Наблюдая неверие новообращенных, татары не только не крестились, но прямо ругались над христианством; мало этого, многие и из русских, живя у зажиточных магометан, отпадали от Православия; другие, служившие у переселенных после Ливонской войны в Казанскую область немцев, добровольно или за деньги принимали то католичество, то протестантство, оставляя веру отцов своих. Причину таких печальных явлений святитель Ермоген видел, кроме соседственного общения новых христиан с неверными, в отсутствии нужного числа храмов, тогда как мечети ставились татарами даже вблизи Казанского посада — «всего как из лука стрельнуть», — чего не было прежде. В ответ на это донесение святителя Ермогена получена царская грамота (от 18 июля 1593 года) на имя казанских властей о выселении новокрещеных в новую слободу в Казани с наделением их землей из ближайших к Казани дворцовых земель, с запрещением строить мечети и с приказанием уничтожить построенные «по оплошке» светской власти. На будущее время татарам и немцам запрещено было держать у себя в услужении русских людей.

В тех же целях укрепления начал Православия в сознании пасомых и духовного объединения митрополии с коренными русскими областями святитель Ермоген извлекает из забвения память о мучениках, борцах и тружениках за веру православную и землю Русскую в Казанском крае.

9 января 1592 года святой Ермоген писал патриарху Иову, что в Казани доселе не совершается особого поминовения православных воевод и воинов, умерших на поле брани под Казанью и в пределах Казанских, «на костях которых встала христианская и русская Казань». Митрополит просил установить для их поминовения определенный день, чтобы по всей Казанской митрополии петь по них панихиды и служить обедни. Вместе с тем святой Ермоген писал патриарху о забытых тех мучениках, приявших в Казани смерть за исповедание имени Христова. Святитель собирал о них сведения путем чтения записей, существовавших до него в Казани, и путем опроса достоверных лиц; из этих мучеников один — Иоанн — был русский из Нижнего Новгорода, взятый в плен татарами, а двое — Стефан и Петр — из новообращенных татар. Святитель Ермоген скорбел, что эти мученики не вписаны в синодик, который читается в неделю Православия, и им не поется вечная память. Вскоре от патриарха Иова получена была святым Ермогеном ответная грамота.

Объявляя патриарший указ по епархии, святитель Ермоген от себя лично предписал, чтобы литургии и панихиды по Казанским мученикам по всем церквям совершались 24 января — в день мученической кончины Иоанна.

В 1592 году митрополит Ермоген принимает деятельное участие в прославлении памяти своего учителя и просветителя Казани архиепископа Казанского Германа, который был силою взят (в 1566 г.) на московский митрополичий престол, потом навлек на себя несправедливый гнев Иоанна Васильевича Грозного и по его приказанию изгнан из митрополичьих палат: святой Герман скончался в Москве 6 ноября 1567 года во время моровой язвы и «погребен в чину святительском» у храма святого Николая Мокрого. Жители города Свияжска, в котором святой Герман подвизался до возведения в святительский сан и основал славный миссионерской деятельностью Успенский Богородичный монастырь, просили царя Феодора Иоанновича и патриарха Иова дозволить им перенести мощи архипастыря в свой город. Это ходатайство перед властями усиленно поддерживал святой Ермоген. Разрешение было дано, и по благословению патриарха митрополит Ермоген встречал мощи святого Германа в Свияжске, видел и осязал их, а затем «честно» предал погребению в Успенском монастыре. В 1595 году, во время перестройки Казанского Спасо-Преображенского монастыря, при копании рвов для закладки нового каменного храма обнаружены были гробы святителей Казанских: Гурия, первого архиепископа Казани, и Варсонофия. Придя со всем освященным собором, митрополит Ермоген открыл сначала гроб святого Гурия, а потом — святого Варсонофия: тела угодников Божиих оказались нетленными. Святитель Ермоген переложил мощи в ковчеги и поставил над землей для поклонения. При обретении мощей святых Гурия и Варсонофия митрополитом Ермогеном обретены были и потом снова преданы земле останки учеников святого Гурия иноков Ионы и Нектария, в миру бояр из фамилии Застолбских. По приказанию царя и благословению патриарха митрополитом Ермогеном было составлено житие Гурия и Варсонофия, Казанских чудотворцев. Вероятно, тогда же святым Ермогеном составлена и служба на обретение мощей.

