Горячо любил Дионисий книжное учение. И случилось ему однажды быть в Москве для церковной потребы. И вошел он на торг, где продавались книги. Некто из бывших на торгу, взирая на юность и благолепное лицо его, помыслил о нем лукавое и стал дерзостно оскорблять его словами, говоря: «Зачем ты здесь, монах?» Но не смутился инок и не озлобилось сердце его; воздохнув из глубины души, кротко сказал оскорбителю. «Да, брат, я точно такой грешник, как ты думаешь обо мне. Бог тебе обо мне открыл, ибо если я был истинный инок, то не скитался бы по торжищу между мирскими людьми, а сидел бы у себя в келлии. Прости меня грешнаго, Бога ради». Умилились предстоявшие, внимая кротким и смиренным его речам, и обратились с негодованием на оскорбителя дерзкого, называя его невеждою. «Нет, братия, — говорил им инок Дионисий, — не он невежда, а я; он же послан мне от Бога на мое утверждение и правдивы речи его, чтобы впредь мне не скитаться по сему торжищу, но сидеть в келлии». Тогда уж и сам оскорбитель устыдился и хотел просить прощения за свою дерзость, но инок скрылся. Это был преподобный Дионисий, тогда казначей Старицкого Успенского монастыря. В 1605 году посвящен он был в архимандриты Старицкого Успенского монастыря.

Вскоре по вступлении Дионисия в должность настоятеля привезен был в Старицкую обитель низверженный по воле первого самозванца патриарх Иов. Хотя Дионисию было приказано содержать Иова как можно строже, «в озлоблении скорбном», но святой с любовью принял сверженного патриарха и стал во всем испрашивать у него наставлений и приказаний, стараясь успокоить невинного страдальца. Преподобный Дионисий вместе с митрополитом Крутицким Пафнутием и Тверским архиепископом Феоктистом похоронил его в своей обители в 1607 году.

Духовное общение архимандрита Дионисия со Святейшим Патриархом Иовом, можно предполагать, было виною и благосклонного к преподобному расположения Святейшего Патриарха Ермогена. На него часто указывал патриарх, дивясь его разуму: «Посмотрите на архимандрита Старицкого, как он подвизается; никогда он от соборной церкви не отлучается, и на царских собраниях он же всегда тут». И в смутное время преподобный Дионисий был ближайшим помощником святителя Ермогена, неотлучно находясь при нем, да и царь имел в Дионисии одного из ревностных защитников престола.

Однажды приверженцы литовские и московские злодеи, схватив Святейшего Патриарха Ермогена, со всякими ругательствами повлекли его на лобное место; одни толкали его, другие бросали песком в лицо и на честную главу, иные же, схватив за перси, дерзновенно потрясали, и когда все прочие трепетали, один лишь Дионисий в такой беде ни на шаг не отступал от патриарха, но страдал вместе с ним и всех с горькими слезами увещевал, чтобы перестали от такого дерзкого бесчинства, как о том засвидетельствовали многие из самовидцев.

В 1610 году патриарх Ермоген перевел архимандрита Дионисия на место настоятеля Троицкой лавры, которая еще не оправилась после осады поляков и нуждалась в хорошем благоустроителе.

Велико и сильно было имя преподобного Сергия в то время. Его уважали и боялись самые враги отечества, поляки и всякого рода воры. И если, бывало, кого эти недобрые люди остановят в дороге и он скажется Сергиевым, того пропускали без вреда. Случилось преподобному Дионисию возвращаться из Ярославля с одним боярином. Дорога же была тогда опасная и много проливалось крови от варварских людей. Посему архимандрит Дионисий сговорился с своими спутниками называться Сергиевыми. «Если, — говорил он, — поедем мы дорогою просто, та ограбят нас воровские люди и даже убьют; а если будем называться именем чудотворца Сергия, то спасемся». Не знал он еще, что он уже, действительно, стал «Сергиевым», ибо был назначен в обитель чудотворца в настоятели. Так проехали они многие опасные места. Не доезжая лавры, встретил их служитель Троицкий и спросил: «Какая власть едет?» Они отвечали: «Троице-Сергиева монастыря старцы, едем из монастырских сел». Но тот, зная всех своих старцев, не поверил и спросил: «Не Старицкий ли это архимандрит, к которому я послан с грамотами от самодержца и патриарха?» И вручил Дионисию грамоты, из коих преподобный узнал о своем новом назначении и поспешил в Москву. Изумился судьбам Божиим преподобный Дионисий и пролил обильные слезы: ибо ему и на мысль не приходило — то, что по воле Божией пришло на сердце Святейшему Патриарху и благоверному царю. И это был, можно сказать, последний драгоценный дар их, которым облагодетельствовали они Россию, поставив избранного от людей Божиих на такую ступень, с высоты коей мог защищать земную свою родину в тяжкую годину ее бедствий.

