В 1530 году исполнилось заветное желание великого князя Василия, которое, два года раньше, побудило его путешествовать по святым местам — у него 25 августа родился сын Иоанн. К преподобному Даниилу прибыл посол из Москвы с грамотой, которая указывала ему, как можно скорей, явиться к Москве. Преподобный, забыв свою старость (ему было около 70 лет) и оставив труды по обители, не медля отправился в путь и скоро прибыл к самодержцу. Был призван и другой знаменитый в то время подвижник Кассиан Босой, ученик преподобного Иосифа Волоцкого. Великий князь со слезами умиления сказал старцам, что их святыми молитвами, помощью Господа и Пречистой Богоматери, послана ему на старости лет светлая радость — иметь сына и наследника царству. Вместе с тем самодержец просил подвижников быть восприемниками новорожденного от купели и ограждать его своими богоприятными молитвами.

Святые старцы, по обычному смирению, сначала отказывались быть крестными отцами царского сына, но потом уступили желанию и просьбам великого князя Василия. Царь со всеми ближними боярами отправился в славную обитель преподобного Сергия и здесь в церкви Живоначальной Троицы, у богоносных мощей чудотворца игумен монастыря Иоасаф (Скрипицын, с 1539 года митрополит всея Руси) 4 сентября совершил крещение младенца. От святой купели приняли новокрещеного праведные старцы Даниил и Кассиан; дитя приложили к раке преподобного Сергия, чтобы поручить его защите и покрову святого угодника. На Божественной литургии новокрещеного носил преподобный Даниил.

Когда окончились торжества крещения и помазания святым миром, преподобный Даниил отправился в свою обитель и обратился к прежним подвигам: он считал себя самым последним из людей, носил худые одежды, был первым на всякой монастырской работе, кротко и любовно беседовал со всеми, особенно же с убогими. Кое-кто из любопытных пришли посмотреть, как будет вести себя теперь царский кум, и нашли, что он заступом и лопатой вычищает сор из хлева, где кормились лошади у яслей и спрашивает, почему этого не сделали работники. И все дивились кротости и простоте старца, а также и его беспримерному трудолюбию.

Преподобный был позван великим князем Василием в кумовья и во второй раз, через три года, когда у него родился другой сын Георгий. И опять люди мира пришли посмотреть на старца, которому на долю выпала такая честь, но они увидали, что подвижник своими руками строит братские келлии и отхожие места.

Раз пришлось преподобному вместе с иноками Иларионом и Матфеем путешествовать в Великий Новгород, чтобы купить иконы для новопоставленной церкви. Путешествие было, когда в Новгороде архиепископствовал владыка Макарий, то есть между 1526 и 1542 гг. В одном селе Калязинского монастыря (нынешней Тверской губернии) к монахам присоединились городские купцы: на всех их сделал нападение известный тогда разбойник Симон Воронов со своей шайкой. Похватав купцов и подпаливая их на огне, разбойники требовали у них денег, спрашивали и о Данииле, где он, рассчитывая ограбить и преподобного. Подвижник был в другой избе и творил молитву; сколько не зажигали душегубцы пуков с лучиной, лучина всегда гасла, словно подмоченная водой, и они не могли отыскать святого старца, так как его хранила небесная сила. Иларион сидел в углу в той же избе, где истязали купцов, но молитвами преподобного и он остался незамеченным грабителями. А Матфей стоял возле угла той же избы: разбойники искали его, рыскали и стреляли около него, но не могли его увидеть. Захватив коней и часть монашеского скарба, грабители бросились бежать, как будто на них сделало нападение невидимое воинство. Долго спустя грабители были пойманы и толковали между собой: «Везде перед нами молитвы Даниловы расставлены как сети: и страх постоянно загоняет нас туда, а теперь мы и совсем в них запутались». Московские судии дали знать преподобному, чтобы он прислал кого-нибудь опознать свой скарб и коней и взять их. Но подвижник отказывался, говоря: «Бог Своею благодатью укрыл нас от разбойничьих рук, не буду брать от них своего имущества; Господь отомстил им за нас, и нам больше нечего делать».

В царствование Иоанна Грозного градоправитель города Смоленска боярин Иоанн Семенович Воронцов впал в тяжкую болезнь. Находясь при смерти и не зная к кому обратиться за помощью, Воронцов вспомнил о любви к нему старца Даниила и говорил в душе: «Отче Данииле! Ты всегда приносил нам много добра спасительными советами и поучениями, а твоими молитвами мы избавились не от одной скорби. Спаси мя и в этот раз от болезни своим заступлением: верую, что ты имеешь дерзновение перед Богом, чтобы облегчить мою боль».

Тотчас больной впал в забытье и видит, что около него сидит преподобный Даниил и врачует его. Пришедши в себя, Воронцов почувствовал себя здоровым, а его родственники и друзья были изумлены тем, что болезнь оставила его. Впоследствии боярин сам явился к преподобному, вручил ему милостыню на монастырь и объявил, что вернулся к жизни святыми молитвами подвижника.

В шестое лето правления Иоанна Грозного (в начале 1539 г.) преподобный Даниил почувствовал, что слабеет от старости и не в далеком времени должен покинуть эту жизнь. Созвав насельников своей обители, подвижник сказал им: «Возлюбленные о Христе отцы и братия! Бог собрал нас на этом месте для прославления святого имени Своего, Пречистой Богоматери и всех святых; вы обещались здесь работать Господу до конца дней, ради спасения душ своих, и меня приняли в общение с собой. Вы видите теперь, что дряхлею и прежние силы покидают меня: я не могу уже больше быть старейшиною над вами. Кого же вы хотите избрать наставником вместо меня?»

