Вскоре после этого о. Николай отправился в Японию через Сибирь.

В г. Николаевске ему пришлось провести зиму. Тут он свиделся с миссионером архиепископом Иннокентием (впоследствии митрополитом Московским), который ласково принял его, дал ему много полезных советов, сам скроил ему рясу и в виде благословения возложил на него бронзовый крест за Севастопольскую кампанию.

2 июля 1861 года иеромонах Николай прибыл в Хакодатэ. Но начать миссионерскую деятельность молодому иноку было чрезвычайно трудно. Япония тогда только что была открыта для иностранцев; японцы их ненавидели, бросали в них камнями, а то даже рубили саблями, если представлялась к тому возможность. Исповедание христианской религии было запрещено под страхом смертной казни. Вот как о том времени говорит сам святитель: «Тогда я был молод и не лишен воображения, которое рисовало мне толпы отовсюду стекающихся слушателей, а затем и последователей слова Божия, раз это последнее раздастся Японской стране. Каково же было мое разочарование, когда я по прибытии в Японию встретил совершенно противоположное тому, о чем мечтал! Тогдашние японцы смотрели на иностранцев как на зверей, а на христианство — как на злодейскую секту, к которой могут принадлежать только отъявленные злодеи и чародеи».

Но Господь помог Своему рабу преодолеть все трудности. Прежде всего святитель Николай стал изучать японский язык. «Много было потрачено времени и труда, — писал он, — пока я успел присмотреться к этому варварскому языку, положительно труднейшему в свете, так как он состоит из двух: природного японского и китайского, перемешанных между собою, но отнюдь не слившихся в один. Сколько родов разговорного языка, начиная почти от чисто китайского наречия до простонародной речи, в которой, однако, неминуемо вплетаются китайские односложные слова». Восемь лет прошло в самых упорных трудах по изучению японского языка, и святитель достиг того, что стал как бы природным японцем, отлично знающим историю и всю литературу Японии, как древнюю, так и новую. Изучая страну, ее язык, присматриваясь к жизни японцев, святитель Божий стал понемногу сеять семена христианского учения. Исповедуя действия благодати Божией, в день своего 50-летнего юбилея об этих первых шагах своей деятельности святитель так говорил: «50 лет тому назад я приехал сюда проповедовать учение Христово; но тогда не только никто не был расположен слушать его, а все с враждой относились к нему. Один из тогдашних врагов христианства здесь, пред нашими глазами, ныне один из почетнейших между нами. Он тогда известен был в Хакодатэ как замечательный фехтовальщик, поэтому приглашен был давать уроки фехтования сыну русского консула в Хакодатэ. Каждый день я там встречался с ним, и всегда он молча смотрел на меня с враждебным видом; наконец, враждебное чувство привело его ко мне. Пришедши, он грубо начал: "Вы, варвары, приезжаете высматривать нашу страну; особенно такие, как ты, вредны; твоя вера злая". "А вы знаете мою веру, что так отзываетесь о ней?" — спросил я. — "Ясно, не знаю". — "А не зная вещи, поносить ее разумно ли?" Это несколько остановило его, но он с прежней грубостью произнес: "Так что же за вера твоя? Говори". — "Изволь слушать". И стал говорить о Боге Едином, о Боге Творце вселенной, Боге Искупителе. По мере того, как я говорил, лицо моего слушателя прояснялось, и он, не переставая внимательно слушать, одной рукой достал из-за пояса тушницу, другой — из рукава бумагу и стал записывать мою речь. Через час или полтора он был совсем не тот человек, который пришел. "Это совсем не то, что я думал", — сказал он, когда я окончил говорить. "Поговорите еще", — попросил он уже ласково. "Приходите", — пригласил я. И он стал приходить каждый день, а через неделю был уже в душе христианином. Скажите, что его обратило ко Христу? Когда-то сильный противник христианства Савл был внезапно обращен светоносным явлением ему Господа Иисуса Христа. Там было великое чудо. Здесь я вижу также чудо, только прикровенное. Тот же Христос невидимо Своей благодатью коснулся сердца Своего врага, сердца чистого, только пребывавшего во мраке, блеснул на него лучом Своего света — и врага не стало, он обратился не только в верного последователя, но и в горячего проповедника Христа. Дальнейшее также полно указаний на помогающую благодать Божию. У Савабе был друг, доктор конфуцианист, которому он стал сообщать свои познания о Христовом учении и старался передать ему свою веру. Сакай, друг его, сначала только смеялся над ним и опровергал его тогда, но недолго это длилось; Сакая тоже коснулась благодать Божия, и он сделался не только последователем и проповедником Христа, но и великим постником и молитвенником. Старые христиане, конечно, помнят, как он здесь, будучи диаконом, иногда во время ектении, которую произносил, в молитвенном восхищении припадал на землю и долго так оставался, умиляя всех и возбуждая глубокое молитвенное настроение. Когда Савабе и Сакай сделались христианами, то я увидел, что время для проповеди здесь настает, и потому отправился в Россию, чтобы просить Святейший Синод основать здесь Миссию и дать мне сотрудников. Когда я снова прибыл в Хакодатэ, то нашел, что ревностный Савабе уже образовал у себя маленькую церковь: у него собралось из Сендая несколько молодых хорошо образованных "сизоку" (дворян); то были: ныне еще здравствующие о. Матфей Качета, о. Петр Сасачава, уже скончавшийся о. Яков Такая, о. Иоанн Оно, только что отшедший в другой мир Павел Цуда и некоторые другие; всех я нашел уже довольно наученными в вере и в душе христианами. Кто же им указал путь из Сендая в Хакодатэ и кто обратил их в христианство, если не Сам Господь таинственным действием Своей благодати? Этими людьми началась катихизаторская школа в Хакодатэ, и они, вышедши из нее, сделались первыми проповедниками, основавшими церкви в разных городах и селениях северной части Ниппона. Когда потом в Токио основалась катихизаторская школа, а с течением времени и семинария, то число проповедников увеличилось, а с тем вместе и число наших церквей умножилось. Лучшие из проповедников на соборах избирались для поставления во иереи и диаконы, так образовалось наше священство. И иереи, как распорядители благодати Божией, особенно ясно могут свидетельствовать о явлениях ее в нашей Церкви: у каждого из них, вероятно, есть на памяти случаи чудесной помощи Божией, явленной через преподаваемые ими таинства крещения, причащения Святых Тела и Крови Христовых, особенно же таинства елеосвящения — исцеление болезней, облегчение страданий, внезапное умирение души и прочее».

