Окружающие рассказывали о различных чудесах святого; митрополит записал их и за своею печатью отправил доклад с чудесами в Москву с экономом Никитой. Царь, ознакомившись с делом, приказал построить над гробом святого каменную церковь и расписать ее, а память святого праздновать дважды в году — в день кончины и обретения мощей.

Господь прославил Своего угодника многочисленными чудесами.

В царствование Грозного был наместником в Переяславле князь Андрей Александрович Алабышев, по прозванию Оленкин. Он имел великую любовь к святому Даниилу при его жизни, а по смерти нес гроб его на своих плечах и помогал своими трудами во время погребения подвижника. Впоследствии давал милостыню монастырю Даниилову и кормил нищих в память почившего старца. Однажды пропала у князя Андрея золотая пуговица с редким жемчугом, застегивавшая его рубашку (быть может фамильная драгоценность); он подозревал своих слуг, хотел расспрашивать их и, если потребуется, наказать. И вспомнил князь о преподобном Данииле и обратился с молитвой к нему: «Преподобный отче! хотя ты телом и ушел от нас, но духом пребываешь с нами. Помоги нам и рассей мои подозрения, чтобы мне избавиться от греха и не наказать домочадцев, если они невинны».

И вот смотрел раз Андрей из окна своего дома на уток, которые купались в дождевом потоке и гонялись друг за дружкой. Одна из них держала в носу пропавшую пуговицу, и, будто показав ее князю, бросила на землю. Пуговицу подняли и прославили Господа за избавление от греха. Князь Андрей немедленно пошел в Данилов монастырь, попросил отслужить панихиду над мощами преподобного, сделал покров к его гробу и соорудил каменное надгробье.

В походе с царем Иоанном IV под Казань 1552 года был пресвитер, знакомый преподобному Даниилу и всегда призывавший его в своих молитвах. Однажды ночью этот пресвитер погрузился в сон и видит себя как бы в обители Данииловой: преподобный — на каком-то высоком месте, около него стоят необычайные мужи, а он, пресвитер сидит у ног святого старца и имеет на себе монашеское одеяние; предстоящие спросили Даниила: «Что прикажешь об этом человеке, одетом по-монашески, который имеет жену и детей?»Даниил ответил: «Бог хочет теперь пощадить его».

Пресвитер проснулся и так живо почувствовал на себе монашеские одежды, что даже стал искать их. Он преисполнился радости, что небесный покровитель защищает его и что ему не суждено умереть под Казанью. Открыв окно, пресвитер среди глубокой ночи видит явственно необычайный свет над городом, а в свете огненные столпы, которые, подобно горящим факелам, понимали свое пламя к небесам. Он разбудил близкого к царю раненого вельможу, чтобы и тот взглянул на чудесное видение; вместе с раненым смотрели на свет другие и сказали: «Это должно быть знамением для христиан».

Кроме того, многие (и в числе их царь Иоанн IV) слышали в осажденной Казани звон наподобие звона большого колокола в Московском Симоновом монастыре. Царь и вельможи видели в этих явлениях залог победы над неверными и вознесли свои теплые молитвы к Пречистой Богородице и всем святым; призывался в молитвах и крестный царя преподобный Даниил. Казань, как известно, была взята войсками московского царя.

Боярин Лаврентий Дмитриевич Салтыков рассказал: жена моя Евдокия впала в тяжкую болезнь, что не могла двинуть ни одним членом. Страдала она около 3 лет без всякого облегчения; стали готовить ее к смерти: исповедали, приобщили. Поднялся большой плач.

Сказав это, старец стал невидим.

Евдокия пришла в себя и почувствовала некоторое облегчение. Она начала со слезами молить Всесильного Бога даровать ей полное исцеление, призывала к себе на помощь прп. Даниила и велела совершить молебен у его гроба с освящением воды. Испив святой воды, страдалица почувствовала себя совершенно здоровой, как будто никогда и не болела.

Боярский сын Иоанн Аисин рассказал: «Я очень страдал внутреннею болезнью и прибегал к разным врачевствам, ища облегчения. Промучившись около 7 лет, вспомнил я о безмездном враче, преподобном Данииле, от которого много верующих получают облегчения. Я со слезами стал молиться ему, пришел в обитель Пресвятой Троицы, к гробу святого и просил архимандрита Иосифа совершить молебен. Во время службы я, по слабости, сел близ раки преподобного и с умилением взирал на его образ; когда окончилось водоосвящение, я облобызал гроб преподобного Даниила, выпил святой воды и тотчас выздоровел по молитвам угодника Божия, дал довольную милостыню братии и возвратился в дом свой».

Жена Стефана Слоева Матрона впала в лютую болезнь глазами и почти совсем не видела света. Она потратила много имущества на лекарей и не получила облегчения. Стефан привозил свою жену в обитель преподобного Даниила. Прослушав молебен у гроба угодника Божия, муж ведет Матрону на колодезь святого, где она умывает свое лицо и глаза. По милости Бога и молитвам Его подвижника, спала с глаз Матроны болезнь, как чешуя. Больной возвратилось зрение, и она пошла домой, славя Господа, Подателя всех благ.

Слуга Даниилова монастыря, именем Авраам, поведал, что его сын Илия, 17-ти лет, перестал владеть руками, ногами, языком и лежал на одре как мертвый; это тянулось около 50 дней. Отец позвал к болящему сыну священника из Данииловой обители, чтобы совершить молебен, и принес воды из колодезя, который подвижник выкопал своими руками. По окончании молебна преподобному Даниилу насильно раскрыли уста Илии и влили ложечкой немного монастырской воды: внезапно больной почувствовал себя бодрым, стал на ноги, овладел руками и начал говорить. Священник, возвратившись в Даниилову обитель, возвестил о чуде настоятелю и братии.

Повар Троицкого Даниилова монастыря Иоанн, по прозванию Богдан, лишился языка и долгое время лежал, как мертвец. Подозвав к себе знаками домашних, больной просил их послать за отцом духовным, чтобы не умереть без покаянии. Случайно вблизи оказался иеромонах Даниилова монастыря Матфей; он исповедал больного и причастил Тайн Христовых, и жена Богдана, Стефанида, с великой верой пошла к колодезю преподобного Даниила, зачерпнула воды и дала выпить мужу. По молитвам угодника, больной тотчас выздоровел.