О чисто церковной деятельности святого Ермогена в сане патриарха сохранилось очень мало известий.

При нем начаты изданием и были отпечатаны Евангелие, «Месячныя Минеи» за сентябрь (1607 г.), октябрь (1609 г.), ноябрь (1610 г.) и первые двадцать дней декабря, напечатан «Большой церковный устав» (1610 г.). При этом святой Ермоген не ограничивался только тем, что благословлял печатать книги, но и «свидетельствовал печатные переводы», т. е. наблюдал за исправностью их текста. По указанию святителя Ермогена переведена с греческого на русский язык полная служба апостолу Андрею Первозванному и восстановлено торжественное празднование его памяти в Успенском соборе. По ходатайству патриарха царь Василий сделал новую «штанбу» для печатания богослужебных книг и новый «превеликий дом» для типографии, но все это сгорело во время страшного пожара 1611 года, когда Москва была подожжена поляками. Теми же заботами о соблюдении богослужебного чина вызвано и «Послание наказательно» патриарха Ермогена «ко всем людям, паче же к священникам и диаконам о исправлении церковного пения». Послание обличает священников в неуставном совершении церковных служб, в так называемом «многогласии», а мирян — в попустительстве неисправностям духовенства и даже поощрении такого невнимательного, неблагоговейного отношения к богослужению в храме. И в сане первосвятителя в Церкви Русской патриарх Ермоген не оставлял трудов литературных; он написал «Краткое слово» об обретении «честных и многоцелебных мощей во святых отца нашего Алексия, митрополита Киевского и всея России чудотворца». Наконец сохранились, правда очень скудные, известия о борьбе патриарха с латинством.

Но от трудов по благоустройству Церкви патриарх принужден был оторваться, чтобы выступить на борьбу со смутой, всколыхнувшей сверху донизу землю Русскую. Святому Ермогену выпала тяжелая доля разделять время правления с царем Василием, который, по выражению современников, «за все время царствования не видал ни одного счастливого дня». Выкрикнутый кучкою своих доброхотов в цари, Василий Шуйский захватил престол, не дожидаясь земского собора; поэтому между ним и народом не существовало той нравственной связи, которая одна только в состоянии сообщить власти несокрушимую силу. Двусмысленное отношение Шуйского к убиению царевича Димитрия и к самозванцу, когда он открыто выступал перед народом с противоречивыми утверждениями, тоже не могло возбудить доверия к царю Василию — человеку двоедушному, лицемерному и не столько умному, сколько хитрому. Но при всех своих личных недостатках, которые, конечно, не укрывались от зоркого взгляда святого Ермогена, царь Василий Шуйский был законный царь; поэтому патриарх Ермоген, вообще видя в царской власти проявление власти Божией, а в царе — Божия ставленника, поддерживал на царском престоле и Василия Шуйского всей силой архипастырского влияния, желая в то же время, как страж совести пасомых, уберечь и народ от страшного греха клятвопреступления государю.

Еще не успели убрать с Красной площади труп самозванца, как разнесся слух в самой Москве, что убит не Димитрий, а кто-то другой. Слух этот сразу пошатнул положение царя Василия, вызвав смуту, а с ней и мятеж против Шуйского в городах Северской Украйны. Святитель Ермоген послал к мятежникам митрополита Крутицкого Пафнутия с архимандритами и игуменами, призывая крамольников прекратить мятеж и измену. К этим устным увещаниям присоединялись послания от «священнаго чина». Но призыв первосвятителя не находил нужного отклика в смятенных умах и сердцах. Восстание, руководимое князем Шаховским и Иваном Болотниковым, все более разгоралось, охватывая новые области. 20 октября 1606 года дружины Болотникова в соединении с рязанскими и тульскими остановились в подмосковном селе Коломенском, чтобы бить и грабить купцов и бояр. Тогда святой Ермоген по случаю видения одному духовному мужу установил с 14 по 19 октября пост и благословил петь просительные молебны, да отвратит Господь Свой праведный гнев от православных христиан, да укротит Он, Милосердный, междоусобную брань, ниспослав мир и безмятежие на землю Русскую. Народ, во главе с царем и патриархом, с плачем и рыданием взывал к Господу во время этих молебствий. И Господь внял усердной покаянной молитве: по Ярославской дороге, свободной от болотниковских шаек, которые не могли завладеть всеми дорогами, ведшими к Москве, в столицу двинулись из Смоленска, Двины и Холмогор 200 стрельцов. Этот в сущности незначительный отряд был принят «ворами» за «великую силу» тысяч в пять и больше: разбойники оробели и сократили свои нападения, а 15 ноября на сторону царя Василия перешли из Коломенского от Болотникова рязанцы. В то же время святой Ермоген рассылал по городам грамоты, в которых, изобразив злые дела мятежников, призывал народ стоять за Василия Шуйского, «царя благочестиваго и поборателя по православной вере», которому целовала крест вся Русская земля.