Так скромно описывает святитель Николай первые шаги своей проповеди. И поистине благодать Божия споспешествовала ему. Ибо первое время было самое труднейшее для него и для обращенных им христиан. Много было перенесено в то время и горя, и нужды, и лишений, и даже гонений на христианство. Надо помнить, как незадолго перед тем Япония поступала с христианами. Их завертывали в соломенные мешки, складывали в кучи и сжигали заживо, распинали и т. п. И только в 1873 году последовала отмена старых антихристианских эдиктов, и с этого только времени явилась свобода христианской проповеди в стране Восходящего Солнца. Около этого времени, в 1869 г., святитель Николай, еще в сане иеромонаха, приехал в Россию хлопотать об устройстве в Японии Русской Миссии. В 1870 году Миссия была открыта. Иеромонах Николай возведен в сан архимандрита. А с 1873 года православная проповедь стала гласно раздаваться в Японии. Юная Церковь Христова, основанная тайно в Хакодатэ, стала расти и крепнуть по всей Японии. Начали строиться церкви, совершаться богослужения, устраиваться публичные диспуты и собеседования, образовываться христианские общины, открываться школы. И везде, на каждом шагу этой юной жизни создателем и руководителем ее был апостол Японии Николай. Святейший Синод, видя такие труды его и находя неудобным Церковь Японскую оставлять без архипастыря, вызвал архимандрита Николая в Петербург, и 30 марта 1880 г. архимандрит Николай был рукоположен в епископа. Это была вторая и последняя поездка святителя в родную страну. Остальные 32 года он провел безвыездно в Японии.

