Видя его ревность, святой Кирилл сделал его клириком, а спустя немного времени преподобный Мартиниан был посвящен во иеродиакона, потом во иеромонаха.

Удостоенный священного сана, преподобный Мартиниан благоговейно совершал Божественную службу, руководясь примером своего наставника. Своими трудами и смирением, а также и близостью к святому Кириллу преподобный Мартиниан скоро снискал себе любовь и уважение братии. «Блажен брат сей, — говорили они, — что сподобился быть учеником такового подвижника», — и молили за него Бога.

Но находились между иноками и такие, которые ему завидовали и осуждали его. Блаженный Мартиниан терпеливо переносил все это, не обращая внимания на оскорбления. К друзьям и недругам он относился одинаково: всем воздавал равное послушание, и если к нему обращались, всегда отвечал почтительно и с любовью, побеждая любовью и смирением своих недоброжелателей.

Но вот приблизилась кончина блаженного Кирилла. 9 июня 1427 года он мирно отошел ко Господу. Со слезами проводил преподобный Мартиниан останки преподобного Кирилла к месту погребения, благодаря Бога за то, что сподобился наставлений святого старца. И во всей своей последующей жизни он непрестанно поминал своего учителя в молитвах, а его добрый пример хранил в своем сердце, как бы написанный на хартии.

Прошло уже немало времени с тех пор, как Мартиниан был пострижен в монашество. Ища высших подвигов для себя, преподобный пожелал теперь безмолвствовать. Для этого, помолившись Богу и поклонившись гробу святого Кирилла, он удалился на безлюдный лесистый остров озера Воже, в 120 верстах от монастыря, и начал там пустынную жизнь.

Но недолго пришлось преподобному быть в уединении. Прослышали о месте его подвигов и стали к нему стекаться сподвижники. Одна мысль одушевляла собравшихся — как бы воздвигнуть церковь на месте их пустынных подвигов. Все просили об этом преподобного Мартиниана, и общими трудами они создали церковь в честь Преображения Господня. Преподобный освятил ее и снабдил всем необходимым, а в возникшем монастыре ввел чин общежития.

Раз преподобный Мартиниан отправился помолиться в Ферапонтов монастырь. Расположенные к нему игумен и братия монастыря просили его навсегда остаться с ними, но преподобный сказал: «Если Господь Бог изволит и Пречистая Богородица не отринет, то в будущем я готов поселиться с вами».

Теперь же, зная, что не пришло еще к тому время, он возвратился в свою пустынь, где он прожил в трудах и подвигах около десяти лет. За это время его пустынь разрослась и братия умножилась; преподобный убедился, что он может со спокойной совестью покинуть созданный им монастырь. Тогда он оставляет свою обитель и дает заповедь ученикам своим иметь особенное попечение об устроенной им церкви. Сам же, помолившись, снова отправился в Ферапонтов монастырь, где и был принят с великой честью и радостью игуменом и братией.

В Ферапонтовом монастыре преподобный Мартиниан начал подвизаться с обычным усердием. Благодаря своему смирению и благоговению, а также и знанию устава монашеской жизни он скоро сделался образцом для всех и заслужил уважение всей братии, видевшей в нем своего наставника. В это время игумен Ферапонтова монастыря оставил свое место и инокам следовало выбрать себе нового игумена. Естественно, что выбор пал на преподобного Мартиниана, которого и начали просить принять игуменство. Но, ссылаясь на свое недостоинство, преподобный смиренно отказался от предлагаемой ему чести. Собравшись снова, братия опять умоляли преподобного Мартиниана, и он покорился их мольбам. Тогда братия вместе с преподобным отправились бить челом князьям-братьям Иоанну и Михаилу Андреевичам, в вотчине которых находился монастырь, прося князей утвердить выбранного ими игумена. Хорошо зная преподобного Мартиниана и любя его, князья утвердили новоизбранного игумена и, одарив его, отпустили в монастырь. Это произошло около 1435 г.

Теперь началась новая усиленная деятельность преподобного Мартиниана. К заботам о подвигах личного самоусовершенствования присоединились попечения о вверенном ему монастыре. Преподобный неустанно заботился о благоустройстве Ферапонтовой обители и за образец себе взял устав и обычаи монастыря преподобного Кирилла Белозерского. Он старался ввести порядок не только в церкви, но и в келейной жизни инока и на трапезе братии, установив общую трапезу — «равную для всех и в строгом молчании».

Строгим сохранением иноческих правил преподобный Мартиниан возвысил и прославил Ферапонтову обитель. Как пчелы слетаются на медовые цветы, так стекались к преподобному иноки и миряне: одни — чтобы, приняв пострижение, поселиться с ними, другие — чтобы слушать его наставления и видеть иноческую жизнь, устроившуюся под его руководством.

Под управлением преподобного Мартиниана Ферапонтова обитель пришла в цветущее состояние и долго называлась его именем, как именем устроителя, «обителью Мартиниановой». При этом много помогали святому игумену в средствах к поддержанию и украшению монастыря князья Иоанн и Михаил Андреевичи, которые часто посылали милостыню и жертвовали обители свои вотчины.

Тихо и мирно протекала жизнь в пустынной обители, но не мирное было то время на Русской земле. Удельные распри между князьями и споры из-за великокняжеского престола не стихали.

В феврале 1446 года великий князь московский Василий Васильевич отправился на богомолье в Троице-Сергиев монастырь. Воспользовавшись его отъездом, князь Димитрий Шемяка овладел Москвой и великокняжеским престолом, а Василия Васильевича ослепил и сослал в Углич с его княгинею и детьми; потом, опасаясь народного движения в пользу сосланного князя, и вследствие увещаний нареченного митрополита святого Ионы он отпустил его и дал ему в удел Вологду. Сюда к обиженному князю стали стекаться его приверженцы — недовольные Шемякой бояре и народ. Обнадеженный в помощи тверским князем, Василий Темный отправился с войсками искать потерянного им московского престола. Но прежде чем вступить в борьбу с Шемякой, благочестивый князь хотел испросить помощи Божией и потому по дороге к Москве посетил сперва Кириллов, а потом и Ферапонтов монастыри.