В своей молодости святой Афанасий «служил в разных местах», т. е. вероятно как человек, выдающийся по своему развитию, занимался преподаванием в богатых домах польско–русского дворянства. Когда канцлер литовский Лев Сапега, с ведома польского короля Сигизмунда III (1587–1632), был назначен опекуном над Яном Фавстином Лубой, которому поляки с детства внушили мысль, что он законный наследник московского престола (сын Марины Мнишек, жены первого Лжедмитрия), Афанасий Филиппович, как известный по своему образованию человек, был приглашен к нему инспектором (надзирателем) и в этой должности прослужил семь лет при дворе Сапеги.

Вероятно, суетная, беспечная и не в меру разгульная жизнь, которую пришлось наблюдать св. Афанасию при дворе богатого польского вельможи, произвела в нем нравственный переворот, и он стал часто задумываться «над греховностью века сего». Размышления привели его к тому, что он решил порвать связи с миром, отошел от Сапеги и в 1627 г. принял монашеское пострижение в Виленском Свято–Духовом монастыре. Отсюда святой послан был на послушание сперва в монастырь Кутеинский под Оршою (Могилевская губ.), а затем в Межигорский около Киева, где «немалое время учился воле Божией и жизни по закону».

Из Межигорья св. Афанасий был снова позван в Вильну. При прощании межигорский игумен сказал преподобному: «Брат Афанасий, сохрани в глубине сердца по крайней мере три вещи: будь в послушании у своих старших, ревнуй о церковном правиле и стерегись бесед с женщинами; когда, при помощи Божией, сохранишь это, спасешься и будешь потребен на службу Церкви Христовой. Иди с миром!»

На пути в Вильну преподобный встретил весьма больного человека, «взял его на себя и нес не мало»; этот человек открыл подвижнику многое из тайн Божиих, «вложил ему в сердце сладчайшее имя Иисуса и научил, как сохранить его: 1) иметь в обращении с людьми разумную умеренность; 2) хранить послушание, чистоту и пребывать в бедности; 3) постоянно памятовать о двоякой смерти (духовной и телесной); 4) решительно во всем полагаться на волю Божию и 5) если бы по немощи тела приключилось что противное воле Божией, очищать себя исповедью и полным раскаянием».

В Вильне преподобный получил посвящение в сан иеромонаха и волей Божией и старших был назначен наместником в Дубойский монастырь под Пинском, где в течение трех лет «сильно боролся то со своими дурными помыслами, то с врагами Православия иезуитами». Канцлер литовский князь Станислав Радзивил в 1636 году отобрал Дубойский монастырь для поселившихся в Пинске иезуитов. Благочестивая душа св. Афанасия была глубоко потрясена этой неправдой, и он видел наяву необыкновенно страшные знамения на небе и на земле: на небе — грозные облака с войсками, выстроенными для битвы и готовыми к отмщению; на земле — семь адских огней, назначенных для семи смертных грехов; в одном из них (в огне пламенного гнева) ясно заметил трех людей: папского нунция в папской короне, короля Сигизмунда и гетмана Сапегу, сидящих в страшной печали за преследование Восточной Церкви. В горячей ревности по святой вере православной преподобный написал жалобный лист о притеснениях православных латино–униатами и, закрепив его подписями многих почтенных людей, вручил его Пречистой Богородице Купятицкой, т. е. положил у Ее иконы, моля Ее вступиться и защитить православных от обиды.

