Старец Макарий из Карельской стороны, постриженник Сенного монастыря, пришил жить в обитель преподобного, но, имея сварливый и своевольный характер, скоро начал тяготиться строгим строем жизни в обители и перешел в Белозерский монастырь. Здесь он впал в тяжкую болезнь, много страдал и, придя в раскаяние, стал молиться преподобному Кириллу. Получив после молитвы облегчение, он прибыл в монастырь преподобного и едва приблизился к его гробу, как был повержен невидимой силой на землю и лежал целый день без движения. Когда он пришел в себя, братия приложили его ко гробу и он получил исцеление. Сев у гроба, Макарий рассказал братии, что он видел бесов, которые повергли его на землю и мучили, пока явившийся благообразный седой старец с блистающим челом и с жезлом в руке не разогнал их. Старец дал ему четки и сказал: «Восстань, брат, будь здоров и не греши более».

Некоему Викулу из окрестной обители, долгое время страдавшему изнурительной лихорадкой, преподобный Кирилл явился во сне в разорванной ризе, какую носил при жизни, в сопровождении мужа в светлых одеждах, державшего в руках Евангелие, и сказал: «Иди в обитель блаженного Кирилла, ибо исцеления многие бывают от гроба его, и если с верою придешь и помолишься святому, то будешь исцелен».

Поступив так, Викул избавился от болезни. От той же болезни получил исцеление у гроба преподобного житель Белозерска Елевферий.

Во время распространившейся в России болезни железы, от которой умирало много народа, в городе Белозерске заболел этой болезнью житель Василий Евфимиев и все его домашние. Василий и его жена уже потеряли всякую надежду на выздоровление и готовились к смерти. Однажды больной почувствовал некоторое облегчение, впал в дремоту и в дремоте, почти бессознательно, обратился с молитвой к преподобному Кириллу. Тотчас ему явился святой и спросил: «О, Василий, ты болен?» «Весьма болен, даже до смерти», — ответил ему Василий. «Если хочешь быть здоров со всем домом своим, — сказал преподобный Кирилл, — то иди в мой монастырь и получишь там исцеление». Василий посетил обитель, исцелился сам и все его домашние.

В 1542 году царю Иоанну Васильевичу Грозному явился во сне благообразный старец-монах и сказал: «Царь, не ходи завтра в палату до третьего часу дня», причем назвал и палату. «Чего ради не ходить?» — спросил царь. «Чтобы не умереть напрасной смертью». «Кто ты, как твое имя и как ты осмелился войти в мои покои?» — спросил царь. «Имя мое Кирилл Белый, пустынь моя находится в 30 верстах от Белозерска», — ответил старец и, прибавив: «Послушай меня, царь, сделай то, что я тебе сказал», исчез.

Проснувшись, царь почувствовал страх и провел время до утра в молитве. Будучи уверен, что явившийся ему монах послан от Бога, царь не пошел днем в палату, о которой говорил преподобный Кирилл, хотя и имел обыкновение ежедневно бывать в ней, и стал ждать объяснения слов старца. Между тем в палате с утра собрались князья, бояре и придворные и ожидали царского выхода, недоумевая о причинах необычного замедления. В третьем часу дня послышался грохот, как бы от грома, палата потряслась и упала, задавив под собою множество людей. Обрадованный своим спасением царь рассказал всем о бывшем ему видении и начал расспрашивать, не был ли кто на Белом озере и не знает ли пустынь Кирилла. Среди приближенных его нашлись бывшие в этой пустыни, и от них он узнал, что пустынь находится именно в том расстоянии от Белозерска, какое было указано ему в видении. Царь тотчас послал в пустынь грамоту с требованием к себе игумена и старца из братии. Прибывшие по этому требованию игумен Вассиан и старец Сильвестр привезли царю образ преподобного Кирилла, написанный на иконе, освященную при его гробе воду и хлеб. Царь сразу узнал в изображении святого явившегося ему старца и облобызал икону со словами: «О, преподобный отче и преблаженне Кирилле великий, скорый помощник и теплый предстатель и избавитель от напрасной смерти, поспешительствовавший мне во святых своих молитвах ко Христу Богу!»

