Эта последняя грамота доблестного святителя-мученика сослужила великую службу многострадальной Русской земле: под ее сильным влиянием создалось новое нижегородское ополчение, освободившее Родину и умиротворившее ее. Но патриарх Ермоген не дожил до этого светлого и радостного дня. «Он сиял в темной келлии, как лучезарное светило своего отечества, готовое угаснуть, но уже воспламенив в нем жизнь и ревность к великому делу». Верным сынам отчизны, шедшим на ее избавление, святой Ермоген сопутствовал из своего заточения молитвою. Как благовонный фимиам, из глухого подземелья неслась эта молитва богомольца-патриарха к Престолу Божию; об одном он просил Господа, Его Пречистую Матерь и великих русских чудотворцев — да отнесет Милосердный Судия карающую десницу Свою от прогневавшей Его Русской земли и не попустит ей и вере православной погибнуть в конец от врагов. При этом слезы, как «речные быстрины», текли по ланитам «светолепного старца».

Когда слух о движении нижегородцев достиг Москвы, бояре — польские доброхоты — потребовали, чтобы патриарх послал в Нижний грамоты с запрещением ратным людям идти под Москву.

Он же, великий государь-исповедник, сказал им: «Да будут благословенны те, которые идут на очищение Московского государства, а вы, окаянные московские изменники, будьте прокляты».

После этого «злые и немилостивые приставники изменничьи начали морить» великого узника голодом. Они «бросали в темницу страдальцу Христову нечеловеческую пищу: на неделю сноп овса и мало воды». 17 февраля 1612 года святой Ермоген окончил свою страдальческую жизнь: он предал честную душу в руки Божии и был погребен в Москве, в монастыре Чуда Архистратига Михаила.

По распоряжению святого Ермогена из Казани в подмосковные полки была принесена икона Казанской Божией Матери. Осеняемые ее благодатным заступлением, ополченцы 22 октября 1612 года взяли Китай-город, а 26 октября сдался и Кремль. С радостью и благодарностью ко Господу вошли русские люди в очищенную от иноземцев национальную твердыню. Одно лишь омрачало светлую радость — кончина патриарха. Когда освободители вошли в Успенский собор, то первая мысль их была о почившем первосвятителе. Дом Пречистой Богородицы как бы говорил им: «Отнялась моя красота, раздралась моя завеса, затворились уста от еретического хуления, померкла доброта. Дикий вепрь схватил пастыря моих овец, тлетворные звери осквернили плод моих уст. Многими скорбями удалил от меня моего словословника и моих людей учителя, затворили его в темном гробе и устав положили его молчанию».

Князь Хворостинин, приближенный к патриарху Ермогену, придя в Чудов монастырь, спрашивал немногочисленную оставшуюся в обители братию: «Где положили пострадавшего от еретиков за Христа учителя нашего? Где воин и заступник веры нашей?» Когда князю показали могилу первосвятителя, он «плакася зело у гроба патриарха».

Современники, пережившие мученическую кончину патриарха Ермогена, почитали его как «нового исповедника» и страдальца за веру и отечество. С таким же благоговейным уважением относилась к имени святого Ермогена и память последующих поколений русского народа. При царе Михаиле Феодоровиче, которого желал видеть на Российском престоле патриарх Ермоген, великого святителя именовали «мужем праведным и ревностным по Святом и Животворящем Духе и поборником православной христианской веры».

Как видно из Устава Успенского собора 1634 года, здесь особо чтилась память патриарха Ермогена. По патриархе, как по «новом исповеднике», после Фоминой недели совершалась «безпереводно», «по вся годы» «всем собором панихида большая и вечная память большая», а после панихиды в палатах государя для патриарха, освященного собора и властей была поминовенная трапеза. Восхваляя митрополита Новгородского Никона за самоотверженное усмирение бунта в Новгороде в 1650 году, царь Алексий Михайлович между прочим пишет Никону: «Ты, богомолец наш, исполнял Господню заповедь… ревнуя прежнему святителю и хвалы достойному новому исповеднику, Ермогену патриарху». Ими патриарха Ермогена встречаем и в древних списках святых или в списках тех усопших, которые хотя не чтились как святые, но признавались таковыми.