Для приготовления пастырей святитель Николай устроил семинарию, сам учил в ней, а потом, когда постановка дела была расширена, не оставлял ее без своего внимания, но самым бдительным образом относился к ней до последних дней своей жизни, входил подробно во все нужды школы и знал каждого ученика по имени. Устроил женскую японскую школу, вроде наших епархиальных училищ, а также другие школы. Но заветной мечтой святителя было устройство православного храма в столице Японии Токио. Еще в 1880 г., когда святитель Николай был в России, то он стал собирать пожертвования для постройки храма. Господь помог ему собрать около 300 тыс. рублей. В 1884 году приступили к постройке православного храма. Посреди японской столицы, возвышаясь над окрестностями, находится холм Суругадай. Он был куплен нами у японского правительства для Русской Миссии. На этом холме и решено было воздвигнуть храм. Но на нем не хватало места для постройки такого величественного храма. Пришлось делать громадные насыпи, ввиду частых землетрясений особенно тщательно закладывать фундамент. Постройка стен и арок длилась пять лет. Все усовершенствования техники были применены самым тщательным образом. Но много горьких минут пережил владыка Николай, прежде чем окончил это святое дело. Сколько нападений, сколько враждебных толков возбудила постройка собора. По словам святителя, каких только проектов по этому поводу не строили, чтобы исхитить из вражьих рук эту неприятельскую крепость, сооружаемую среди столицы на таком возвышенном месте, что оттуда будто бы император в своем дворце может быть наблюдаем во всякое время. Одни предлагали воздвигнуть гору, которая закрывала бы императорский дворец от храма, другие советовали обнести храм такой высокой стеной, чтобы с крыши его нельзя было видеть дворца, третьи требовали за миллион купить храм и подарить его императору. Наконец, храм был готов и 24 февраля 1891 года был торжественно освящен. В этот день впервые на глазах всей Японии во всей красе православного богослужения была совершена Божественная литургия и принесена Бескровная Жертва Единородного Сына Божия к Отцу Своему Небесному за весь мир. И в то время, как христиане-японцы возносили свои молитвы веры и любви в новосозданном храме, их братья-язычники в изумлении стояли около дома Всевышнего. В 8 часов утра раздался первый удар колокола православного собора, за ним другой, третий.., а затем и трезвон от рук искусного звонаря, нарочно выписанного из России. Пораженные неслыханным звоном, японцы, как бабочки на огонь, помчались к Суругадаю и несметными толпами окружили собор…

Велика была радость святителя, совершавшего сие торжество. Одиноким он пришел в эту страну, даже не знавшим языка ее, безо всякой помощи от людей, но с великой силой Божией, в немощной природе человека совершающейся, и вот теперь он освящал созданный им храм в языческой стране, храм, стоящий сотни тысяч рублей, и в присутствии своей паствы, им же обращенной ко Христу, паствы, в то время состоявшей уже не из трех человек, а из 216 общин с 18635 обращенных ко Христу язычников… Этот храм благодарные японцы и не называют иначе, как храм Николай («Сейдоо-Никорай»). Про сей храм святитель писал: «Собор этот будет памятен, будет изучаем, подражаем многие не десятки, а — смело говорю — сотни лет, ибо храм — действительно замечательнейшее здание в столице Японии, здание, о котором слава вознеслась по Европе и Америке еще прежде его окончания и которое ныне, будучи окончено, по справедливости вызывает внимание, любопытство и удивление всех, кто бывает в Токио». И японцы теперь считают это здание своей гордостью. Возле собора построены дома, в которых помещаются духовная семинария, женское училище, миссионерское управление, типография, жилище самого архиепископа и ближайших его помощников. «Это как бы отдельный городок, откуда во все концы Японии льется свет православной Христовой веры».