Воздав благодарение царю и святителю за их избрание, Дионисий поспешил возвратиться в лавру Сергееву, только что освободившуюся от осады литовской и прославленную сим бессмертным подвигом. Его самого ожидал великий подвиг содействовать вместе с ревностным келарем Авраамием Палицыным освобождению уже не одной лавры, но всего царства, и двадцать три года подвизался он о спасении своего стада, в непрестанной молитве и пощении.

Ужасное и тяжкое то было время для Русской земли — время, которое русский народ в своей памяти прозвал «лихолетьем». Москва была в руках поляков. Народ страдал от зверства польских и казацких шаек. Толпы русских людей обоего пола нагие, босые, измученные бежали к Троицкой обители, как к единственной, выдержавшей напор врагов, надежной защите. Одни из них были изуродованы огнем, у иных вырваны на голове волосы; множество калек валялось по дорогам; у тех были вырезаны ремни кожи на спине, у других отсечены руки и ноги, у иных были следы ожогов на теле от раскаленных камней. Всеми путями стремились беглецы к дому Живоначальной Троицы, и не было числа слезам; измученные, изломанные просили отцов духовных. Вся обитель Святой Троицы преисполнилась умиравшими от наготы, глада и ран; не только по монастырю лежали они, но и в слободах, и в деревнях, и по дорогам, так что невозможно было всех исповедать и приобщить Святых Таин.

Видя сие, архимандрит Дионисий решился употребить на доброе дело всю монастырскую казну. Со слезами молил он келаря, и казначея, и всю братию, чтобы соболезновали и сострадали несчастным во всех их нуждах. «Любовь христианская, — говорил он, — во всякое время помогает нуждающимся, тем более надобно помогать в такое тяжкое время». Келарь и братия со слугами отвечали с грустью безнадежно: «Кто, отец архимандрит, в такой беде с разумом соберется? Никому тут невозможно промыслить, кроме Единого Бога». Но Дионисий со многим рыданием опять говорил: «В таких-то искушениях и нужна твердость. От осады большой Бог избавил нас молитвами Владычицы нашей и великих чудотворцев, а ныне, за леность нашу и за скупость, может нас и без осады смирить и оскорбить». Умилились от плача его келарь, и братия, и слуги и стали просить совета в своем недоумении. Дионисий так начал молить всех: «Покажите в этом милость свою, государи мои, келарь и казначей, и вся братия святая! Пожалуйте, меня послушайте: видели все, что Москва в осаде, а люди литовские во всю землю рассыпались, у нас же в монастыре людей хотя и много, но мало ратных и умеющих, и те погибают от цинги, от голода и от ран; мы, государи, обещали в иночестве умереть, умереть, а не жить. Если в таких бедах не будет у нас ратных людей, то что будет? Итак, что у нас есть хлеб ржаной и пшеница и квасы в погребе, все отдадим, братии, раненым людям, а сами будем есть хлеб овсяный, без кваса, с одной водой, и не умрем. Пусть каждый делает все, что может для других, а дом Святой Троицы и великих чудотворцев не запустеет, если только станем молить Господа нашего, чтобы подал нам разум». Приятен был всем совет сей и тверд, слез его ради.

И вот закипела деятельность. Преподобный Дионисий посылал монахов и монастырских слуг подбирать несчастных по окрестностям, привозить в монастырь и лечить. Прежде всего, по благословению архимандрита Дионисия, начали монастырской казной строить дома деревянные для болящих и бесприютных и нашлись для них врачи. И повелено было ратных людей лечить и успокаивать их лучшей доброй пищей братской. В то время молитвами Дионисия было умножение муки в хлебне, ради великого чудотворца Сергия. Во все сие время не плакал, не просил себе милости у сего великого светильника; все со смиренномудрием вкушали только немного овсяного хлеба и то однажды в день, а в среду и пяток вовсе ничего не ели.