Спустя 40 лет после мученической кончины патриарха Ермогена, в феврале 1652 года, «повелением великого государя царя Алексия Михайловича принесоша честныя и многострадальныя мощи новаго исповедника Ермогена патриарха из Чудова монастыря в соборную церковь Успения Пресвятыя Богородицы». Когда раскрыли могилу патриарха, то в распавшемся гробе останки первосвятителя оказались «целы, нетленны и благоухание испущающи». Их переложили в новый гроб, который поставили под каменным надгробьем, сверх пола Успенского собора, подле медного шатра Ризы Господней, в юго-западном углу храма. В 1812 году мощи патриарха Ермогена были выброшены французами из гробницы на пол собора, где их и нашли по уходе неприятеля сияющими нетлением. Во время приготовления к коронации императора Александра III, при реставрировании Успенского собора, со стены сорвался камень и пробил надгробие и самый гроб патриарха Ермогена, в котором мощи святителя оказались в состоянии нетления.

Так в течение трех столетий из поколения в поколение передавалась память о патриархе Ермогене как святителе-мученике и росла народная вера в него как печаловника и молитвенника за землю Русскую у Престола Вседержителя. В тяжкие годы отеческих бедствий молитвенная мысль народа обращалась к памяти героя-патриарха. Шли русские люди к его гробнице и со своими личными скорбями, в недугах и болезнях благоговейно призывали на помощь святого Ермогена, веруя в него как в теплого молитвенника и предстателя пред Господом. И Милосердный Господь не посрамил этой веры. У гроба святителя Ермогена по его молитвенному предстательству совершились и совершаются обильные чудотворения. В слове, произнесенном в Московском Успенском соборе 11 мая 1913 года во время последней заупокойной литургии по Святейшем Патриархе Ермогене, проповедник утверждает: «Если бы я захотел здесь только перечислить все известные нам и строго проверенные случаи чудесных исцелений по молитвам святителя, то и для этого не достало бы времени повествующу.

А потому, — говорил он, обращаясь к слушателям, — сообщу только два-три наиболее поразительных факта, и вы несомненно убедитесь, что здесь нет места случаю, что нельзя объяснить чудесных исцелений простым естественным путем, что приходится с изумлением и страхом признать чудодейственность благодати Божией, изливающейся по молитвам Ермогена на страждущие и верою пламенеющие души народные».

Вот жена некая (московская мещанка Елена Жалуболина), страдающая в течение многих месяцев болезнью ног настолько, что и двигаться без посторонней помощи не может, с большим трудом вводится родными в Успенский собор, слезно молится за панихидой у гробницы патриарха Ермогена и тотчас же получает возможность ходить без посторонней помощи и со слезами благодарит Господа за свое чудесное исцеление.

Вот шестнадцатилетняя девица (Елена Кашаева), дочь состоятельных родителей, лечится от мучительного хронического насморка и соединенной с ним постоянной головной боли у всех известных врачей Москвы и Петрограда; четыре раза ей делают операции, а облегчения все нет и нет. 23 марта 1911 г. привозит наконец больную девушку ее верующая мать в Успенский собор, просит отслужить панихиду у гробницы святого Ермогена, берет из лампады, горящей над этой гробницей, святого масла, дома на ночь намазывает этим маслом больной нос (дочери), и наутро 24 марта девушка делается совершенно здоровой.

А вот и еще более поразительный случай чудесного исцеления по молитвам угодники Божия некой жены (А. М. Гаух), бывшей уже прямо на краю могилы. В апреле 1911 года она заболевает воспалением сердечной оболочки и расширением аорты и помещается родными в частную лечебницу (Цандеровскую на Петровке, в Москве), где и пользуется прекрасным уходом и постоянной помощью врачей (доктора Мамонтова и др.). Но и при таких условиях болезнь все прогрессирует: сердечные припадки все учащаются и больная впадает в беспамятство. В конце второй недели после помещения в лечебницу положение больной настолько ухудшилось, что доктора признали его безнадежным: у больной посинели ноги, дыхание стало прерывистым и началась уже предсмертная агония. По желанию близких был приглашен приходской священник для прочтения «отходной» над умирающей. Как только священник начал читать положенные молитвы, больная вдруг приподнялась и сложила руки, как бы под благословение. Окружающие были страшно изумлены и почувствовали, что происходит что-то таинственное. И вот что поведала им пришедшая в себя больная: «Я увидела приближающегося старца, в котором узнала святого патриарха Ермогена, перед гробницей которого часто и усердно молилась я, бывая в Успенском соборе. Подойдя ко мне, святитель сказал: «Молись великому святителю Православия — Святейшему Патриарху Ермогену, ты исцелена и спасена Господом Богом» — и трижды благословил меня».