Призывая русский народ к единению в духе мира и любви, святой Ермоген при этом хорошо понимал, что такой подвиг будет его пастве не по силам до тех пор, пока она не очистит свою совесть, запятнанную клятвопреступлением, признав в Лжедмитрии истинного царя. Русский народ тем самым нарушил присягу царю Борису и потом сыну его Феодору. Необходимо было разрешить совесть народную от такого греха, но это мог сделать только связавший русских людей клятвою патриарх Иов, живший на покое в Старицком монастыре. Решив даровать русскому народу торжественное церковное прощение в нарушении прежних крестоцелований, святой Ермоген вызывает для этого престарелого Иова из Старицы в Москву. Он отправляет к нему торжественное посольство с грамотой, в которой молит «его святейшество учинить подвиг — приехать в Москву — для великаго государева и земскаго дела». 14 февраля патриарх Иов прибыл в Москву и остановился на Троицком подворье. Через день на совещании обоих патриархов был избран день для общенародного моления Господу о прощении грехов клятвопреступления и было постановлено составить прощальную, разрешительную грамоту. После совещания святой Ермоген оповестил жителей Москвы, призывая их в большой Успенский собор 20 февраля в девятом часу утра. В назначенный день в Успенский собор стеклось множество народа, так что храм не мог вместить всех пришедших и многие стояли вне его. Сюда же прибыли и патриархи Иов и Ермоген со святителями и духовенством. Иов в бедной ризе простого инока стал у патриаршего места, а святой Ермоген, совершив молебное пение, стал на патриаршем месте. Тогда народ, наполнявший храм, с плачем и воплями обратился к Иову с челобитной о том, чтобы первосвятитель простил и разрешил все измены по отношению к царю Борису и сыну его Феодору не только жителям Москвы, но и всей России, даже и скончавшимся; об этом царь и народ молили именно Иова, потому что «от святыни его связаны были и от его святыни хотели и разрешиться». После этой челобитной, прочтенной с амвона архидиаконом, была оглашена разрешительная грамота от имени патриарха Иова, Ермогена и всего освященного Собора. Народ не мог от умиления сдержать невольных рыданий и обращался к Иову со слезными воплями: «Прости, прости нас и дай благословение!» Иов простил, предупреждая от нового великого греха клятвопреступления: «Чада духовные! Впредь молю вас… таковая не творити, еже крестное целование в чем преступати».