Для непрерывного общения с церквами и наблюдения за их жизнью святитель Николай предпринимал ежегодные пастырские путешествия по Японии. Обычно он объезжал общины со священником, в ведении которого они находятся. Местные христиане задолго до приезда владыки готовятся к встрече своего любимого «дайсимпы» (епископа) и устраивают ему по возможности торжественный прием. После первых приветствий вся процессия — прибывшие и встречающие — направляется в заранее отведенное помещение, где после краткого молебствия преосвященный произносит поучение. Затем просматривает списки крещеных, брачующихся и умерших данной общины. Местные христиане беседуют с епископом: высказывают ему свои предложения, спрашивают его советов и указаний по разным недоуменным вопросам. Иногда к приезду преосвященного приурочивается проповедь для язычников. В таких случаях заранее вывешивается объявление о прибытии в общину «известного проповедника» — епископа Николая. В назначенный час собирается публика и проповедь начинается. Говорят катихизатор, священник и наконец епископ. Речь его обыкновенно длится не менее часа и всегда производит сильное впечатление на слушателей. Иногда речь епископа прерывается возражениями. Если можно разрешить возражение, не нарушая хода мысли, то это сейчас же и делается. Если же нельзя, то возражающего просят подождать до конца. По окончании проповеди говорящий всегда обращается с вопросом: не имеет ли кто-либо из слушателей сделать возражения. Иногда завязывается целый диспут. Большое внимание преосвященного привлекали дети христиан. Справедливо видя в них будущее Церкви, преосвященный везде, где только можно, собирает их к себе, ласково беседует и наставляет их в вере. В каждой общине преосвященный остается дня по два, по три: обойдет непременно все дома христиан, присутствует на их собраниях, поучает, делает различные указания. С утра до глубокого вечера продолжается это архипастырское посещение христиан. Вот наступил вечер; все —— и катихизатор, и священник — разошлись на ночлег. Один епископ не спит; вынул свою записную книжку и тщательно записывает: что где видел, что кому сказал. Кончил записки, приступает к чтению различных сообщений и писем, на многие из которых приходится тут же писать ответы. А завтра опять встает чуть свет, опять отправляется по домам христиан или едет на такой же труд в другое место. И так изо дня в день полвека работал неутомимый труженик! Так трудился он на ниве Христовой. И благодаря таковым трудам его в настоящее время в Японии около 300 православных приходов и около 40 тыс. православных японцев.

Громадный труд употребил святитель Николай в переводе на японский язык Священного Писания и богослужебных книг. И этот труд он один и мог только исполнить. По этому поводу он сам говорил: «Я не из гордости говорю, но по глубокому сознанию, что я действительно теперь могу лучше всякого другого заниматься переводом богослужебных книг. Я знаю русский и славянский языки, знаю и греческий, а потому могу сличать славянский текст с греческими оригиналами; знаю японский и китайский языки и потому могу излагать переводы. Наконец, я имею уже опытность в деле переводов, и потому мне лучше всего сосредоточить все свое внимание на удовлетворении именно этой, самой важной, нужды Церкви». И святитель с великим усердием трудился над этим делом. В течение 30 последних лет, минута в минуту, в шесть часов вечера входил в его келью его постоянный сотрудник по переводам Накаисан, садился рядом с архиепископом на низенький, аршина полтора в квадрате, табурет, на котором лежала подушка, называемая по-японски «забутон», и начинал писать под диктовку архиепископа переводы. Работа эта продолжалась в течение четырех часов и оканчивалась в 10 часов вечера. Откладывалась она только в дни вечернего богослужения и праздников. В часы работы над переводами двери келлии высокопреосвященного были абсолютно закрыты, и входил туда только слуга преосвященного Иван-сан, чтобы подать чаю. «Хотя бы небо разверзлось, — говорил владыка, — а я не имею право отменить занятий по переводу». И святитель перевел на японский почти весь Ветхий Завет, весь Новый Завет, весь круг богослужебных книг (Октоих, Триодь постную и цветную и все другие богослужебные книги), Православное вероисповедание свт. Димитрия Ростовского, Катихизис, Краткую Священную историю и многое другое. В этом случае он один сделал то, чего не смогли бы так сделать десятки других в течение многих лет. Благодаря его трудам на японском языке совершается все православное богослужение во всем его годовом разнообразии, благодаря его трудам Японская Церковь читает слово Божие на своем родном языке.

