На его место выбран был новгородцами священник Григорий Калика (то есть «паломник»), по монашескому имени Василий.

Святой Моисей оставил в 1330 году архиепископию, удалился в Колмов монастырь и там принял схиму. Ища уединения, он спустя пять лет переселился на противоположный берег реки Волхова в пустынное место и основал там Деревяницкий монастырь с храмом в честь Воскресения Господня. Но не укрылся и здесь этот светильник от взоров людских: бояре и простые люди знали подвижническую жизнь святителя и приходили поучаться от него день и ночь. Так прошло более 20 лет строго монашеской жизни святителя Моисея. В 1352 году он построил каменную церковь Успения Пресвятой Богородицы на Волотове и при ней монастырь.

В том же 1352 году скончался архиепископ Новгородский Василий, возвращавшийся из Пскова, где был сильный мор. Новгородцы умолили святого Моисея возвратиться на свой престол и принять управление паствой. В 1353 году владыка посылал послов в Царьград к царю Иоанну Кантакузину и патриарху Филофею с жалобой на обиды от митрополита Феогноста. Сохранились (от 1354 г.) два послания патриарха к владыке Моисею, в которых он увещевает его подчиняться Московскому митрополиту. Добродетельная жизнь святителя Моисея была известна и в Константинополе. В 1354 году послы возвратились и привезли владыке жалованную с золотой печатью грамоту от императора и крестчатые ризы от патриарха. Вторичное управление святого Моисея епархией ознаменовалось постройкой в Новгороде многих церквей. По сказанию летописей, владыкой Моисеем построены: Знаменская церковь (1354 г.) и Дмитриевская в Торгу на Лубянице в том же году, Сковородский монастырь с церковью во имя святого Архистратига Михаила (1355 г.), Успенская церковь в Радоговицах (1357 г.) и тогда же церковь во имя Святаго Духа в монастыре того же имени, церковь во имя Сорока мучеников и святого Георгия на Лубянице, в 1359 году Прокопиевская на княжем дворе и святого Иоанна Богослова в женской обители. Умножая храмы, святитель добре пас вверенное ему стадо, многих утвердил он учением своим и наставил, хотя и сам претерпел от бесов многие напасти. Есть известие, что святой Моисей подвизался добрым подвигом против стригольников-еретиков, восставших против церковной иерархии. К подвигам святого Моисея должно быть отнесено и уничтожение в 1358 году в Новгороде языческого обычая «бить бочки». Новгородцы целовали крест в том, что впредь оставят этот обычай. Святитель написал много книг. Письменных поучений святителя не сохранилось до нашего времени, до нас дошло только три Евангелия, списанные по повелению боголюбивого архиепископа Моисея, одно из них написано в 1355 году.

Слабость ли сил телесных почувствовал владыка, любовь ли к уединению сказалась сильнее, только в 1359 году он вновь обратился к новгородцам с такими словами: «Изберите себе мужа, которого вам Бог даст».

Несмотря на усиленные просьбы и мольбы, владыка удалился на покой в построенный им Сковородский монастырь. Но Бог еще раз призвал святителя к деятельности. В год удаления его с архиепископии по случаю смены посадника в Новгороде вспыхнул сильный мятеж: умертвили многих бояр, разрушили волховский мост и три дня стояли друг против друга жители Торговой и Софийской сторон, готовясь вступить в ожесточенный бой. Тогда пришел из своего уединения старец святитель Моисей; с крестом в руках, окруженный духовенством, он встал на остатках разрушенного моста, посреди враждующих сторон, благословил их и сказал: «Дети, не подымайте брани, да не будет похвалы поганым, а святым церквам и месту сему пустоты! Не вступайте в бой!»

Мятеж утих. Бог не попустил диаволу посмеяться над христианами. Владыка удалился в свою обитель, подвизался там в посте и молитве и был образцом смирения и благочестия для собранной им братии.

Тихая блаженная кончина святителя Моисея последовала в 1362 году, в 25-й день января месяца. С великой честью, при всенародном плаче погребен был владыка Моисей в Сковородском монастыре. Святитель Моисей был прославлен от Бога чудесами вскоре после блаженной кончины: прибегающие с верою к честным его мощам мужи и жены получают здравие, наипаче же жены исцелевают, одержимые своими немощами.

Вскоре после блаженной кончины святого Моисея человек тридцать разбойников хотели разграбить Сковородский монастырь, полагая, что святитель оставил ему много имущества. Их встретил сам святитель Моисей, завел в трясину и хотел потопить, если они не раскаются. Хищники обещались не делать никакого зла обители, тогда выведены были святителем из опасной трясины и отпущены.

Новгородский купец, по имени Алексий, дважды получил помощь от святителя Моисея. Один раз он упал с лодки в воду на реке Неве и был поддержан на воде неизвестным благолепным, украшенным сединами мужем. В другой раз также на реке Неве напали на него разбойники, и тот же благолепный старец внезапно появился на корме лодки и невредимо провел лодку среди хищников. По молитве Алексия святой Моисей явился ему во сне и указал место своего погребения, повелел устроить покров над гробом.

Существует рассказ о наказании Новгородского архиепископа Сергия за непочтительное отношение к памяти святителя Моисея. Архиепископ Сергий, назначенный на Новгородскую кафедру 4 сентября 1483 года из Москвы, ехал на место своего служения мимо Сковородского монастыря и посетил эту обитель. Помолившись святым иконам и отпевши молебен, он вышел в притвор, где показали ему гроб основателя монастыря святителя Моисея. Обратясь к сопровождавшему его священнику, архиепископ Сергий дерзновенно велел открыть гроб святителя. Священник сказал архиепископу: «Подобает святителю святителя скрывати». Архиепископ же гордо укорил святителя Моисея, говоря: «Кого сего смердовича и смотрити!»

Возносясь тем, что он пришел из Москвы к покоренным гражданам, архиепископ Сергий не усомнился святителя назвать смердовым сыном, иными словами — мужиком. «И бысть оттого времени прииде на архиепископа Сергия изумление»: то видели его в Евфимиевской паперти сидящим в одной ряске, то в полдень у Святой Софии сидящим без клобука и без мантии. Вскоре его больного отвезли в Троице-Сергиев монастырь на место его пострижения.

В 1686 году, 19 апреля, чудесным образом были открыты нетленные мощи святителя Моисея: они сами явились посреди церкви перед утренним пением и потом были перенесены к правой стороне иконостаса; часть его святых мощей в 1693 году перенесена в Духов монастырь.

После святого Моисея немало сохранилось вещей, свидетельствующих о его благочестии и подвижнической жизни: двое вериг (одни — в ризнице Софийского собора, другие — в Сковородском монастыре); яшмовые сосуды, поднесенные святым Моисеем святому митрополиту Петру (в Московском Благовещенском соборе); там же сосуд из агата с надписью: «В лето 6837 (1328) месяца марта созданы быша сосуды сии архиепископом Новгородским Моисеем». Сохранились в Сковородском монастыре деревянный крест, который был положен со святым Моисеем при погребении и 323 года находился у него в руках; простой деревянный посох в Духовом монастыре. В ризнице Софийского собора сохранились крестчатая риза, присланная святому Моисею патриархом Филофеем; омофор с вышитой надписью: «Моисея архиепископа молитвами Святыя София»; наконец, его келейная мантия.

Точно неизвестно, когда начали в Новгороде местно праздновать память святителя Моисея. Несомненно, в первых десятилетиях XVII столетия память праздновали и притом дважды в год: 25 января — в день его блаженной кончины и в шестую неделю по Пасхе. В настоящее время празднуется только день кончины святителя.