Но и духовный подъем, проявленный Москвою 20 февраля в Успенском соборе, не положил конца изменам Шуйскому. Спустя два месяца 15 тыс. царских воинов перешли под Калугой на сторону Болотникова. Царь Василий, посоветовавшись с патриархом и боярами, выступил, напутствуемый молитвами Церкви, против мятежников с оружием. Болотникова и его соумышленников патриарх Ермоген предал проклятию. Передовые отряды Шуйского одержали победу над мятежниками при реке Восми (в 17 верстах от Каширы); святой Ермоген не замедлил разослать по церквам известительные грамоты, приказывая петь благодарственные молебны. В октябре 1607 года многочисленным войском московского царя была взята Тула. Но это мало отразилось на городах Северской Украйны, где продолжала гнездиться смута и где появился даже второй самозванец. Царь Василий, однако, не считал нужным продолжение военных действий для окончательного подавления мятежа, хотя патриарх Ермоген, хорошо понимавший истинное положение дел, советовал царю из-под Тулы идти немедленно в Северский край. Но Шуйский не внял советам дальновидного патриарха: царское войско разошлось по домам, а «врагом тогда рука и возвысися». Вследствие такой неразумной бездеятельности Шуйского успехи мятежного движения в Украйнных городах все более и более увеличивались, так что второй самозванец, опираясь на польско-шляхетскую и казацкую вольницу, утвердился в подмосковном селе Тушине. Царь Василий решил тогда обратиться за военной помощью к шведскому королю Карлу IV. Патриарх Ермоген восставал против призыва в Русские пределы шведских войск, уговаривая защищаться народными силами; но союз со шведами все-таки был заключен и впоследствии послужил одним из главных поводов вторжения польского короля Сигизмунда в Русскую землю. Так, по словам одного современника, «видел добрый пастырь царя малодушествующего, много пользовал его от своего искусства и не имел успеха».

Растлевающий дух измены усилился влиянием соседнего Тушина. «Не только в простых людях, — говорит об описываемом времени житие сподвижника святого Ермогена преподобного Дионисия, — но и во многих князьях и боярах была большая расшатанность, и разделились как чернь, так и знать надвое: один брат в Москве с царем Василием в осаде, а другой в Тушине с Вором; или часто отец в Москве, а сын в Тушине. И таким образом сходились ежедневно на битву сын против отца и брат против брата». «Расшатанность» не осталась без печального воздействия и на многих представителей духовенства. «Тогда, — сообщает один памятник, — возбесишася многие церковницы, чтецы и певцы, священники и диаконы и иноцы мнози», радуясь «всякому злодейству». Против «крамольников священнаго чина», прельстившихся вместе с мирянами, патриарх Ермоген принимает ряд мер: одних он старался отвлечь от зла поучениями и просьбами, других — временным церковным запрещением, наиболее же упорных и «скверных кровопролитников» патриарх подвергал проклятию, чем многих удерживал и отвращал от измены. Но «кающихся истинно» святой Ермоген принимал с любовью, прощал их, «многих от смерти избавлял ходатайством своим».

Проживая в Тушине и не будучи в состоянии овладеть Москвою, Тушинский Вор посылал из-под Москвы свои отряды в различные места, «подводя под свою воровскую руку самую сердцевину Московского государства, междуречье Оки и Волги. Один из таких отрядов, представлявший собою сбродное войско из поляков, казаков и русских изменников, численностью, однако, почти в 30 тысяч и под начальством самого способного польско-литовского полководца Яна Сапеги осадил 23 сентября 1608 года Троице-Сергиев монастырь. Осажденные неотступно просили царя Василия о помощи. Наконец патриарх Ермоген указал царю на необходимость поддержки монастыря не только как народной святыни, но и потому еще, что со взятием обители «весь предел Российский до океана моря погибнет, крайняя теснота будет и царствующему граду». В Троицкую обитель, чудесно защищаемую молитвами преподобных Сергия и Никона, была послана некоторая помощь.

Между тем в Москве, лишенной подвоза хлеба, начался голод. Пользуясь стесненным положением жителей, торговцы хлебом повысили цены до необычайных размеров, до семи рублей за четверть. От этого, конечно, прежде всего и сильнее всех страдали бедняки. Печалуясь за бедных, святой Ермоген созвал в Успенский собор бояр и купцов и здесь заклинал их понизить цены из сострадания к несчастным беднякам. Но сердце последних оказалось глухо к милосердному призыву архипастыря. Тогда святой Ермоген приказал вывезти на рынок троицкий хлеб, находившийся в амбарах при Богоявленском монастыре, и продавать его по умеренным ценам.

