Новгородский купец Феодор по дороге в город напился воды в речке Колпе и сделался бесноватым. Товарищи должны были связать его железными путами и с большим трудом привели к преподобному Кириллу. Помолившись над больным, святой оградил его крестным знамением, окропил святой водой, и Феодор стал здоров.

1532 год был последним годом жизни преподобного Кирилла. Почувствовав приближение смерти, он призвал братию и сказал: «Уже приближается конец мой, братия. Я отхожу от этой жизни и предаю вас в руки Божии, да сохранит Он вас и утвердит в любви Своей. Я только телом ухожу от вас, духом же буду с вами. Да будет вам известно, что по благодати Божией монастырь мой и по смерти моей никогда не оскудеет, если любовь будет между вами».

Далее умирающий подвижник со слезами наставлял братию вести строгую жизнь, поститься, иметь усердие и благоговение к службе, взаимную любовь и повиновение. Когда он умирал, братия ничего не отвечали и с великой скорбью смотрели на своего угасающего наставника. Блаженный хранил молчание до второго часа по полудни, лежа с закрытыми глазами и без движения. После двух часов он начал задыхаться, но потом снова обратился к братии: «Братия моя и отцы! Сие время уже мятеж в людях, будет беда великая на земле нашей и гнев великий на людях, и падут от острия меча, и пленены будут от язычников, и трусы, и глады, и моры будут великие, как явил мне Господь».

Старец Дионисий просил преподобного открыть, что будет после этого.

«Сейчас видел я царя, — сказал Кирилл, — на престоле сидящего и пред ним стоящих двух храбрых отроков, имеющих на главах царские венцы. И дал им Господь в руки оружие на супротивных, и побеждены будут враги их, и поклонятся все народы, и будет царство наше умирено Богом и устроено. Вы же, братия и отцы, молитесь со слезами Богу и Пречистой Его Богоматери о державе царства Российской земли».

Затем святой снова наставлял братию, особенно предостерегал от пьянства, и закончил завещанием похоронить его посреди острова, на месте, затопляемом водою, и в той одежде, в какой он был. Братия приступили к нему и стали прощаться. Причастившись Святых Таин, преподобный Кирилл сказал: «Слава Богу за все», оградил себя крестным знамением, прочитал молитву и скончался. Это было 4 февраля 1532 г. Лицо умершего просияло чудесным светом, как бы указывая на его душевную чистоту. Безутешно горевавшая братия вынесли тело в церковь и совершили обычное отпевание. На погребении святого присутствовало множество окрестных жителей, которые по собственному побуждению пришли в монастырь отдать последний долг великому подвижнику.

Вскоре после кончины преподобного Кирилла начались чудеса при его гробе. Старец Кириак, ученик преподобного и монастырский рыболов, будучи тяжко болен, не мог присутствовать при последних часах своего учителя и много скорбел об этом. Преподобный Кирилл явился ему во сне с двумя юношами в белых одеждах, державшими в руках горящие свечи, оградил его крестным знамением и сказал: «Зачем ты, брат Кириак, столь долго страждешь? Встань и иди лови рыбу на потребу братии».

Пробудившись от сна, расслабленный Кириак почувствовал, что он владеет руками и ногами. По его просьбе его привели ко гробу преподобного, и он стал исповедывать свои грехи преподобному Кириллу как живому. Получив совершенное исцеление у гроба, Кириак поведал чудо собравшейся братии, а на другой день по повелению чудотворца отправился на рыбную ловлю и наловил такое множество рыбы, что ее хватило на день памяти преподобного, когда в обитель собиралось очень много народа.

Слуга князя Феодора Чеснока-Вадбольского Григорий, потерявший зрение и испытывавший мучительную боль в глазах, получил исцеление от прикосновения ко гробу преподобного и окропления головы освященной самим преподобным Кириллом водой.

Жена белозерского жителя Елена Текутова долгое время безуспешно лечилась от своей тяжкой болезни. Однажды ночью она подумала о поездке к мощам преподобного Кирилла, но после забыла об этом. Когда болезнь ее усилилась и она ожидала уже смерти, преподобный явился ей во сне, благословил ее святым крестом, окропил водою и сказал: «Встань, чадо, иди в монастырь мой и у церкви Воскресения помолись Богу и Пречистой Его Богоматери, и получишь исцеление у гроба моего».

Исполнив волю святого, она выздоровела.

Скоморох Стефан, живший в городе Белозерске, два года лежал расслабленный. Слыша о чудесах преподобного Кирилла, он подобно другим пожелал прибегнуть к его помощи. Не дойдя до обители всего 12 верст, он впал в совершенное изнеможение и стал просить угодника Божия исцелить его, давая обет постричься в его монастыре. Тотчас ему явился преподобный и велел идти в монастырь, помолиться в храме Воскресения и приложиться к цельбоносному гробу. Сделав по указанию святого и получив исцеление, Стефан принял пострижение с именем Сергия и жил в обители преподобного до своей смерти.

Сын белозерского жителя Даниила Текутова Симеон имел горб. Отец привез его в монастырь и положил его на гроб святого. После молебна отрок стал укрепляться и по окроплении святою водою совершенно исцелел. Другой раз заболел сам Даниил. Он также был привезен своими родителями в обитель и выздоровел по прикосновении ко гробу преподобного и по окроплении святою водою.

Инок Новоезерской обители Мартиниан совершенно изнемог от зубной боли. Узнав, что иноки Тихон, Иоанникий и Геронтий получили исцеление у гроба преподобного, он пошел ко гробу, помолился пред ним и, взяв в рот святой воды, получил исцеление.