В 1692 г. заметили, что гроб праведного Симеона стал подниматься из земли. Все были поражены таким явлением, но еще более возросло изумление, когда сквозь расщелившиеся доски гробовой крышки увидели нетленные останки. А между тем уже не было человека, который мог бы припомнить имя праведника, гроб коего так чудесно стал являться. Все жители удивлялись такому необычайному явлению и благодарили Господа, являющего верных рабов Своих. Вскоре благоговейное почитание новоявленных мощей еще более усилилось, когда от них стали совершаться чудотворения.

В то самое время один воевода — Антоний Савелов — должен был ехать в Неречинск. Слуга этого воеводы Григорий еще за год до того впал в тяжелый недуг: все тело его расслабело, так что он не мог ни ходить, ни делать что–либо своими руками. Не желая оставлять своего слуги, воевода взял его с собою на место новой службы. Но в дороге Григорию сделалось еще хуже. Путь их лежал через Верхотурье. Прибыв туда, Григорий узнал от местных жителей о мощах новоявленного праведника и о том, что при гробе его подаются исцеления. Слыша сии рассказы, Григорий стал размышлять: «Быть может, Господь и мне подаст исцеление по молитвам Своего новоявленного угодника». Посему он просил своего господина, чтобы тот позволил ему съездить в Меркушино. Савелов позволил ему это. И вот, прибыв в Меркушино, Григорий над могилой праведного попросил сначала отслужить молебен святому Архистратигу Михаилу, а потом отпеть панихиду при гробе новоявленного святого. Усердно молился Григорий о том, чтобы Господь даровал ему исцеление по молитвам Своего угодника. После сего он взял земли с гроба, обтер ею члены своего тела и тотчас почувствовал себя совершенно здоровым. В радости он стал прославлять Господа и рассказывал окружающим о чудесной помощи свыше.

Среди слышавших об исцелении Григория был слуга воеводы сибирского Андрея Нарышкина Илия Головачев. Он сильно страдал глазами: на них образовалась злокачественная опухоль, и от великой боли Илия даже не мог глядеть. Страшась совершенно потерять свое зрение, он обратился к Господу с усердной молитвой об исцелении. В таком положении его нашел Григорий, сам недавно получивший исцеление от своего недуга по молитвам св. Симеона. Григорий стал утешать Илию: «Не предавайся печали и отчаянию; вспомни, как милосерд Господь. Дивны Его благодеяния роду человеческому. И на мне, грешном, Он недавно проявил Свою милость, исцелил меня от тяжкого недуга по молитвам праведного человека Божия, новоявленного Сибирского чудотворца. Обратись с молитвой к сему угоднику Божию и можешь получить облегчение и исцеление».

По просьбе Илии Григорий дал ему земли с гроба Меркушинского чудотворца. Илия с верой, что праведник поможет ему, приложил сию землю к глазам. В следующую же ночь во время сна больной почувствовал, что из глаз его выделяется какая–то жидкость. Проснувшись, он заметил, что по лицу у него течет из глаз кровь. Когда же сняли повязку, то вместе с нею отстала и самая опухоль. С великой радостью поспешил Илия придти утром к своему господину и рассказал ему обо всем случившемся; при сем он просил у Нарышкина позволения съездить в Меркушино на поклонение мощам новоявленного чудотворца и получил на то согласие.

Дочь того же Нарышкина страдала также глазной болезнью. Слыша о чудесах в Меркушине, воевода отправился с нею в то селение. Здесь после панихиды над гробом праведника больная получила исцеление, как только приложила к глазам своим землю, взятую с гроба святого.

Слух о явлении мощей скоро достиг и до Тобольска. В то время Верхотурская страна принадлежала к Сибирской епархии. Тобольские иерархи с особенным рвением наблюдали за чистотой православной веры. Между тем в сию страну были отправляемы различные люди, уклонившиеся от истинного Православия. Посему Тобольские святители часто сами совершали объезды своей епархии или же поручали сие кому–либо из своих помощников. В 1693 г. с такой целью прибыл в Верхотурье клирик Сибирского архиерея, по имени Матфей. Из Верхотурья он направился в Меркушино. Здесь ему был показан выходящий из земли гроб с нетленными останками. Уверившись в действительности сего удивительного явления, Матфей донес о сем своему владыке, митрополиту Тобольскому Игнатию, незадолго до этого прибывшему в свою епархию. Кроме того упомянутый Матфея повелел священнику той церкви Иоанну Андреевичу и церковному старосте с прихожанами поставить небольшой сруб, или «голубчик», над выходящим гробом. Сие и было немедленно устроено. Вскоре после этого, в 1694 г., при гробе праведного произошло следующее чудесное исцеление. В Верхотурье жил тогда один пушкарь, по имени Иоанн Григорьев. Его постигла тяжкая болезнь: он совершенно расслаб, так что, не надеясь выздороветь, стал уже готовиться к смерти. Болезнь все усиливалась. И вот однажды, находясь в таком тягостном положении, он во сне услыхал голос: «Иоанн, иди в село Меркушино; вели священнику той церкви отпеть молебен святому Архангелу Божию Михаилу, а у выходящего гроба — совершить панихиду, и будешь здрав».

