердце иноков наполнялось твердостью и готовностью все терпеть.

Однажды св. Макарий чудесно избавил монастырь свой от грозившего ему опустошения со стороны татар, обложивших обитель. Монастырь был в осаде; иноки не могли выйти за стены обители ни за водой, ни за хлебом. Блаженный Макарий, совершив моление в храме, решил в совете с братией выйти против врага с духовным оружием; вместе с иноками, взяв иконы и хоругви, выступил он за монастырские стены. Торжественный ход устрашил врагов. Татарам показалось, что идет множество народа, и они обратились в бегство, не успев даже подобрать своих больных.

Но не оставили в покое обитель исконные враги ее — латиняне. Спустя некоторое время после татарского нападения, латиняне вместе с униатами пришли толпой в Овручский монастырь и приглашали прп. Макария на обращение к унии или же на спор с ними о вере. Святой отверг их предложение, говоря: «Какое общение возможно для нас с вами? Вы оставили правила Вселенских Соборов, приняли предания лжи и вместо того, чтобы быть под Главою Христом Господом, преклонились пред властителем земным».

На возражения противников, что у них вера та же христианская, святой подвижник отвечал: «Покажите мне веру вашу в делах своих. Христианские дела ваши, когда убиваете вы людей, истребляете заведения, воспитывающие христианское благочестие? О! Воздаст вам Господь судом Своим за дела ваши».

После этого взбешенные поляки, подстрекаемые иезуитами, воспользовавшись новым нашествием татар на Полесье, напали на Овручскую обитель, разорили ее, рассеяли иноков и заставили самого Макария удалиться из Овруча. Преподобный прибыл в Киево–Печерскую лавру. Это было в 1671 г.

В судьбе блаженного Макария весьма живое участие принял тогда Черниговский архипастырь Лазарь Баранович. Он соболезновал и утешал своими письмами страдальца. Так 15 мая 1671 г. святитель писал преподобному: «Весьма соболезную о том приключении, которого вы и отклонить не могли. В озлоблении этом ищите утешения в одном Боге, Который кого любит, того наказывает. Вы находитесь как роза между шипами: она растет между ними, а они ей ничуть вредить не могут; будете долго еще процветать в Церкви Божией, как в вертограде, доколе не достигнете небесного. И Христос не легко приобрел тот венец, которым теперь Он украшен; сперва на земли перенес терновые на главе Своей колючки и за тем получил на небеси венец неувядаемый. Весть Господь благочестивыя от напасти избавляти (2 Пет. 2, 9). Многи скорби праведным, и от всех их избавит я Господь (Пс. 33, 20). Крепко хотелось мне жить по–приятельски с вами у Всемилостивого Спаса или где бы вам понравилось; но теперь этих лык не дерут уже; прежде гораздо удобнее было отыскать место, нежели теперь; в настоящее время и сами едим хлеб в печали (Пс. 126, 2; Иез. 12, 19), но готовы поделиться с вами тем же, потому что другого нигде нет, разве только там, где ни болезнь, ни печаль, ни воздыхание. Желаю вам после многих лет многих обителей в небе и с молитвами моими благословение посылаю».

Епископ Лазарь заботился и хлопотал за подвижника перед гетманом Дорошевичем.

Гетману святитель писал: «Его милость, отец архимандрит Овручский, будучи не в состоянии покойно жить в своей архимандрии, ограбленный ордами (т. е. татарами) и ляхами, потерявший служителей, которые побиты, между тем как имения забраны, отправился на поклонение святым местам Киевским. Как мой постриженник, он посетил меня, как сын отца, и сетовал о своих бедствиях. Благоволите, Вельможность Ваша, милостиво принять его как человека достойного и заслуженного в Церкви Божией; выслушайте его с полным доверием, как вполне стоящего веры».

Не долго преподобный пробыл в Киевской лавре. Митрополит Киевский Иосиф Нелюбович–Тукальский (1664–1676) назначил его настоятелем Каневского монастыря.

Смиренный подвижник долго отказывался, говоря: «Пошли, владыко святый, другого, более крепкого в истине». «Нет у меня иного, — отвечал святитель, — ты один лишь искусен на дело благое и добрый страж Церкви Христовой; ты достоин поручаемого тебе дела». И благословил его на игуменство.

В 1672 г. прп. Макарий дал в Каневском монастыре приют сыну Богдана Хмельницкого Юрию, который много перенес бед в своей жизни вследствие неопытности и наветов врагов своих.

Прп. Макарий особенно прославился в Каневской обители своими чудесами и дивным даром прозрения. Многие больные и убогие, бедные и скорбящие, нуждающиеся в утешении и совете, приходили к нему в обитель, и все находили в преподобном своего отца и благодетеля. Так, например, однажды пришел к нему страдавший слепотой житель Канева. Когда больной, по совету родных, обратился к прп. Макарию, тот отвечал, что он не имеет лекарств, но предлагает ему евангельский совет: «Веруй и молись Тому, Кто дал зрение слепому». И затем добавил: «Иди к навечерию Богоявления Господня и молись».

При словах молитвы, которую читал сам преподобный, совершавший богослужение: «Велий еси Господи и чудна дела Твоя», слепой почувствовал, что мимо очей промелькнул резкий луч света, и прозрел. Впоследствии исцеленный построил в Каневе церковь в честь Богоявления Господня, которая существует и доныне.