10 февраля 1638 г. св. Афанасий с Онисимом прибыли в Севск, где голова с другим чиновным людом допытывались, для какой нужды явились путники; узнав, что у них нет пропуска к царю, они сказали, что невозможно им добраться до столицы. Преподобный на это ответил: «Иду по воле Божией и той иконы, которую даю вам в отпечатке на бумаге». Тогда они поверили ему и отошли, не приняв никакого решения. Когда преподобный при закате солнца был в одном лесу, неподалеку от Севска, явственно услышал следующий голос: «Афанасий! Иди к царю Михаилу и скажи ему: побеждай наших неприятелей, ибо уже пришел час; имей на военных хоругвях образ Пречистой Богородицы Купятицкой для помощи и в битвах храбро защищай каждого человека, именующегося православным».

Поздно ночью, сбившись с дороги, странники попали в деревню Кривцово, в пяти верстах от Севска, и выпросились на ночлег у одного христианина, у которого был сильно болен сын. Севши около страдальца, св. Афанасий обратился к Всевышнему с молитвой об его исцелении. На следующий день пришел к преподобному хозяин и говорит: «Старче великий, если ты священник, помолись Богу о сыне, чтобы он был здоров». Св. Афанасий, отправивши с послушником молебен, знаменал больного бумажным образом Пречистой Богородицы Купятицкой. О, дивные дела Божии! Точно как пробужденный от сна, больной поднялся и вскричал: «Откуда это пришла надежда моя Богородица исцелить меня?» И тотчас встал, возблагодарил Бога и прислуживал путникам за столом, а люди, бывшие при этом, сильно изумлялись в радости и страхе. Отец исцеленного проводил дорогих гостей на Брянскую дорогу и советовал непременно ехать в Москву.

По отъезде из Кривцов послушник Онисим доставил много беспокойства св. Афанасию и даже порывался бежать от него, говоря: «Вернемся в Литву, ибо здесь погибнем. Для чего мы терпим такую беду и добровольно отдаем себя еще большим опасностям? Настойчиво стремишься ты быть в столице Московской, не будешь, не будешь!» Преподобный, обратившись про себя с молитвой к Господу и Пречистой Богородице, тихо сказал своему спутнику: «Милый брат, побойся Бога! Ты ведь сам слышал и видел немало Божиих чудес над нами; зачем же не рассудительно поступаешь?» И обстоятельнее раскрыв перед ним Божественное попечение о них обоих, наконец сказал: «Нам спутешествуют Пресвятая Богородица по обещанию Своему и Ангел Хранитель наш, которого я ясно видел в лице Неемии, диакона купятицкого».

Выслушав это, Онисим попросил у святого прощения и с того времени спутники ехали в полном согласии.

Когда спутники прибыли в Карачевский Воскресенский монастырь, его игумен принял их с любовью и посоветовал взять пропуск к царю от местного воеводы. Выслушав рассказ путников, воевода произнес: «Дивны судьбы Божии! Я об них выведывать не хочу, а каждому деянию Божию простым сердцем верую». И дал им лист и проводника до самой столицы. «Чудесным образом, — говорит преподобный, — доехавши до Московской столицы, будучи за рекою Москвою, на Ордынской улице, в гостинице, и по всей правде написавши историю того, что происходило по дороге по указанию Божию (как тому верую по простоте сердца), подал ее царю московскому на укрепление, охрану и распространение православной веры». Вероятно, история чудесного странствования св. Афанасия, поданная Михаилу Феодоровичу, пришлась вполне по душе благочестивому царю, и ее составитель, св. Афанасий, был отпущен домой с богатой милостыней на сооружение церкви во имя Пресвятой Богородицы Купятицкой. Из Москвы преподобный и его спутник выехали в Неделю Вербную (1638 г.) через Можайск и Вязьму до Дорогобужа, а отсюда Днепром на челноке через Смоленск и Оршу до Могилева, из Могилева 16 июня «возом» через Минск на Вильну и прибыли в Купятицы 16 июля 1638 г.

Скоро после того, в 1640 г., монашествующие Брестского Симеонова монастыря просили настоятеля Купятицкого прислать им на игуменство одного из двух лиц: Афанасия Филипповича или Макария Токаревского. Иларион Денисович, не желая пускать от себя ни одного из дорогих трудников, отправил третье лицо, но брестские иноки не приняли его. Тогда решено было кинуть жребий, кому ехать в Брест, Макарию или Афанасию, и по воле Божией жребий пал на св. Афанасия. Расставаясь с ним, Иларион Денисович написал брестским инокам, что «с великой скорбью» отпускает к ним «половину себя самого» и при этом прибавил: «Спостраждите во всем ему, да со Христом воцаритеся».

По прибытии в Брест на игуменство преподобный прежде всего занялся разысканием старинных грамот, епископских и королевских, которыми утверждались разные права и преимущества за вверенным монастырем. Усмотрев из сих грамот, что «уния со старым Римом, принятая вопреки законам Церкви Восточной, проклята навеки, я, — говорит Афанасий, — открыто в церкви и в разных местах объявлял об этом». Открытое заявление произвело столь сильное действие, что, по словам преподобного, «в месте том Берестейском и во всем округе того воеводства униаты начали испытывать величайшую тревогу». В следующем (1641) году, в сентябре, св. Афанасий отправился на сейм, т. е. на собрание государственных чиновников, в Варшаву и выхлопотал у короля Владислава IV (1632–1648) за его собственноручной подписью грамоту (привилегий), которой подтверждались все старые преимущества православного братства в Бресте и обеспечивалось на вечное время полная свобода богослужения и обрядов по уставу Восточной Церкви. Но по законам царства Польского королевский привилегий не мог иметь силы без утверждения его печатью коронного канцлера или подканцлера. Св. Афанасий молился об этом и даже предлагал деньги, но напрасно.

