Пришел духовник и совершил над умирающим чин пострижения в схиму. Преподобный обратился тогда к архимандриту Илариону и братии с предсмертным наставлением: «Отцы и братия, богособранное стадо! всеми силами старайтесь хранить и в точности соблюдать Божественные заповеди и предания отцов, о которых Сам Христос сказал: «доколе не прейдет небо и земля, ни одна йота или ни одна черта не прейдет из закона… Поэтому, кто нарушит одну из заповедей сих малейших и научит так людей, тот малейшим наречется в Царстве Небесном; а кто сотворит и научит, тот великим наречется в Царстве Небесном» (Мф. 5, 18–19). Отцы и братия, всегда помните обещание свое, которое вы даете при пострижении, предстоя святому престолу, на вопрос, «хочешь ли терпеть всякую скорбь и бедствия ради Царствия Небесного? Ей, с помощью Божией, честный отче!» А так как мы дали этот обет перед святым престолом, то и должны всячески питать друг к другу любовь, о которой Христос Спаситель наш заповедал: где двое или трое собраны во имя Мое, там Я посреди них (Мф. 18, 20). Нам следует нести на себе немощи слабых, старых братий не раздражать, а скорее угождать им; странников и нищих не оставлять без призора, а всячески оказывать им милость, насыщать и покоить, чтобы их ради приобрести Царство Небесное: так в древности праведный Авраам заботой о нищих достиг райского жилища; бесчинства и пустых бесед избегал, как и апостол Павел, наставляя нас на истину, повелевает удаляться от всякого брата, поступающего бесчинно (2 Фес. 3, 6). Бойтесь пьянства и запоя и не держите в обители хмельного, помня слова апостола Павла: Братия, не упивайтесь вином, от которого бывает распутство (Еф. 5, 18). Молю вас, отцы и братия, постарайтесь всеми силами следовать этой заповеди — не пить вина. Изначала не было пьянства в этой обители, пусть и никогда не будет. Еще умоляю вас, отцы и братия, любите чистоту духа и тела; всегда в мысли своей держите час смертный и помните, что дадите ответ Праведному Судии за всякое дело и слово».

И о многом другом беседовал умирающий подвижник с братией, и передал ей краткое письменное наставление.

Хотя преподобный слабел с каждым днем, однако, когда хоть немного собирал свои силы, старался раньше других явиться к церковной службе и со слезами молился Господу Богу. Иногда угасающие силы вдруг оставляли его и он не мог стоять, садился на своем месте по правую сторону церковного клироса и воссылал непрестанную молитву. Ежеминутно чувствуя, как он недалек от смерти, подвижник говорил братии и мирянам, которые навещали его: «Отцы и братия! Вы видите, что меня одолевают разные болезни и конец жития моего близок. Прошу вас, Господа ради, помните любовь, которую имели ко мне грешному и не забывайте меня, ленивого, в своих молитвах ко Христу Богу нашему, да помилует Он мою душу грешную, да оградит святую обитель сию и живущих в ней, да сохранит их от наветов вражиих и направит на дела, угодные воле Его».

Но смерть все крепче и крепче налагала свою печать на уста подвижника: он уже не говорил, не слыхал голоса братии и только слегка шевелил губами, творя тайную молитву. Так прошло довольно времени. Вдруг преподобный воскликнул радостным голосом настолько ясно, что все окружающие услышали его: «Где трое этих чудных старцев?» Бывшие вблизи братия спросили: «О каких монахах ты спрашиваешь, отец?»

«Перед основанием этой святой обители пустынники посетили меня в Горицах и теперь они пришли ко мне. Разве вы их не видите в этой келлии?»

Братия ответили: «Мы никого не видим, кроме твоих учеников, здесь стоящих».

Святой старец замолк, причастился Животворящих Таин Тела и Крови Господних и с миром предал трудолюбную душу свою в руки Божии. Это случилось 7 апреля 1540 года, в 11-м часу дня, в среду второй седмицы по Пасхе. Жития преподобного было более 80 лет.

Слух о кончине великого подвижника быстро разнесся по окрестностям: и сошлись на погребение его архимандриты, игумены, множество бояр, монахов, белых священников и простого люда из города и сел со свечами и ладаном. Торжественно погребли преподобного Даниила при церкви Святой Троицы, у самой стены, возле святого жертвенника, в монастыре, им устроенном.

В 1652 году, при царе Алексии Михайловиче и патриархе Никоне, последовало открытие мощей преподобного Даниила при таких обстоятельствах.

Боярский сын города Переяславля Залесского Иван Андреевич Дауров, которого родители лишили наследства, ушел из отцовского дома и поселился на житье в Троицком Даниловом монастыре, чтобы приготовить себя к монашескому служению. По повелению настоятеля Иоанн вместе с другими монастырскими рабочими трудился на удаленной от монастыря пустоши Пыжеве. День был жаркий: солнце палило так сильно, что нельзя было продолжать работы, и монастырские трудники старались укрыться в тени дерев. Прилег под деревом Иоанн и уснул. Во сне предстал перед ним благообразный муж в монашеской одежде, и говорит: «Иоанн, Иоанн, встань! Новый исповедник и равноапостольный Филипп, митрополит Московский и всея Руси, не захотел пребывать на Соловецком острове, но пришел на свой престол, в царствующий град Москву. Время и мне явиться: не могу более оставаться в земле, но пусть прославится имя мое, как и блаженного Филиппа».