Голод и подметные письма тушинцев, призывавших москвичей к свержению Шуйского, начали возбуждать в Москве волнения среди нижних слоев населения. На площадях стали собираться толпы недовольных царем, кричавших о последнем, что он «муж крови есть». Святой Ермоген, обычно сопровождаемый своим сподвижником старицким архимандритом Дионисием, выходил на такие «всемирные собрания»; он старался успокоить волновавшийся народ, нередко подвергаясь оскорблениям как защитник нелюбимого царя. Среди служилых людей образовался даже заговор свергнуть Василия Шуйского. 25 февраля 1609 г., в Сыропустную субботу, заговорщики, числом до 300, явились в боярскую думу, требуя низложения царя Василия. Получив отказ от заседавших в думе бояр, мятежники направились в Успенский собор, где находился патриарх Ермоген, и насильно повели святителя на Лобное место. Дорогой крамольники бранили патриарха, толкали его сзади, бросали в лицо песок и нечистоты, хватали за грудь. Набатным звоном собрали на Красную площадь много народа; прибыли и некоторые бояре, за которыми отправляли нарочных. Зачинщики мятежа стали кричать, что Шуйский самочинно, без согласия всей земли захватил власть, что он виновник всех несчастий России, как человек непотребный и нечестивый, и поэтому его должно свергнуть с престола. «Он тайно избивает, — кричали мятежники на увещания святого Ермогена, — нашу братию дворян и детей боярских с женами и детьми. Таких погибло 200 человек. Вот и теперь царь приказал посадить в воду некоторых из наших». Святитель Ермоген спросил: «Кто же и когда погиб? Почему мы ничего не знаем об этом?» «Мы послали воротить их, ужо сами увидите», — кричали заговорщики и начали читать грамоту, написанную всему миру от тушинцев. «Царь Василий, — гласила грамота, — избран одной Москвой, а иные города того не ведают, не люб он нам, хотим выбрать другого царя». Святой Ермоген на это возразил: «До сих пор Москве ни Новгород, ни Казань, ни Астрахань, ни Псков и ни которые города не указывали, а указывала Москва всем городам. Царь Шуйский избран и поставлен Богом и всеми русскими властями, и московскими боярами, и вами дворянами, и всеми православными христианами. Крест ему, государю, целовала вся земля, присягала добра ему хотеть и лиха не мыслить, и вы забыли крестное целование, немногими людьми восстали на царя, хотите его без вины с царства свесть, чего мир не хочет и не ведает, да и мы в ваш совет не пристанем. А если вы говорите, что через царя кровь льется и земля не умиряется, то это делается по воле Божией, а не царя хотением, (и делается) вашего ради народного нестроения и междоусобия».

Увещания святителя подействовали на народ, который не присоединился к заговорщикам. Видя неудачу, мятежники бежали в Тушино. По словам патриарха, они «ударились, как волны о камень, и рассыпались, и, как бурею, Господь рассеял их гневом Своим». В стан Вора к русским его сторонникам, усиленным недавними беглецами, патриархом Ермогеном посланы были одна за другой две грамоты: в трогательных увещаниях первосвятитель убеждал отстать от смуты, губящей отечество, доказывая, что измена законному царю Василию есть измена вере, отступление от Самого Бога и приобщение к вечному врагу человеческого рода сатане. «Не достает слов, — пишет патриарх, — болит душа, болит сердце, все внутренности мои расторгаются… плачу и с рыданием вопию: помилуйте, помилуйте свои души и души своих родителей, жен, чад, сродников, восстаньте, вразумитесь и возвратитесь! Вспомните, на кого воздвигли оружие? Не на Бога ли и на святых Его? Не на свое ли отечество, ныне вами попираемое? Вы оставили веру, в которой родились, крестились, воспитались, в которой были крепче всех народов, а ныне явились безумнее всех… Забыв страх Божий, полезные дела своих государей, разоряете церкви, ругаетесь над святыми иконами, проливаете родную кровь, землю обращаете в пустыню. Мое слово не ко всем; некоторые из вас, как Филарет, — мученики, за которых мы должны молиться; мое слово к клятвопреступникам… Бога ради сознайте свои вины и обратитесь. Вспоминайте своих отцов, которые не только не пускали врагов в Московское царство, но, подобно орлам острозрящим и быстролетным, на крыльях своих парили в далекие страны и все покоряли царям. Ревнуйте отцам своим и возвращайтесь к нам. Не будем вас порицать и примем с радостью».

