По прибытии в Переяславль преподобный из Горицкой обители каждодневно ходил к скудельницам утром, в полдень и после вечерни, чтобы выбрать поудобнее место для построения храма. Божедомье находилось не вдали от селений, было удобно для распашки, но никто никогда не пахал и не сеял на нем. Место одичало, поросло можжевельником и ягодичьем: Промысл Божий, видимо, хранил его от мирских рук для водворения иноков и для прославления имени Божия, о чем так старался преподобный Даниил.

Раз, когда отшельник удалился на божедомье, он увидал женщину, которая бродила по можжевельнику и горько плакала. Желая подать скорбящей слово утешения, подвижник подошел к ней. Женщина спросила, как его имя. «Грешный Даниил, — ответил он со своим обычным смирением».

«Вижу, — сказала ему незнакомка, — что ты раб Божий; не посетуй, если я открою тебе одно изумительное явление. Мой дом на посаде этого города (то есть Переяславля) не вдалеке от скудельниц. По ночам мы занимаемся рукоделием, чтобы зарабатывать на пропитание и одежду. Не один раз, выглядывая из окна на это место, я видела на нем ночью необычайное сияние и как бы ряд горящих свеч. Глубокое раздумье напало на меня, и я не могу отделаться от мысли, что этим видением умершие родные наводят на меня страх и требуют поминовенья по себе. У меня в скудельницах похоронены отец и мать, дети и родственники, и я не знаю, что мне делать. Я охотно стала бы совершать поминки по ним, но на божедомье нет церкви и негде заказать канун по усопшим. В тебе, отче, я вижу посланника Божия: Господа ради, устрой поминовение моих родных на этом месте по твоему разумению».

Женщина вынула из-за пазухи платок, в котором было завернуто сто серебряных монет, и отдала деньги старцу, чтобы он поставил крест или икону в скудельнице или устроил что либо другое по своему желанию. Подвижник понял, что Божиим Промыслом начинается дело, о котором он так долго и так много думал, и воздал хвалу Господу.

В другой раз старец встретил на божедомье грустного и озабоченного человека, который сказал, что он рыболов. «По виду твоему, — обратился он к Даниилу, — я вижу, что ты истинный раб Божий, и хочу объяснить тебе, почему я скитаюсь в этих местах. Вставая до рассвета, мы имеем обычай отправляться на рыбную ловлю: и не один раз я видел с озера, как на божедомье блистал непонятный свет. Думаю, что это мои родители и родственники, погребенные в скудельницах, требуют помину по душам своим. А мне никогда не приходилось до сих пор поминать их частью по бедности, частью же потому, что на божедомье не построено церкви. Прошу тебя, отче, поминай родителей моих и молись за них на этом месте, чтобы душа моя успокоилась, и не тревожило меня больше это видение». Окончив речь, рыболов вручил Даниилу сто серебряных монет, который подвижник принял, как дар Божий, на святое дело построения церкви.

В третий раз старец, ходя по божедомью, встретил около можжевельника поселянина, который приблизился к Даниилу и сказал: «Благослови меня, отче, назови свое имя и открой, зачем ты здесь ходишь?» Старец объявил свое имя и заметил, что ходит здесь, прогоняя уныние. Поселянин продолжал: «По твоему виду и словам я догадываюсь, что ты человек набожный и, если прикажешь, я расскажу тебе об одном деле».

«Говори, раб Божий, — ответил Даниил, — чтобы и нам получить пользу от твоих слов».

«Отче, — сказал поселянин, — нам всегда приходится ездить в Переяславль на торг с разными плодами и скотом около этого места, и мы спешим попасть в город пораньше, задолго до рассвета. Не один раз я видел на божедомье необычайный свет, слыхал шум точно от какого-то пения, и ужас напал на меня при проезде этими местами. Вспоминая, что многие из наших родных покоятся в скудельницах, я думал: наверно, это они требуют поминовения. Но не знаю, что делать: на этом пустынном месте нет ни церкви, ни живых людей. Отче, помолись обо мне, чтобы Господь избавил меня от страшного видения, и поминай родителей наших на этом месте, как Бог умудрит тебя».

С этими словами поселянин также передал старцу сто серебряных монет. Даниил со слезами на глазах воздал хвалу Господу Богу, что Он через трех людей послал ему триста сребреников, и приступил к построению церкви над скудельницами.