По отобрании у православных Дубойской обители Афанасий Филиппович был оставлен на послушании в Купятицком монастыре и пребывал здесь в трудах и терпении. В это время (1636 г.) в Купятицкий монастырь пришли листы Петра Могилы, митрополита Киевского (1633–1647), с просьбой собрать милостыню на обновление кафедральной митрополичьей церкви Киево–Софийского собора. Просьба была исполнена, и в мае 1637 г. собранные деньги были отправлены митрополиту. Узнав от посланного, что в Купятицах церковь весьма стара, Петр Могила дал «универсальный лист» (общий лист, по которому можно было собирать подаяния на всем Юго–Западе Руси, а не в одной определенной местности или повете) для сбора подаяний на обновление этого храма, а игумен Иларион (Денисович), после совета с братией, возложил это послушание на святого Афанасия и на послушника Онисима Волковицкого. Преподобный отнесся к труду на благо церкви, в которой помещалась Купятицкая чудотворная икона Богоматери, с необыкновенным усердием и ревностью. После совещания, которое происходило в монастырской трапезе, рассказывает св. Афанасий, «вдруг страх весьма великий напал на меня и я сидел у стола точно одеревенелый; ушедши в свою келлию, я затворился и встал пред Всемогущим Богом молиться о своем послушании. Спустя немного, когда я стоял на молитве, на меня напал такой страх, что я порывался бежать из келлии, но, удержанный какой–то неведомой силой, остался и долго горько плакал и, хотя в келлии никого не было, я услышал сладкий голос: "Царь московский устроит Мне церковь; иди к нему". При этом меня точно облило варом, и я снова начал горько плакать, думая: что–то будет». В ноябре 1637 г., когда приближалось время отъезда на сбор, идя от заутрени из церкви, преподобный объявил игумену о своем видении, на что тот ответил: «Брате милый, куда тебя Всемогущий Бог и Пречистая Богородица поведут, туда и иди, а я тут с братией буду молиться, чтобы ты во здравии вернулся к нам; а о чем ты говоришь, не знаю, как это сбудется, когда у тебя нет и листа, который выдается от короля, нашего господина».

Простившись с братией, прп. Афанасий вошел в притвор церковный и, поручая себя во всем попечению Божию, стал молиться с коленопреклонением; потом через окно взглянул на чудотворный образ Пречистой Богородицы, и ему послышался из церкви шум, очень страшный. Поверженный в трепет, он хотел бежать, но потом, собравшись с духом, снова поглядел через оконце, говоря: «О, Пречистая Богородице, будь со мною». И в ту минуту от чудотворного образа Пречистой Богородицы послышался ясный голос: «Иду и Я с тобою». А диакон Неемия, стоя на левом клиросе наподобие иконы (этот диакон за несколько лет пред сим преставился в молодых летах после богоугодных подвигов иноческих) и, как бы заикаясь, вымолвил: «Иду, иду и я с Госпожою моей».

Когда св. Афанасий с Онисимом Волковицким приехали в Слуцк (уездный город Минской губернии), архимандрит Шицик отобрал у них листы и все Святки продержал их в большой тревоге, разобидевшись на купятицкого игумена за то, что он отправил сборщиков в Белоруссию без доклада ему, наместнику митрополита; но, устрашенный во сне видением, вернул листы путникам и сказал: «Делаю это для Пречистой Богородицы, а не для вашего игумена; идите с Богом, куда хотите».

Оттуда сборщики прибыли в Кутеинский монастырь близ города Орши. В монастыре удивлялись их смелому плану идти в Москву за сбором подаяний. Но предостерегали. «Господине отче Афанасие! — говорил наместник монастыря. — Трудно без пашпорта короля, нашего повелителя, идти вам через Смоленск и Дорогобуж за границу до Москвы: виленские чернецы и пашпорт имели для милостыни, а много набедствовались».

Святой Афанасий был напуган этими словами, но не оставил своего плана; добыв от кутеинского игумена рекомендательные письма к разным протопопам и православным братствам, преподобный посетил Копыс, Школов, Могилев, Головчин. Но нигде не получил милостыни, потому что перед ним прошли другие сборщики. Вернувшись в Кутеинский монастырь и уже решив ехать назад, в Купятицы, преподобный услышал такой совет от наместника: «Отче Афанасие, брате милый! Жаль мне тебя, что ты, сделав так мало для своего послушания, отъезжаешь домой. Советую тебе: иди через Трубецк до Брянска; хоть и там будет не без труда, однако, волей Божией, попадешь в столицу Московскую».