Останавливая для назидания внимание паствы на славных лицах и событиях из недавнего прошлого в церковной жизни Казанского края, митрополит Ермоген усиленно строил храмы. Этим удовлетворял он острую нужду в храмах, которых было очень мало в недавно завоеванном крае, и сверх того стремился показать пасомым наглядным, осязательным образом силу и величие Православия.

Находясь в Москве для поставления в чин митрополита, святой Ермоген лично ходатайствовал перед благочестивым царем Феодором Иоанновичем о том, чтобы на месте явления Казанской иконы Божией Матери устроить каменный храм, а честную икону достойно украсить. Горя духом теплой веры, царь пошел навстречу ходатайству. По его повелению в 1594 году, 14 апреля, был заложен «предивный каменный храм» в честь Пресвятой Богородицы, с двумя приделами — Успения Богоматери и святого Александра Невского. Храм был освящен 27 октября следующего (1595) года. Царь снабдил новый храм Казанской обители всем необходимым: книгами, ризами, местными иконами; среди последних выделялся образ «Деисус», обложенный серебром. Самая же явленная икона Владычицы была богато украшена из царских сокровищ золотом, драгоценными камнями и крупным жемчугом. Из царской же казны выданы были деньги, хлеб и «все потребное» для шестидесяти инокинь-стариц обители. При содействии святителя Ермогена, по приказанию царя и благословению патриарха был воздвигнут величественный каменный храм в честь Преображения Господня в Спасо-Преображенском монастыре. В 1601 году митрополит Ермоген из архиерейских земель уступил городу Казани для расширения посада Забулачную слободу; находившихся в ней митрополичьих людей он переселил в деревню Кульмаметеву, преобразовав последнюю в село Архангельское. Святитель построил здесь храм во имя Архистратига Михаила; причем как самый храм, так и вся его утварь и все церковное строение, между прочим келлии для нищих, были созданы на средства митрополичьей казны. Святителем же Ермогеном был выстроен на окраине города, в Ягодной слободе, храм во имя святого Димитрия Солунского. Главный храм Казани в честь Благовещения Пресвятой Богородицы при митрополите Ермогене обогатился иконами «Деисуса», праздников и пророков; иконы эти были обложены серебром  в «басму». Ко времени управления святителя Ермогена Казанской митрополией относят основание в Казани мужского (ныне женского) Феодоровского монастыря.

7 января 1598 года скончался царь Феодор Иоаннович, в лице которого сошел в могилу последний Рюрикович. Престол Российского государства занял (17 февраля) Борис Феодорович Годунов. С двумя архимандритами казанских монастырей митрополит Ермоген участвовал на Московском Соборе, избравшем на царство Бориса Годунова; участвовал он и во всенародном молении под Новодевичьим монастырем, когда население Москвы во главе с духовенством упрашивало Бориса, укрывшегося за стенами обители у овдовевшей сестры-царицы, не колебаться, но принять избрание на престол. О деятельности митрополита Ермогена за время царствования Бориса Годунова сохранилось очень немного известий, преимущественно говорящих о храмоздательных трудах Казанского первосвятителя.

13 апреля 1605 года умер с тревожными думами за государство и за свою семью царь Борис Годунов, а 20 июня того же года в Москву торжественно въехал как законный государь первый Лжедмитрий.

При самозванце митрополит Казанский Ермоген вместе с другим высшим духовенством был назначен в преобразованную по образу польской рады или сената боярскую думу, занимая второе место после патриарха и третье после царя. Здесь он вскоре показал себя мужественным защитником Церкви Православной. Тайный католик Лжедмитрий решил жениться на польке-католичке Марине Мнишек; он просил благословения венчаться с ней без принятия ею предварительно святого крещения по православному обряду, просил, кроме того, допустить устройство в Москве католических костелов. Эти заявления самозванца стояли в совершенном противоречии со взглядом Русской Церкви того времени на латинян, как «злых еретиков», которых принимать в лоно Православия можно только после перекрещивания. В своей архиерейской присяге русские святители давали клятву не допускать браков православных с латинянами и армянами. Несмотря на это, патриарх Игнатий, ставленник Лжедмитрия, дал беспрекословное согласие самозванцу, сказав: «На твоей воли буди, государь». Прочие власти молчали из-за боязни опалы. Тогда возвысил свой голос митрополит Казанский Ермоген. Поддерживаемый епископом Коломенским Иосифом и некоторыми протоиереями, он безбоязненно заявил самозванцу: «Непристойно христианскому царю жениться на некрещеной, вводить ее во святую церковь и строить римские костелы. Из прежних русских царей никто так не делал».