Прежде всего надо было решить, во имя кого строить храм. Многие по этому поводу давали свои советы, но более других пришлась по душе Даниилу мысль Горицкого священника Трифона (позднее постриженного в монахи с именем Тихона); он сказал подвижнику: «Следует на божедомье поставить церковь во имя Всех святых, от века Богу угодивших, так как ты хочешь творить память о душах весьма многих людей, которые упокоены в скудельницах; если среди усопших окажутся угодники Божии, то и они причтутся к сонму всех святых и будут заступниками и покровителями храма Божия».

Подвижник, не любивший доверяться одному своему разумению, охотно последовал благому совету Трифона и прибавил от себя: «Да и тот безвестный странник, который мне говорил: «дядюшка», если он воистину угодник Божий, со всеми святыми будет призываться в молитвах. А он ведь главный виновник того, что я стал размышлять о построении церкви: с тех пор, как я положил его в скудельнице, необыкновенно разгорелось во мне желание создать храм на божедомье». Преподобный решил построить всего одну церковь над скудельницами и призвать к ней белого священника с пономарем.

Отправившись на реку Трубеж (где стояло много плотов), чтобы приобрести бревна для церкви, Даниил встретился с престарелым купцом Феодором, который был переселен из Новгорода в Переяславль при великом князе Иоанне III в 1488 году. Приняв благословение от подвижника, купец спросил: «Для какой надобности, отче, ты покупаешь эти бревна?» — «Имею в виду, если угодно будет Господу, воздвигнуть на Божедомном месте церковь». — «Там будет монастырь?» — «Нет, будет одна церковка и при ней белый священник с пономарем». — «Следует на том месте быть монастырю; да и меня, отче, благослови купить бревенец, чтобы поставить себе на божедомье келлийку, там постричься в монашество и провести остаток дней своих».

Феодор, действительно, был потом пострижен с именем Феодосия и с усердием нес все тяготы иноческой жизни. И многие другие горожане и поселяне, купцы, ремесленники и земледельцы понастроили себе, по примеру Феодора, келлий и, с благословения Даниила, приняли пострижение. Так, помощью Божией, над скудельницами возник целый монастырь в лето от Рождества Христова 1508-е. Когда церковь во имя Всех святых была окончена, на освящение ее (15 июля) из города Переяславля и окрестных сел сошлось множество священников и всякого мирского люда со свечами, ладаном и милостынею, и была великая радость, что на опустелом месте устрояется святая обитель. Вместе с храмом во имя Всех святых поставлена была трапеза с церковью во имя Похвалы Пресвятой Богородицы. Даниил избрал игумена, призвал двух священников, диакона, пономаря и просфорника, и началось каждодневное совершение Божественной литургии. Заботами подвижника церкви украсились святыми иконами чудного письма; на монастырских вратах также были поставлены иконы хорошей работы; приобретены были книги и другая богослужебная утварь. У каждой скудельницы Даниил поставил высокие кресты и у подножия их часто стали совершаться панихиды всею служащею братиею обители. Когда от долгих лет изветшала клеть над скудельницами, где полагали усопших до их предания земле и где находили приют люди бездомные, — оказалось, что нет денег на построение новой. Преподобный обратился к упомянутому священнику Трифону: «У тебя есть клеть для жита, уступи ее мне». Трифон, думая, что подвижник хочет ссыпать хлеб, уступил клеть Даниилу, а старец поставил ее над скудельницей вместо старой. Немало дивился Трифон бескорыстию преподобного и его безграничной заботливости о упокоении странников и погребении умерших.

Преподобный, живя в Горицкой обители, всякий день ходил в монастырь, им устроенный: посещал игумена и братию и поучал их свято хранить монастырский чин и украшать себя добродетелями. Подавая добрый пример новосозванным инокам, Даниил строил для братии келлии своими руками и распахивал небольшое поле по соседству с монастырем. Без сел и имений пребывали эти иноки, снискивая себе пропитание рукодельем, какое кто знал, да принимая милостыню от христолюбцев. Но находились жестокие люди, которые были не прочь покорыстоваться от обители и поживиться на счет ее трудов. Недалеко от устрояемого Даниилом монастыря было село Воргуша, которым владели немецкий выходец Иоанн с женой Наталией. Наталия, женщина свирепая и бесстыдная, вместе с Григорием Изъединовым, почувствовали сильную вражду к преподобному и стали укорять его: «На нашей земле, — говорили они, — поставил монастырь и распахивает поле и хочет захватить наши земли и села, которые близко подходят к монастырю».