Пробудившись от сна, Иоанн тотчас же послал своего сына Стефана к священнику в село Меркушино. Там по просьбе Стефана был совершен молебен святому Архистратигу Михаилу и отпета панихида над гробом праведника. В сие самое время в Верхотурье расслабленный Иоанн почувствовал себя гораздо лучше, так что даже был в состоянии добраться без посторонней помощи к своему воеводе Иоанну Циклеру, рассказал ему о своем исцелении и о том, как он услышал во сне голос. Выслушав его рассказ, воевода сказал ему: «Не забывай же такой милости Божией».

Спустя неделю Иоанн отправился вместе со всем своим домом в Меркушино. Совершив над гробом праведного панихиду, он взял с гроба земли и стал обтирать ею свое тело и тотчас же почувствовал себя вполне здоровым, как будто никогда и не был болен.

Не только сам Иоанн испытал над собой помощь свыше по молитвам святого, но даже и дочь его, девица 15 лет, удостоилась получить по молитвам нового целителя избавление от своего недуга. Ее лицо стало покрываться неисцелимым струпом. Тогда отец ее, над самим собой недавно испытавший чудесное исцеление при гробе праведного, с твердой верой обратился к сему угоднику. Взяв свое семейство, он отправился в Меркушино и там попросил священника совершить панихиду над гробом праведника. Так как тогда еще не было известно имени сего угодника Божия, то его поминали «именем, егоже Господь весть». После сего болящая обтерла землей с гроба святого свое лицо и получила, по молитвам его, полное исцеление.

В том же 1694 г. совершилось новое чудо. Верхотурский воевода Иоанн Циклер сам рассказал о сем преосвященному митрополиту Тобольскому Игнатию, который прибыл в Верхотурье для освящения вновь построенного храм во имя Пресвятой Троицы.

Один из его слуг, по имени Петр, объезжал коня. Вдруг конь взбесился, сбросил с себя Петра, раздробил ему на одной ноге кость. Петр даже не мог сам приподняться с земли, нога его сильно распухла. Страдая, он дал обет сходить в село Меркушино, отслужить молебен святому Михаилу Архангелу и отпеть панихиду над гробом нового чудотворца. Но вследствие сильной боли он не мог отправиться туда пешком. «Посему он обратился ко мне с просьбой, чтобы я позволил ему ехать в Меркушино и дал лошадей, что я и приказал тотчас же исполнить», — рассказывал Циклер митрополиту.

В Меркушине, по просьбе Петра, сначала отслужили молебен Архистратигу Михаилу, затем панихиду над гробом праведника. Петр взял земли с гроба святого и стал ею растирать ушибленное место. В это время и совершилось чудо по неизреченной милости Божией. Тотчас болезнь Петра прекратилась, опухоль опала, и он стал ходить, как будто никогда и не хворал. Все видевшие это чудо прославили Господа, Его великого Архистратига Михаила и вновь просиявшего праведника.

Вскоре было совершено первое освидетельствование святых мощей праведного. Вышеназванный митрополит Тобольский Игнатий, объезжая епархию, направлялся из Пелыми в город Верхотурье, где он намеревался освятить соборный храм. Прибыв в деревню Караульное на расстоянии семь верст от Меркушина, он остановился здесь на некоторое время. Здесь к нему приступил игумен Далматовской обители Исаак и сказал: «Недалеко отсюда стоит село Меркушино с храмом во имя святого Архистратига Михаила; при сей церкви находится выходящий из земли гроб. Не благоизволишь ли, владыка, сам осмотреть сей гроб? Уже немало чудес и знамений совершилось у него».

Но митрополит сам не хотел свидетельствовать гроб, а послал для того в Меркушино Исаака, игумена Далматовского, и вместе с ним ключаря Тобольского собора иерея Иоанна, другого иерея Иоасафа, диакона Петра и иеродиакона Далматовского монастыря Василида. Посланные быстро достигли села Меркушина и приступили к освидетельствованию гробницы с останками праведника. Их взорам представилось все тело праведника: глава, перси, ребра, стан и ноги — все оставалось в целости, кожа словно приросла к костям, только немногое обратилось в персть. Сие первое освидетельствование последовало 18 декабря 1694 г.