Когда Даниил в сане архимандрита явился к Горицкой братии, его приняли с необыкновенною радостью, как Ангела Божия. Войдя в церковь и совершив молебен, преподобный обратился к присутствующим: «Господа мои, отцы и братия, по благодати Божией и вашему хотению я, худейший и грешнейший из всех людей, стал вашим наставником; если угодно вашей любви, предложу вам поучение».

Братия поклонились начальнику, изъявили готовность его слушать и повиноваться ему. Преподобный продолжал: «Если так хотите делать, будете истинными слугами Божиими и наследуете жизнь вечную. Вы знаете, господа мои, сколько лет странствия моего на земле вы берегли меня в этой обители и никогда ничем не огорчили меня, но во всем имели со мной согласие, хотя я и не был вашим начальником. Теперь же молю вас и советую вам: перемените ваш старый обычай, с которым вы сжились, так как при нем нельзя быть в обители чину и уставу».

Братия, как один человек, спросили: «Что прикажешь, отче, нам делать?» Даниил ответил: «Знаю, что вы привыкли выходить из монастыря без благословения настоятеля на рынки и в дома мирян; там вы пируете, проводите ночи, а иногда и многие дни, и не надолго приходите в монастырь. И вы, братие, без нашего благословения из монастыря никогда не выходите, ни по какой надобности, в мирских домах не ночуйте; пьянства уклоняйтесь, в церковь являйтесь к началу всякой службы. Есть у вас при каждой келлии баня, а инокам не следует бесстыдно обнажаться и мыться и творить угодное плоти; немедленно разорите бани и живите по-монашески. Я заметил среди вас: когда бывают праздники или совершаются поминки по родным или справляются именины, вы сзываете в свои келлии родственников и друзей, с женами и детьми. У вас в келлиях ночуют мужчины и женщины с грудными детьми и гостят без выходу многие дни. Молю вас, братие, чтобы подобное бесчинство было оставлено: пиров у себя в келлиях не устраивайте: женщин не только не оставляйте у себя на ночлег, но и совсем не допускайте в келлии, хотя бы они были и близкими родственницами. Келлии у вас большие, с высокими подъемами и лестницами, как у вельмож и начальников, а не как у монастырских насельников; и вы, братие, перестройте свои келлии сообразно иноческому смирению».

Братия обещались исполнить требования преподобного: хотя им и трудно было расстаться с старинным русским обычаем, однако решили разорить бани; как не тяжело казалось удалить от себя родных и друзей и прекратить пиры, однако послушались подвижника и в этом; напрасным и невозможным представлялось им перестраивать келлии, но не могли перечить наставнику. Некоторые из братии, впрочем, тайком говорили друг другу: «Сами мы навлекли на себя все это; мы хотели, чтобы Даниил был у нас архимандритом, а не знали, что он разорит наши обычаи и положит конец своеволию. Он прекрасно знает наши нестроения и, с Божьей помощью, не попустит, чтобы продолжалось бесчиние».

Один из братии, Антоний Суровец, более других восставал на Даниила и с яростью говорил: «Разлучил ты нас с миром; теперь и я избавлюсь от падения своего», — и при всех исповедал тяжкий грех свой.

Преподобный кротко и любовно укоры и гнев Антония обратил в урок для остальной братии: «Его покаянию следует и нам подражать, так как сей брат не устыдился греха своего, но перед всеми вами исповедался».

Антоний поражен был речами преподобного, пришел в чувство и всю остальную жизнь провел в воздержании, постоянно прибегая к советам и молитвам Даниила. Подвижник стал своими руками перестраивать келлии, украшать церкви, искоренять в обители всякое бесчиние; он образумливал братию и наставлял на путь истины не силою, но кротостью и духовною любовью, всем подавая пример чистой жизни и глубокого смирения.

Один из московских вельмож пришел в обитель и увидал Даниила, который, подобно простому рабочему, копал яму для монастырской ограды. Боярин спросил Даниила, дома ли архимандрит? Даниил ответил: «Ступай в монастырь и там найдешь достойный прием и отдохновение, а архимандрит — человек непотребный и грешный».