Кроме сего святитель устроил прекрасную православную библиотеку. «Библиотека Православной Японской Миссии, — пишет собеседник святителя Д. Позднеев, — представляет собою поистине удивительное учреждение. Каким образом архиепископ Николай успел собрать такую чудную коллекцию книг, известно одному Господу Богу! Библиотека эта помещается в специальном здании, построенном со всеми противопожарными приспособлениями, какие только возможны. Одних европейских книг в ней насчитывается свыше 12 тысяч названий, из коих большинство на русском языке, но много также книг английских, французских, немецких. Независимо от этого существуют также особые коллекции книг — японская и китайская. Миссийская библиотека является удивительнейшим доказательством аккуратного и любовного отношения почившего архиепископа к миссийскому делу и к миссийской собственности. Каждая получавшаяся книга не только заносилась им собственноручно в каталог, но после переплета он даже сам наклеивал ярлыки и ставил книги на полку. Библиотека до сих пор в глазах православных японцев составляет как бы святилище, куда доступ разрешается только лицам, преданным научным знаниям и стяжавшим полное доверие архиепископа. До самых последних лет архиепископ собственноручно в назначенные часы выдавал книги из этой библиотеки, собственноручно записывал их в отпускной журнал и собственноручно делал отметки о возвращении. Ясно, что при таком порядке библиотека оставалась и остается в идеальном порядке и сохранности. Только в самое последнее время выдача и получение книг доверяется владыкой ректору семинарии Сэнума».

Основаны владыкой православные японские журналы: «Православный Вестник» («Сэикёо симпоо»), «Православная Беседа» («Сэикёо ёова»), издавались также и другие. Под руководством святителя Николая переведены на японский язык все наши лучшие богословские сочинения, издано много и других книг. Есть богословские православные сочинения, написанные самими японцами.

Все это совершено святителем среди крайней скудости средств, без особенной посторонней помощи, единственно своим упорным, не знавшим отдыха, трудом, твердостью своего железного характера, постом, молитвой и всесильной помощью Божией.

Внутреннее состояние Церкви Японской, созданной святителем, таково. Все православное население разделено на общины, во главе которых стоят священники. Ежегодно архиепископ объезжает эти общины. При посещении каждого прихода община собирала совет, и здесь вместе с архиепископом решали свои дела. Кроме того, в каждой общине периодически происходят собрания, где клир и народ вместе беседуют, молятся, слушают поучения и рассуждают о своих приходских нуждах. Высшей же инстанцией церковного управления являются Соборы. Они собираются ежегодно, попеременно то в Токио, то в Осака в конце июня. Сюда собираются духовенство, катихизаторы и выборные от мирян. Собор собирается в церкви, у амвона для архиепископа и старших священников ставят стол, а прочие садятся на полу. Архиепископ открывает заседание молитвой и поучением; затем читается отчеты о состоянии приходов, решаются важнейшие вопросы по устройству и управлению Японской Церковью, производятся выборы священника, назначаются катихизаторы. О внутреннем состоянии своей Церкви святитель говорил так: «Как в первоначальной Церкви проповедь Христова учения сначала была устной, а потом в помощь и утверждение ей являлась проповедь письменная, так точно было и у нас. В помощь проповеди с первых времен Церкви основалось общество переводчиков, первоначальником которых явился сендайский молодой ученый Савва Хорие; трудами переводчиков образовалась наша уже весьма значительная богословская литература. Явились издатели журналов и писатели, произведения которых составляли порядочную литературу оригинальных сочинений, по преимуществу брошюр. Женская половина нашей Церкви также являет на себе ясные следы попечения Божия о ней. Учащие наших женских школ в главном составе своем суть жены, навсегда и всецело посвятивший себя Богу, те же монахини, кроме монашеского одеяния; без помощи воодушевляющей благодати Божией не возможны такая решимость и такая преданность в служении Божьему делу. Воспитавшиеся под их влиянием ныне жены церковнослужащих или еще девицы везде по церквам ревностно и разнообразно помогают церковному делу, т. е. благочестивые жены Японской Церкви совершают то же служение, которое совершали благочестивые жены Церкви первоначальной. Женское же усердие и искусство украшает наши храмы иконами, как вот эти, что на стенах храма, и как множество других во многих иконостасах провинциальных церквей. Наконец, Господь наш Иисус Христос, Сам воспевший со Своими учениками в Сионской горнице, украсил Свою Церковь таким прекрасным пением, которое мы слышим здесь и которым возбуждается и питается наше молитвенное настроение. Не без Божией помощи наставники и руководители его ведут это дело и все участвующие в нем исполняют его. Отсюда они, вместе с кончающими здесь учение и поступающими в церковную службу, переходят в другие церкви и приносят духовную пользу.

О наших служащих в Церкви вообще я должен сказать следующее.