Вероятно, местное празднование памяти святому Никите началось вскоре после его кончины. От половины XII столетия сохранилось известие: «И ныне со святыми чтут его, святаго и блаженнаго Никиту». Но неизвестно в какое время, во всяком случае до половины XVI века, в Новгороде прекратилось чествование его памяти. Повсеместное празднование святому Никите установлено было если не на Московских Соборах 1547 и 1549 гг., то вслед за открытием его мощей, которое совершилось 30 апреля 1558 года.

Обретение честных мощей святителя Никиты произошло при следующих обстоятельствах. В 1551 году вечером в Великую Субботу, когда христиане собрались в Софийский собор, чтобы слушать чтение Деяний апостольских перед светлой заутреней, пришел туда и боярин, который ведал царские дела в городе, и, обходя паперти соборные, занятые гробницами епископов, зашел в придел богоотец Иоакима и Анны, в котором гробница святителя Никиты находилась в полном небрежении. Церковный чтец в это время спал, опершись на нее. Выйдя из предела, боярин пошел в главный храм, где на левой стороне близ дверей, ведущих в жертвенник, сел и вскоре сам задремал. Во сне он услышал голос, который говорил ему: «Покрыт должен быть гроб епископа Никиты».

Повинуясь этому голосу, боярин пошел домой; оттуда вскоре вернулся с покровом, который и возложил на гробницу святого Никиты, прежде очистив ее от пыли и сора. Побуждаемый желанием взглянуть на мощи святителя, боярин проделал щель в гробнице и увидел, что тело святителя лежит покрытое покровом на церковном помосте, совершенно целое, без признаков разрушения. Мало-помалу об этом узнали и другие жители этого города, время от времени посматривали в щель гробницы и дивились виденному. Так продолжалось до 1558 года. В этом же году архиепископ Пимен, убедившись через других и лично в нетленности мощей святителя Никиты, письменно донес об этом царю и митрополиту, которые с великой радостью повелели ему открыть гробницу святого, переложить тело его в новую деревянную гробницу так, чтобы оно открыто почивало, и установить общецерковное празднование святому. Чтобы открыть гробницу святого, пришлось разбирать иконостас, так как придел богоотец Иоакима и Анны был очень мал и половина гробницы святителя была в алтаре. Когда гробницу открыли, то увидели, что тело святого покоилось в земле, на два локтя ниже помоста церковного; оно было покрыто плащаницей, а лицо святителя озарено небесным светом; правая рука его благословляющая лежала на персях, левая же была простерта к коленям; правая нога обращена была подошвою вверх, левая же в сторону. Облачив святителя в новые архиерейские одежды, его снова положили в гробницу на прежнем месте.

В назначенное время архиепископ Пимен с многочисленным собором духовенства совершил при гробнице святителя Никиты молебное пение, во время которого честные мощи его были переложены на «уготованный одр» и перенесены в главный соборный храм, где затем было отслужено всенощное бдение. Во время богослужения, когда происходило уставное чтение и священнослужащие сидели, одному из игуменов было видение, что святитель Никита, восстав из гроба, в фелони и с кадилом в руках пошел сначала кадить в алтарь, а затем в храм и вскоре сделался невидим. По окончании всенощного бдения народ приложился к мощам святителя, а архиепископ переложил их в гробницу, которая временно, по повелению митрополита, была поставлена на правой стороне храма у малого столпа против амвона до окончания работ по расширению придела богоотец Иоакима и Анны.

Вскоре по обретении мощей святителя Никиты один из начальствующих города обнаружил свое сомнение в их нетленности. Чтобы рассеять его сомнения, архиепископ Пимен открыл покров на мощах святого до персей. Увидев лицо святителя, как у здорового спящего человека, градоначальник раскаялся в своем грехе. Несмотря на это, вскоре затем пришли к архиепископу городские священники с просьбой дать им возможность убедиться воочию в нетленности мощей святого Никиты. Архиепископ наложил на них семидневный пост для покаяния в своих грехах, по истечении которого духовенство собралось к мощам святителя Никиты, и тогда архиепископ, сняв покров с них, показал им тело святого до конечностей ног, затем подложил свои руки под голову святителя так, что она приподнялась, а с ней и все тело пришло в движение. Священники были поражены чудом и просили архиепископа дозволить им ежегодно в память этого происшествия отправлять всем собором при мощах святителя молебное пение, почему и установлен был архиепископом праздник в пяток второй седмицы в неделе Всех святых.

Требование, предъявленное духовенством Новгорода к своему архипастырю об осмотре мощей святителя Никиты, можно объяснить так. В то время сильно была распространена ересь Феодосия Косого, отвергавшая, между прочим, почитание святых икон и мощей; она имела свое действие и на духовенство и поколебала отчасти его веру в чудеса.

Между тем чудес при мощах святителя Никиты, по обретении их, совершилось немало: получали исцеление расслабленные, хромые, сухорукие, прокаженные, бесноватые, но особенного внимания достойно то, что преимущественно получали исцеление больные глазами, слепые или с испорченным зрением.

Когда были обретены честные мощи святителя Никиты и совершилось поразительное исцеление одного расслабленного, многие жители Новгорода и окрестностей начали притекать к мощам чудотворца со своими недужными. Среди больных была приведена старая и слепая Ксения, ничего не видевшая 12 лет. В то время шла литургия. Ксения молилась Господу об исцелении, обращалась своей мыслью к святителю Никите, а потом со слезами сказала во всеуслышание архиепископу Пимену, стоявшему в храме: «Молюсь тебе, преосвященный архиепископ: помолись своему сослужебнику, великому святителю и чудотворцу Никите, чтобы он даровал мне прозрение».

И не раз повторяла слепая мольбу свою. Видя настойчивость женщины и ее слезы, архиепископ сказал: «Отойди от меня, старица, отойди, иди ко святому Никите, и он спасет тебя по вере твоей, если восхочет».

У гроба святого Ксения усердно молилась, и один глаз ее прозрел. Но она взяла смелость снова обратиться к архиепископу Пимену, припадая к ногам его, и со слезами радости опять умоляла, чтобы молитвами архиепископа прозрело и другое око ее. Владыка ей ответил: «Вижу, старица, что тебе много лет, и довольно бы одного глаза на службу тебе до смерти твоей».

Но Ксения с прежней настойчивостью слезно умоляет архиепископа. Тот посылает ее снова ко гробу святителя Никиты со словами: «Тот, кто отверз тебе одно око, откроет и другое».

Ксения опять приходит к раке чудотворца, прилагает к слезам слезы и сплетает молитвы с сердечными воздыханиями и верою. И надежда женщины не была напрасной: прозрела она и на второй глаз к общему удивлению бывших тогда в храме Святой Софии.

Иконописцу Симеону архиепископ Пимен приказал написать икону Богоматери с Богомладенцем, а пред Ними стоящего и молящегося с воздетыми руками святителя Никиту. У святителя совсем не было бороды. И иконописец думал, что следует изобразить на иконе хотя бы малую браду на лице святого Никиты. Размышляя об этом, Симеон начал дремать, пошел к постели своей и заснул. И вот в тонком сне он внезапно услышал голос: «Симеон, ты думаешь написать браду у епископа Никиты! Не помышляй об этом, ибо не было брады у него. И прочим иконописцам возвести, чтобы не писали на иконах епископа Никиту с брадою».

Симеон проснулся, но никого не видел. Поспешил передать видение свое архиепископу Пимену, и архиепископ прославил Бога. Образ святителя написан был так, как он сам повелел.