Иоанн очень испугался и еле мог спросить: «Господин, скажи мне, кто ты и как твое имя?» Явившийся старец ответил: «Я Даниил, игумен Переяславский; встань, иди в обитель Пресвятой Троицы, где мой гроб, и возвести, что ты видишь, настоятелю и братии».

Сказав это, старец стал невидим. Иоанн, поднявшись от сна, не стал задерживаться с рабочими, но немедленно отправился в Троицкий Данилов монастырь, явился к настоятелю архимандриту Тихону и поведал ему о видении. Тихон призвал эконома Никиту и стал совещаться с ним, как устроить свидетельствование мощей. Отдается приказание разыскать чудеса преподобного и с записью их отправиться к царю и патриарху, чтобы они повелели произвести осмотр святых останков подвижника. Благочестивый царь и святейший патриарх, узнав о многих чудесах Даниила, дают эконому Никите грамоту, которой дозволяют осмотреть мощи угодника Божия. Прибыв в монастырь, эконом прочитывает грамоту перед всей братией, установляется на короткое время пост, и затем монастырский собор приходит к Даниилову гробу, над которым был каменный склеп. Пропев «Достойно есть», приступают к осмотру: настоятель, взял лопату, делает знамение креста у головной части гроба и начинает копать; прорыв три ряда (в вышину лопаты), архимандрит передает лопату эконому, который усердно продолжает дело. Отверстие в могиле, словно сделанное руками человека, привело к середине гроба, над которым земля как бы стояла, в высоту с пол-аршина; на верхней крышке гроба, прямо против скважины в земле, оказалось также отверстие, в которое могла пролезть человеческая рука (через это отверстие немного земли попало и в самый гроб). Эконом со свечою в руках начал осматривать через отверстие мощи святого, а за ним и другие: нашли нетленное сокровище и исполнились радости. Начали расчищать место около гроба, чтобы мог сойти к нему и настоятель, который вместе с монахом Иовом клиросным и пекарем из мирян Гавриилом стояли вверху. Вдруг обрушилась земля и засыпала эконома Никиту по шею: архимандрит Тихон стал колом откапывать землю, чтобы освободить эконома, а Иов и Гавриил черпали ее сосудами, и спустя немного времени, отрыли эконома. Теперь оказалось возможным совсем открыть гроб: и нашли мощи преподобного как бы помазанного миром; одежда святого истлела мало; на голове его венец схимный был совсем новым, как будто только что возложен; лице его было обращено направо к церкви Пресвятой Троицы, которую он создал; правою рукою он держал мантию при бедре или коленях; лице святого благоукрашалось сединами. Землю, ссыпавшуюся в гроб, доставали руками и переносили в сосуд, который до сих пор стоит в монастыре: многие из него берут персть земную и получают исцеления от недугов и болезней. Настоятель, отпев панихиду, велел устроить деревянную палатку над гробом святого старца, и братия разошлись по келлиям, славя Господа, Который даровал обители столь великую благодать. Это обретение мощей совершилось 18 ноября; в навечерие пелась у гроба преподобного панихида, а утром — литургия. После этого настоятель с экономом изготовили донесение царю и патриарху об обретении мощей; грамоту повез в Москву эконом Никита. Патриарх спросил посланного: «Кого настоятель с братией хотят для освидетельствования мощей — архиерея, архимандрита или игумена?»

Эконом ответил, что было бы желательно архиерея, и указал на митрополита Ростовского и Ярославского Иону, который имеет сильную любовь к Троицкой обители и ее основателю Даниилу. Патриарх, по совету с царем, дает эконому грамоту, которой Иона уполномочивается совершить свидетельствование мощей. Никита привез грамоту в Ростов 20 ноября и вручил митрополиту. Последний прибыл в Переяславскую обитель Живоначальной Троицы 27 ноября. Было совершено соборное всенощное бдение, а на другой день — Божественная литургия. По окончании ее пошли ко гробу преподобного; отворивши палатку, вошли внутрь. Митрополит Иона сказал присутствующим: «Видите этого нового исповедника, не соблазняйтесь, будьте вместе со мною свидетелями перед царем; не один я вижу этот чудный светильник, это восходящее солнце, но и все вы».

Свидетелями же были, кроме множества священников и народа, игумены и архимандриты Переяславских монастырей. В тот же день прибежали в обитель двое исступленных, которые шумели и кричали: «Горе, горе! Беда, беда!» Иона дал им земли из гроба преподобного Даниила, и они выздоровели. Вошедши в Троицкую церковь, митрополит обратился к предстоящим со словами: «Вот мы исполнили царское повеление; теперь прошу вас, постарайтесь возвестить мне о чудесах преподобного, чтобы я мог отправить к царю донесение вместе с записанными чудотворениями».