Преподобный не оскорбился, слыша эти укоризны, но еще сильнее убеждал Нила не отчаиваться, верить в бессмертие души. Нил слабо поддавался утешению, сердился на старца и плакал. Тогда преподобный велел одному из пришедших в монастырь увещевать страдальца, и этот сказал Нилу: «Зачем ты ропщешь на отца? Он говорит сущую правду, что живущие здесь богоугодно не увидят смерти. Душа человека праведного разлучается с телом и переселяется в вечную жизнь со святыми, которую уготовал Бог любящим Его (1 Кор. 11, 9)».

Под влиянием этих слов Нил задумался, упал к ногам преподобного и с рыданием воскликнул: «Прости Христа ради, я сильно грешил пред тобой и спорил по неведению; теперь я вполне понял, что угодившие Богу не умирают. Не поднимусь от твоих ног пока не простишь меня совершенно».

Преподобный Даниил утешал скорбящего, а Нил до конца дней своих сохранил ясность душевную и умиление.

Один из монахов, живших в Даниловом монастыре, отпускал жито для приготовления братского кваса, кроме обычной доли в две осмины, без разрешения настоятеля прибавил третью, чтобы питье было лучше. Но квас оказался прогорклым и похожим на уксус. Даниил сделал выговор брату и приказал изготовить новый квас. Когда стали разводить сусло и влили обычное количество воды, подвижник велел принести еще воды, и так носили воду до тех пор, пока не осталось ее в колодце. Даниил приказал носить воду из горного пруда и ею наполнили всю монастырскую посуду. Братия дивились и говорили: «Что это будет, и какой-то получиться квас при таком обилии воды?»

Преподобный же помолился Богу и благословил квас: и его молитвами множество воды превратилось в квас сладкий, с приятным запахом и видом. И все с удовольствием вкушали напиток, который не старел, но казался пьющим его неизменно новым. То же случалось и с пищей: самые простые кушанья через благословение Даниилово представлялись сладкими и полезными; а больные, с верою пившие братский квас, выздоравливали.

Как-то обходил преподобный с братией обитель и увидел у ограды монастырской трех, никому не ведомых калек, очень больных. Даниил сказал одному из монахов: «Возьми этих трех мужчин в свою келлию и позаботься о них; Господь послал их для нашей пользы».

Их взяли в монастырь и упокоили. И многие из горожан и поселян, зная Даниилово нищелюбие, приносили к его обители болящих, которые совсем не владели собой или были еле живы от укусов зверей. Таких недужных их родные подбрасывали в обитель тайно, не имея сил кормить их и ходить за ними.

Преподобный с радостью принимал страдальцев в монастырь, заботился о них, покоил и врачевал их, утешал душеполезными словами и снабжал пищей и одеждой. Некоторые из них, выздоровев, возвращались домой к родным, другие жили в обители, а иные и умирали в ней.

Однажды преподобный в простых санях направлялся к Москве с старым монахом Мисаилом (Шуленовым): подвижник усаживал его в санях, как господина, а сам шел пешком; так делал он и с другими братьями, когда они были его спутниками. Только сильно устав, Даниил присаживался на краешек саней, но, отдохнув, опять шел пешком. Настала снежная буря и продолжалась день и ночь: только с трудом можно было выйти из избы, а в дальнюю дорогу не смел идти никто. Порывом бури преподобного выбросило из саней, а Мисаила свалило в овраг. Престарелый монах не знал дороги, да и нельзя было видеть ни зги от необыкновенной вьюги; он загоревал, не видя преподобного и не будучи в силах двинуться с места. Весь день и ночь Мисаил творил молитву, призывая на помощь Богоматерь, всех святых и преподобного Даниила, и ежеминутно ожидая смерти. Утром буря стихла, наугад Мисаил стал отыскивать путь и добрел до села Сваткова, куда другой дорогой прибыл немного ранее и преподобный с величайшим трудом. Старцы воздали благодарение Господу, что избавились от смерти, и все, видя их, дивились и славили Бога.

Некогда знакомый преподобному переяславский священник шел из Москвы в свой город, и с ним было двое сослуживцев, ростовский игумен и миряне. На путников внезапно напали разбойники из шайки Симона Воронова. Священник, знакомый преподобному, был схвачен первым, и один из грабителей крепко держал его. Чувствуя беду, служитель Божий осенил себя крестным знамением и стал совершать тайную молитву: «Господи, Иисусе Христе, Боже мой, силою Честнаго и Животворящего Креста Твоего и молитв ради отца моего, преподобного старца Даниила, избави мя от разбойников сих».

В тот же миг грабитель оставил священника и бросился обирать других, а освободившийся пустился бежать.

Другой разбойник из той же шайки догнал священника и уже занес обнаженную саблю, чтобы убить его, но Божией помощью и молитвами преподобного оставил свое намерение, и священник избежал явной смерти; не погибли и его спутники, а только были ограблены, между тем как других разбойники грабили и избивали.

Когда ограбленные достигли Переяславля, названный священник пришел в монастырь к Даниилу и подробно рассказал ему о нападении. Подвижник вместе со спасенным прославили Бога и решили до времени молчать о происшествии с разбойниками. Тому же священнику некогда преподобный сказал: «В настоящую пору христолюбивый самодержец совершает избрание нового духовника вместо прежнего. Ты ж хоть и не желаешь, будешь там в свое время».

И это действительно произошло на десятом году по смерти преподобного.