Узнав о царском жаловании, братия монастыря воскликнули: «Будь, царь, здоров на царском своем престоле на многа лета!» — и вознесли о нем молитвы.

В 1571 году в народе было поветрие — изнурительный кашель. Многие больные этой болезнью получали исцеление у гроба преподобного Кирилла и между другими — житель соседнего с обителью села Замошья Мелетий, едва не умерший. В этом же году в обитель был приведен на память преподобного отрок Иосиф, с двухлетнего возраста страдавший бесным недугом. Родители больного попросили братию отслужить молебен при гробе святого и во время молебна со слезами взывали к преподобному: «Помилуй нас, рабе Божий, — сын наш очень страдает, грехов наших ради!» Когда больного приложили ко гробу, недуг исчез навсегда.

Жена жителя Белозерска Иоанна Евсеева Мария не могла разрешиться от бремени и сильно страдала. Родственники больной призывали к себе знахарок, но те не оказали ей никакой помощи. Тогда, видя, что Мария близка к смерти, вынесли ее в чистую комнату, положили на особое ложе и стали делать другие приготовления к кончине. В это время муж ее принес икону Богоматери и начал молиться пред нею, упоминая и преподобного Кирилла. После этого Марии в той же комнате явился преподобный в образе высокого благообразного старца с небольшой седой бородой и, перекрестив ее, сказал: «Мария, имей веру к блаженному Кириллу Белому — и будешь здорова!» Тотчас больная разрешилась от бремени и стала здорова.

Симеон, родом из Кемской стороны, живший в обители преподобного, пошел однажды в лес за грибами и ягодами для братии и много дней блуждал в нем, отыскивая путь. Выбившись совершенно из сил и потеряв надежду возвратиться в монастырь, он сел под деревом и в ожидании смерти начал молиться преподобном Кириллу. Вдруг ему явился благообразный старец и велел следовать за собой. Приведя Симеона к монастырю, старец сказал: «Иди, чадо, с миром ко гробу блаженного Кирилла» — и сделался невидим.

9 ноября 1612 года получил исцеление, призывая имя святого Кирилла, житель города Ростова Димитрий, пораженный параличом во время пребывания в монастыре преподобного.

В 1620 году в селе Кем Белозерского уезда, у церкви Пресвятой Богородицы жил священник Михаил с женою Антониною, которая давно страдала тяжелыми припадками. В воскресенье 23 июля с Антониной случился особенно сильный припадок, продолжавшийся с утра до вечера. Когда она в изнеможении лежала под присмотром вдовы Дарии, ей явился преподобный Кирилл в святительской одежде и с крестом в руках и сказал: «Чадо, ты страдаешь? Иди в монастырь мой, помолись Господу Богу, приложись к моему гробу — и будешь здорова».

Изумленная больная сообщила Дарии, что чувствует себя лучше и просила ее дать за себя обет поклониться гробу святого Кирилла. Дарья рассказала об этом родным больной, но те не придали этому значения. Вслед за этим припадки возобновились и продолжались ежедневно с утра до ночи. 30 июля Антонина одна осталась в своей комнате и, ожидая приближения недуга, со слезами молилась Божией Матери и преподобному Кириллу. Вдруг открылись двери и вошел чудотворец. Он был в святительском одеянии, лицо его светилось, в правой руке он держал кадило, а в левой крест и незажженную свечу. Воскурив фимиам пред иконами и Антониной, преподобный сказал: «Чадо, не бойся меня; ты будешь здорова».

Затем он стал говорить: «Чадо, не вели мужу четверобрачных и троебрачных мужчин и женщин пускать в храм. Также пусть не входят и те, которые имеют с кем-нибудь вражду и не примирились. Видишь ли, чадо, Божие посещение и наказание, как Бог наказывает мир сей многими казнями за невоздержание то нахождением иноплеменных воинов, то голодом, то мором? Ибо праздники Божии не исполняют, в среду и пятницу не постятся и воскресных дней не почитают: живут скотски, как свиньи в кале валяются. Если не покаются и не оставят злых своих дел, то будет великая казнь от Бога. Ты же, пока не сходишь в мой монастырь, питайся только ягодами и не принимай никакой другой пищи».