«Я и сам грешный, — пишет соборный ключарь Иоанн, — сколько на памяти моей постригал, причащал и погребал, вместе с братом моим Симоном: до четырех тысяч погребли мы мертвецов и, как теперь помню, что в один день похоронили в срубе на Клементьеве, у Николы Чудотворца, 960 человек, да в другом убогом доме — 640, и на Терентьевой роще — 450. Со священником Иоанном ходили мы по окрестным слободам и, по воле Дионисиевой, сосчитали, что в 30 недель погребли более трех тысяч, да зимою и весною погребал я всякий день тех, которые не хотели быть положены в убогих домах и ежедневно случалось до шести и более похорон, а в одной могиле никогда не клали по одному человеку, но не менее трех, а иногда и до пятнадцати; все сие беды продолжались полтора года».

По благословению св. Дионисия, как скоро обретали обнаженного мертвеца, тотчас посылалось все нужное для погребения; приставы ездили на конях по лесам смотреть, чтобы звери не съели замученных от врагов, и если еще кто был жив, привозили в странноприимницы, а которые умирали, тех худые одежды раздавали бедным: женщины шили и мыли беспрестанно рубашки и саваны, за что их довольствовали из монастыря одеждой и пищей. Келейник Дионисия, старец Дорофей, днем и ночью разносил от него больным и раненым полотенца и деньги. Такое пособие лавра оказывала страждущим все время, пока Москва боролась с поляками. Келарь Симон полагает, что за это время одних умерших было более 7000 и до 500 оставшихся при лавре в разных службах: можно по этому судить как велико было число всех, воспользовавшихся пособиями от обители.

Если праведным судом Господь и наказал нас во время осады, замечает писатель жития, то не обогатил ли нас потом сугубо Своею благодатью, как это видимо ныне всем человекам. Сколькими богатствами расширил Он и украсил селение славы Своей, обитель Пресвятой Троицы, молитвами великого чудотворца Сергия. Господь восставил, как некогда Иосифа на прокормление Египта и Товию праведного в Вавилоне, сего дивного мужа Дионисия, через которого многие сподобились получить благой конец с напутствием.

Но этого было мало для святой души Дионисия: его любящее сердце томилось страданиями всей Русской земли. Великий имел он подвиг, усердно молясь о избавлении царствующего града; во все полтора года, когда была в осаде Москва, непрестанно и в церкви Божией, и в келлии с великим плачем стоял он на молитве. И в 1611–1612 гг. в келлии архимандрита собираются скорописцы и переписывают послания Дионисия и его келаря Авраамия Палицына. Грамоты сии в Рязань, в Пермь с уездами, и в Ярославль, и в Нижний Новгород, князю Димитрию Пожарскому и Косьме Минину, и в Понизовские города, князю Димитрию Трубецкому и к Заруцскому под Москву, и в Казань к строителю Амфилохию, и много было в тех грамотах болезнования Дионисиева о всем государстве Московском. «Православные христиане, — писалось в этих посланиях смиренными иноками, доблестными сынами отечества, призывающими русский народ к братскому единодушию и к защите разоряемой врагами родной земли, — вспомните истинную православную веру и покажите подвиг свой, молите служилых людей, чтобы быть всем православным в соединении и стать сообща против предателей христианских (изменников отечеству) и против вечных врагов христианства польских и литовских людей! Сами видите, какое разорение учинили они в Московском государстве. Где святые церкви Божии и Божии образы? Где иноки, сединами цветущие, инокини, добродетелями украшенные? Не все ли до конца разорено и поругано злым поруганием? Не пощажены ни старцы, ни младенцы грудные… Если же есть и недовольные в ваших пределах, то Бога ради отложите все сие на время, чтобы вам всем единодушно пострадать для избавления православной веры, покамест еще враги не нанесли какого-либо удара боярам и воеводам. Если мы прибегнем к Прещедрому Богу и Пречистой Богородице и ко всем святым и обещаемся сообща сотворить наш подвиг, то Милостивый Владыка, Человеколюбец, отвратит праведный Свой гнев и избавит нас от лютой смерти и латинского порабощения. Смилуйтесь и молитесь! Но немедля сотворите дело избавления христианского народа, помогите ратным людям. Много и слезно со всем народом христианским вам о том челом бьем».