Запали эти слова в сердце св. Афанасию; передал он их и настоятелю Кутеинской обители, который благословил его на путь и дал рекомендательное письмо к князю Петру Трубецкому. С разными скорбями и неприятностями путники через Пропойск и Стародуб дошли до Трубецка. Но здешний воевода князь Петр, несмотря на письмо кутеинского игумена, отнесся к сборщикам крайне подозрительно, так как тогда было казацкое восстание под начальством Павлюка и граница оберегалась особенно строго. Трубецкой под угрозой великого наказания велел путникам возвратиться назад, и они уже хотели было ехать домой. Но решили побывать еще в Челнском монастыре. «Когда я, — говорит св. Афанасий, — шел пеший вдали перед конем и молился Господу Богу и Пречистой Богородице, страх великий напал на меня, так что я восклицал громким голосом: "О, Боже мой и Пречистая Богородица, смилуйся надо мною! Что это делается?" В это время мне показалось, будто послушник говорит: "На что требуешь людской помощи? Иди в Москву, Я с тобою". Приблизившись к послушнику, я спросил его, что он говорил, а он ответил: "Ничего я не говорил тебе, я только сержусь на вас, что мы даром бродим"».

Прибыв в Челнский монастырь, преподобный поведал братии, что при помощи Божией намерен добраться до Москвы; на это один из старцев ответил: «Не дойдешь, господине, так как время тревожное по случаю казацкого погрома, но если с тобою, как говоришь, помощь Божия, то можно дойти. Направляйся в Новгород Северский к воеводе Петру Песечинскому; счастье твое, если прикажет тебя пропустить, а тут везде великая охрана».

Св. Афанасий послушался этого совета. На пути к Новгород–Северску на ночлеге в постоялом доме, в глухую полночь, на преподобного напал великий страх и ему почудилось, будто кто–то едет с немалой свитой, слышался голос: «Есть, есть, он тут», а когда все утихло, Афанасий разбудил хозяина и, ничего не сказав ему, просил сию же минуту проводить на Новгородскую дорогу. В пути, ночной порой, не зная, куда ехать, преподобный, чтобы разогнать тревогу, начал возглашать акафист Богородице: «Взбранной Воеводе победительная» — с припевами: «Аллилуиа, аллилуиа», а затем под утро вздремнул. «Отряхнувши сон с очей, — пишет св. Афанасий, — я увидал юношу в мантии, сидящего на нашем коне, поглядывающего взад на нас и указывающего дорогу. Юноша сказал: "Я Неемия, диакон, сожитель ваш купятицкий". Затем исчез, а когда взошло солнце, вместе с ним я увидел на небе крест, а в нем — образ Пречистой Богородицы с Младенцем, вроде Купятицкого, пронизанный и окруженный лучами солнечными. И после того, как я в раздумье немало смотрел на него, хотел указать на это чудо послушнику Онисиму, а он, встрепенувшись от сна, начал бить коня, и в тот миг образ стал невидим на небе, и я уже больше не упоминал ему тогда о видении. Приблизившись к пограничному селу перед полуднем, мы чудесно миновали стражу воеводы новгородского: один поселянин того села стоял около дороги, сняв шапку, а когда я поздоровался с ним, сказал мне: "Что это за Госпожа, отче, и куда едет с такой немалой свитой?" Я не знал, что отвечать ему, только сказал: "Но, но" — и отошел к саням».

Из селения проводила иноков большая толпа народа и около церкви во имя св. Афанасия, стоящей за селом в поле, путники волей Божией перешли границу и приехали в первое село Московской Руси Шепелево. Здесь они были приняты ласково. Все изумлялись, как это им удалось пробраться около стражи, видели в этом явную помощь Божию инокам–путникам, а одна женщина прямо сказала: «Воистину с ними едет Богородица, если они миновали охрану».