Самозванец возражал с гневом и угрозами, но митрополит Ермоген оставался непреклонен, заклиная Лжедмитрия оставить такие замыслы. За это, по одному известию, самозванец приказал не только сослать митрополита Ермогена в Казань, но «и сан святительский с него снять и в монастырь заточить».

Возможно, что в дальнейшем стойкого митрополита ожидали еще более сильные проявления опалы, вплоть до насильственной смерти, если бы Лжедмитрий продолжал занимать престол Российского государства. Но 17 мая 1606 года Лжедмитрий был убит и московским царем становится главный виновник его свержения — князь Василий Иоаннович Шуйский. Вскоре и ставленник Лжедмитрия патриарх Игнатий был лишен собором иерархов святительства и как простой чернец отослан в Чудов монастырь под начало за то, что допустил Марину Мнишек к таинству причащения и таинству брака, не крестив ее по православному, а только миропомазав. Престол Всероссийского Патриарха становится праздным. И царь Василий возводит на него митрополита Казанского Ермогена, как страдальца за православную веру при самозванце-еретике. Но нет сомнения, что и выдающиеся личные качества митрополита Ермогена остановили на нем выбор царя.

Отзывы современников говорят о патриархе Ермогене как человеке выдающегося ума и начитанности: «государь велика разума и смысла и мудра ума», «чуден зело и многого рассуждения», «зело премудростию украшен и в книжном учении изящен», «о Божественных словесех присно упражняется и вся книги Ветхаго закона и Новыя благодати, и уставы церковные и правила законныя до конца извыче». Действительно, святитель Ермоген занимался в монастырских библиотеках и, между прочим, в богатейшей библиотеке Московского Чудова монастыря, записывал сам или приказывал записывать замечательные события и интересовавшие его устные предания. Помянутые уже творения святителя Ермогена, относящиеся к церковной жизни Казанского края, легли в основу летописных записей христианской Казани, положили начало ее письменной истории. Можно думать, что святой Ермоген и сам составлял летописи. В сочинениях святого Ермогена и его архипастырских грамотах встречаем ссылки на Священное Писание и примеры, взятые вообще из истории, что свидетельствует о начитанности святителя в тогдашней церковной письменности, обращавшейся на Руси. С этой начитанностью патриарх Ермоген соединял и выдающиеся способности проповедника и учителя. Даже люди, неблагоприятно настроенные к патриарху, признают, что он «бысть словесен муж и хитроречив». К сожалению, проповедническим способностям патриарха не соответствовал его голос, несколько глухой и недостаточно сильный. Отзывы тех же современников столь же привлекательными чертами обрисовывают и нравственный облик патриарха Ермогена, как «мужа благочестиваго», «известнаго чистаго жития», «истиннаго пастыря стада Христова», «неложнаго стоятеля по вере христианской», «разумнаго и твердаго адаманта», «человеколюбиваго отца», «кроткаго Учителя-Христа кроткаго ученика».

Посвящение митрополита Казанского Ермогена в сан патриарха совершено было к Успенском соборе 3 июля 1603 года. Первенствовал при поставлении патриарха старейший среди русских иерархов Новгородский митрополит Исидор. Вместе с царем Василием он сидел на особо уготованном месте среди собора, когда святитель Ермоген читал перед ними «его рукою написанное исповедание православныя веры». В положенное время митрополит Исидор вручил патриарху посох святителя Петра, а царь подарил ему панагию, осыпанную драгоценными камнями, белый клобук и жезл. После литургии у царя был стол. Среди стола был перерыв, во время которого новопоставленный патриарх с воздвизальным крестом в руках совершил шествие на осляти «вокруг старого города». Во время этого шествия патриарх сошел на заранее уготованном месте с осляти, прочел молитву о благоденствии города, царя и царства, осенив затем честным крестом и покропив святой водой на все четыре стороны Руси Православной.