Вельможа подивился укорам против архимандрита и пошел в обитель. Даниил же явился ранее его, встретив пришельца, по достоинству принял его и угостил, а затем отпустил со словами назидания. Немало был поражен гость трудолюбием и смиренномудрием подвижника и пошел домой, благодаря Бога, что не бедна Русская земля людьми, великими духом.

Но начальство и власть тяготили преподобного Даниила: не прошло и года с принятия им архимандритства, как он оставил настоятельство и пожелал вести безмолвную жизнь в том же Горицком монастыре. Братия тужили об этом отречении и усилено просили подвижника снова принять под начало, но все моления иноков оказались напрасными. Вместо Даниила стал архимандритом на Горицах священноинок Иона из Богоявленского монастыря в Москве за торгом (на нынешней Никольской улице). Новый архимандрит очень чтил преподобного, охранял его от всяких беспокойств, почасту беседовал с ним и пользовался его советами. А Даниил часто посещал созданный им монастырь, всячески заботился о нем и трудился не покладая рук, чтобы между братией царили мир и согласие.

Многие из вельмож приходили к преподобному и наслаждались его беседами о пользе душевной, а также священники, монахи и люди простые. Посетители приносили в обитель богатую милостыню, а некоторые сами становились иноками и отказывали монастырю свои имущества. Как-то в Переяславль прибыл великий князь Василий и своими глазами увидал труды старца для прославления имени Божия: благочиние священноиноков, благолепие церквей, добрые порядки монастыря, простоту и кротость иноков. Царственный гость остался очень доволен строем обители, проникся большим почтением к преподобному; из любви к нему, великий князь уделил монастырю щедрую милостыню, приказав ежегодно отпускать в него хлеб из царских житниц. От приношения христолюбцев обитель стала крепнуть: хотя она и не была богатою, но не терпела и прежних недостатков. Явилась даже возможность с благословения митрополита всея Руси Варлаама (между 1511 и 1521 гг.) воздвигнуть новую благолепную церковь, а старую перевести в Горицкий монастырь на место сгоревшей. Кроме того, был сооружен новый храм, по виду очень большой, с двумя кровлями: расширен монастырь и понастроены благообразные келлии. В деле устроения преподобному много помогал его ученик Герасим, родом Переяславец, промыслом сапожник. Когда подвижник жил в Горицкой обители, Герасим был с ним в одной келлии его послушником, затем обошел много монастырей и хотел постричься в каком-нибудь из них, но ему посоветовали принять постриг от Даниила. Герасим пришел к преподобному, постригся у него, обучился грамоте и был очень полезным помощником ему во всякого рода делах и посылках, так что про него знал даже великий князь Василий. Этот Герасим († 1554; память 1/14 мая) позднее основал большой монастырь в 20-ти верстах от Дорогобужа (нынешней Смоленской губернии) в Болдине и несколько малых в теперешней Орловской губернии и той же Смоленской.

Брат великого князя Василия Димитрий Иоаннович Углицкий на пути из Углича в Москву и обратно всегда заезжал в Данилов монастырь, любил вести душеполезные беседы с преподобным и часто давал его монастырю милостыню. Благодаря старца за его труды во славу Божию, князь говаривал: «Всякое дело начинается людьми, а приводится к концу Богом. Сколько раз я проезжал по этому месту и всегда видел его пустым и заброшенным всеми, теперь в самое короткое время какой оно наполнилось красотой и благодатью!»

Князь Димитрий возымел сильную привязанность к монастырю и стал искать поводов как можно чаще встречаться с преподобным, так что Даниил много раз пешком приходил в Углич. Любовь князя к новой обители сказалась в том, что он упросил брата дать ей за упокой своей души целое село Будовское.

Великий князь во второй раз навестил преподобного в его монастыре, осматривал новые церкви, радовался увеличению братии и приказал выдать двойную милостыню и вспоможение хлебом. После того, как Даниил прожил в Горицком монастыре около 30 лет, великий князь в третий раз прибыл в Переяславль. Стоя за вечерней в Горицах, самодержец услышал, что на ектениях поминают настоятеля Иова, и сказал преподобному: «С этой поры иди на житие в свой монастырь и вели поминать на ектениях себя; устрой в обители общежитие, а о том, что для него нужно, не печалься: я позабочусь об этом».