Скорбные иноки хранили молчание и, хотя некоторые желали видеть настоятелем Кирилла, но не решались заявить об этом (после Кирилл все же стал архимандритом и правил обителью с 1542 по 1572 гг.). Подвижник решил известить и великого князя о необходимости назначить себе преемника, для чего и отправился в Москву. Царь с митрополитом Иоасафом были в Троице-Сергиевой лавре, и игумен этой обители Порфирий посоветовал избрать настоятелем в Данилов монастырь постриженика преподобного Илариона, который жительствовал на Белоозере, а в то время пребывал в Порьеве пустыни. По повелению царя и благословению митрополита Иларион и был поставлен архимандритом Даниловой обители. Тогда же Иоанн IV дал ей село Троицкое и Воргушу, а сродники Григория Изьединова приложили луг, где ныне находится монастырская слободка. Так началось в Даниловой обители архимандритство.

В октябре 1539 года по настоянию преподобного Даниила свидетельствованы были мощи святого князя Андрея Смоленского, почивавшие при Никольской церкви городя Переяславля. Преподобный Даниил часто рассказывал душеполезные повести братии и мирянам, приходившим к нему ради назидания. Вот одна из них. Некий муж в городе Переяславле имел обычай сумерками ходить по церквам и молиться с поклонами. Как-то вечером пришлось ему быть у запертой церкви пророка Илии, на берегу реки Трубежа в Рыбной слободе. Когда он молился и клал поклоны, увидел человека, который направлялся к тому же храму. Пришедший раньше тайком скрылся за углом церкви, чтобы не быть заметным. Явившийся после с умилением молился и часто клал поклоны, вдруг церковные двери отворились какой-то невидимой силой; путник прошел в церковь для дальнейшей молитвы, и тотчас все свечи сами собой зажглись. Помолившись довольно, посетитель вышел из храма, свечи сами собой погасли, и двери затворились на замок. Таинственный богомолец подошел к реке Трубежу. Муж, ранее явившийся к церкви, подивился столь чудному делу, тайком последовал за богомольцем и видит, что он спустился на реку и перешел на другую сторону по воде, как по суше. Смотревший на таинственного путника нашел у берега плот с шестом и перебрался на другую сторону реки. У церкви святого Климента, царя Константина и апостола Филиппа он видел то же самое, что и у церкви пророка Илии, а затем богомолец пошел вверх реки по воде, как посуху. Следивший за ним не мог продолжать сови наблюдения, так как не нашел ни ладьи, ни плота, да и богомолец стал вдруг невидимым. Слушатели подвижника сильно подозревали, что ходивший по водам был никто иной, как сам преподобный Даниил.

Видя себя уже у дверей гроба, святой старец очень желал уйти на место своего пострижения — в Пафнутьев монастырь, но моления братии удержали его. Тогда подвижник решил уйти тайно: уже перебрался в другой свой (малый) монастырь Христова Рождества и пробыл там ночь, чтобы отправиться в дальнейший путь, но его упросили до конца остаться в устроенной им обители. Он вернулся из Рождественского монастыря в городе Переяславле в свой большой монастырь и уже не делал попыток перейти в Пафнутьев Боровский монастырь. Больше и больше предчувствуя наступление смерти, Даниил кротко просил настоятеля своей обители руководить братией по закону Божию и преданиям святых отцов; управлять врученным ему стадом не из славы или своеволия, не в гневе или безрассудной дерзости, но в тишине, беззлобии и духовной любви; поддерживать немощных, пастырски направлять их и угождать не себе, а Богу и братии. Призвав своего ученика Кассиана, подвижник сказал: «Сын мой, возьми из грешных рук моих две эти волосяных одежды, которые я носил на теле моем: одну отдай повару Евстратию, а другую — Иринарху. Вы сами знаете все Евстратиевы добродетели… И другой повар Иринарх подвизается трудолюбно».

Старость все сильнее и сильнее повергала Даниила в изнеможение, и он уже с трудом передвигался. Однажды во время церковной службы он так ослабел, что не имел сил дойти до своей келлии, и сказал братии: «Ведите меня в келлию, ибо я изнемогаю». Архимандрит Иларион позвал инока Иону, и они повели под руки старца. Вышедши из церкви через левые двери и минуя место, где теперь гроб святого, Даниил сказал: «Вот покой мой на веки; здесь и поселюсь, как желал, — и, заливаясь слезами, промолвил братии, — молю вас, братие, здесь погребите тело мое грешное».

Снявши с главы клобук, святой старец передал его иноку Ионе со словами: «Теперь, Иона, исполни желание мое, возьми этот клобук из грешной руки моей и возложи на свою голову». Иона бережно взял подарок и, поклонившись преподобному до земли, произнес: «Благословение твое да будет со мною во веки веков».

Старец ответил: «Аминь». Архимандрит же Иларион заметил преподобному: «Этот клобук ты отдал Ионе, а другого у тебя нет; что ты возложишь на главу свою?» Подвижник ответил на это: «Я уже не буду больше носить клобука, но поскорее ведите меня в келлию и пошлите за моим духовным отцом, пусть облечет меня в великий образ схимничества и возложит куколь на мою голову».