Недовольство царем Василием, несмотря на защиту патриарха, росло с каждым днем. Недостаток хлеба, приостановка торговли и промыслов все более и более отягощали жизнь в Москве. «С криком и воплем» толпы недовольных врывались время от времени в Кремль, жалуясь на свое положение. «Чего нам дожидаться, — говорили они, — промыслов нет, хлеб дорогой, ничего негде взять и купить нечем… Приходить помирать голодной смертью». Гнев толпы иногда принимал такие размеры, что даже мужественное сердце святого Ермогена сжималось страхом. Но, верный своему долгу, он подавлял в себе естественную немощь и продолжал увещевать народ. «Имейте, — говорил он, — добрую совесть, стремитесь к согласной жизни и получите мир от злобы своей». Невыносимая печаль охватывала при этом душу святителя, и из глаз его лились столь обильные слезы, что орошали не только его ланиты, но и одежду. Однако доведенный до отчаяния народ с каждым разом становился все менее и менее отзывчив на уговоры архипастыря; все чаще стали раздаваться возражения на речи святителя; многие не только не стыдились старости его, «но нечто и неправо нань помышляше».

Одно время положение Шуйского будто стало улучшаться. Славный племянник царя Скопин-Шуйский с помощью шведских наемных войск очищал от воровских шаек северные области государства. Снята была осада с Троицкой обители, отразившей врага не столько помощью человеческой, сколько Божией. Тушинский Вор, оставленный польскими и литовскими сторонниками, бежал в Калугу. Общее благоприятное положение дел омрачилось выступлением нового врага — польского короля Сигмзмунда III, осадившего Смоленск. Но русские люди надеялись, что их любимец и надежда — молодой талантливый воевода Скопин-Шуйский — справится с поляками. Неожиданная и загадочная смерть народного героя, а также полное поражение русских войск, шедших на освобождение Смоленска, под Клушиным (в конце июня 1610 года) уничтожили все надежды. Москве грозила новая тяжелая осада: с одной стороны приближалось польское войско, а с другой опять появился Вор со своими шайками. 17 июля 1610 года в Москве поднялся открытый бунт против «несчастного» царя Василия. Предводительствуемые рязанскими Ляпуновыми дворяне и дети боярские подняли в Кремле крики, «чтобы царя Василия лишить царства». Беснуясь как одержимые, заговорщики насильно повлекли патриарха Ермогена и бояр на поле к Серпуховским воротам. Собравшаяся здесь многолюдная толпа в один голос кричала: «Да сведен будет с царства Василий!» Со слезами, но безуспешно пытался святитель образумить толпу; видя свое бессилие, он удалился в город с плачем. Затем, несмотря на протест патриарха, угрожавшего новыми и более сильными карами Божиими, Шуйского насильно постригли в монахи. Святому Ермогену в виде утешения осталась надежда на лучшее будущее. «Аще Владыка мой Христос, — говорил патриарх, — на престоле владычества моего укрепит мя, совлеку его (Василия Шуйского) от риз и от иночества свобожду его». Такое отношение патриарха к пострижению царя Василия заставило врагов последнего отправить Шуйского в Иосифов Волоколамский монастырь.

По низложении царя Василия святой Ермоген становится «начальным человеком» всей Русской земли. Это высокое положение святитель оправдал своей деятельностью, проявив мужественную стойкость на тревожной и полной горьких испытаний страже Православия и русской народности; на этой страже он и умер, приняв мученическую кончину за Русь Православную. Но, по слову евангельскому, смерть его явилась тем зерном, из которого выросла новая Русь, сохранившая и свой народный облик и свою, завещанную отцами, «веру правую».