«Будете все униатами, — говорили хранители печатей просителю, — так мы и даром запечатаем; знайте, что нам от святого отца, папы римского, под клятвой запрещено умножать здесь греческую веру».

Тогда преподобный обратился за советом и помощью к православным, сначала к влиятельным духовным особам, прибывшим на сейм. Но и здесь не нашел он поддержки, так как каждый из них был занят исключительно своими частными делами и выгодами. «Остальные отцы и монахи, — замечает преподобный, — все приехали со своими личными побуждениями и говорят одно: у меня довольно церквей, как себе кто хочет, так пусть и хлопочет, это не мое дело. О полном и общем успокоении веры православной даже нет и помину». Проникнутый мыслью «о полном и общем успокоении», св. Афанасий чутко прислушивался к жалобам на унижение Православной Церкви, которые раздавались отовсюду и были принесены в Варшаву приехавшими на сейм по разным делам горожанами. Трогательными чертами со слов православных мирян описывает преподобный бедствия Православной Церкви в Польско–Литовском государстве: «Даже и за деньги нельзя иметь свободы в отеческом благочестии и поступать, как требует совесть православных людей. О, горе! Живут дети без крещения, взрослые — без венчания, а умерших хоронят крадучись, ночью, в полях, огородах, погребах. Здесь, в христианском государстве, православные люди терпят больше стеснений, чем в турецкой неволе. Бедные оршане потому только, что в своем братстве устроили новую церковь, должны были дать за печать двести червонцев». Пораженный грустью при мысли об этих притеснениях православных, св. Афанасий однажды говорил сам себе: «О, Боже правый! Весы беззакония упали до самого края; уже и отцы наши старшие не пекутся о вере православной, об утверждении славы Божией; все как будто стыдятся ее, а что хуже всего — некоторые, обольщенные латиной и высокоумием, из–за почестей и свободы света сего, безрассудно перекидываются от истинной веры к другой вере и, как бы хромая, возглашают: "О, и та и эта вера добра", а этого быть не может, чтобы существовало много вер добрых, ибо написано: "Един Господь, едина вера, едино крещение" (Еф. 4, 5)».

В одном из видений притесняемая Церковь Православная представилась прп. Афанасию в виде девы, ограбленной, плачущей и жалующейся на врагов своих. Потом на постоялом дворе, когда св. Афанасий совершал акафист Пречистой Богородице и произнес слова: «От всяких нас бед свободи», то услышал от образа Богоматери явственный голос: «Афанасий! Жалуйся теперь на сейме при помощи иконы Моей Купятицкой, в кресте изображенной, перед королем польским и государством, грозя праведным гневом и страшным судом Божиим, который вот–вот поистине наступит, если не образумятся; пусть прежде всего навеки осудят проклятую унию — в этом самая насущная нужда, и им еще может быть хорошо».

Исполняя это повеление, преподобный в 1643 г., как св. пророк Илия, ревнующий об истинной вере, отправился на генеральный сейм в Варшаве. Он взял с собою по семи экземпляров образков Купятицкой Богоматери, написанных на полотне, историю своего путешествия в Москву и «надписание», заключающее предостережения о гневе и страшном суде Божием за преследование Православия и покровительство унии. Вместо прошения от Церкви Восточной преподобный раздал знатнейшим членам сейма из дворянских родов иконы Богоматери с приложением и в присутствии всех членов сейма обратился к королю со следующей речью: «Наияснейший король польский, господин мой милостивый!

Эти иезуиты с помощью точеных речей, лукавых наук и высоких титулов, овладевая душами молодых людей, устрояя в школах комедии, проповедуя в костелах и издавая превратные книжки, измышленные по внушению сатаны, безбожно соблазняют простых людей, своих потатчиков, а православных христиан, сами будучи неправославными, предают позору и преследуют».

Ревнитель Православия передал королю снимок с Купятицкой иконы Богоматери и приложил к нему особое писание. Этим писанием преподобный просил короля успокоить правдивую веру греческую, а унию уничтожить. Он писал Владиславу: «Если унию проклятую искорените, а Восточную истинную Церковь успокоите, то поживете лета ваша в счастье, а если не умирите истинной греческой веры и не сметете с лица земли унии проклятой, то воистину познаете гнев Божий. Образ Пресвятой Богородицы да будет вам трубою и знамением, предваряющими Страшный суд Божий, который имеет наступить, когда благословенные унаследуют Царство Небесное, а проклятые будут низринуты в ад на вечные муки».

Грозные речи и писания Афанасия, конечно, должны были поразить сердце короля и сенаторов, и, вероятно, правительство по этому поводу выразило свое неудовольствие представителям православной партии на сейме, и «свои отцы старшие» взяли Афанасия, объявили помешанным и посадили под стражу. «Я, — пишет преподобный, — остался поруганным, осмеянным и оплеванным за то, что (прости им Боже!) не докладывался им, защищая мольбы (как будто нужно докладываться в таких тайнах Божиих и сделал это по собственному хотению, а не воле Божией). О, горе! До чего дошло у мудрых на латинский образец. Уже нисколько не заботятся о вере и не слушают воли Божией, но, всецело надеясь на себя и на свой разум, творят свою волю и своих же угнетают». Снедаемый скорбью, что не только король с польской шляхтой, но и своя братия духовная не хочет поддержать великое дело успокоения веры православной, Афанасий, подражая Христа ради юродивым, притворился как бы безумным. Вышел из темницы нагим, имея на себе только клобук да па_раманд для показания своего звания, вымазался в болоте и, поражая себя посохом, бегал по улицам Варшавы и восклицал громким голосом: «Горе проклятым и неверам!»