Архиепископ служил соборную литургию и панихиду по всем святителям и установил на будущее время ежегодное поминовение архипастырей 4 октября. По случаю этого торжества святой Евфимий устроил почетный пир соборянам, подавал неоскудную милостыню нищим.

В том же году чудесным образом обретены были мощи святого архиепископа Иоанна. При возобновлении Софийского собора в притворе его открыт был гроб с нетленными мощами, но никто не знал, чьи были эти мощи. По молитве святого Евфимия ночью явился ему некий муж и сказал: «Я тот Иоанн архиепископ, которого открыт гроб и который послужил чудеси Богоматери в 1170 году».

Тогда же позлащены владыкой гробы ктитора соборного святого князя Владимира Ярославича и матери его святой княгини Анны и вся Софийская соборная церковь была обелена снаружи известью, поставлена новая каменная звонница и проч.

Нельзя пройти молчанием забот святителя Евфимия и об умножении богослужебных и священных книг. Еще и ныне целы книги, списанные по его воле и поручению: Служебник, Устав, Минеи (ноябрь, июнь, февраль и апрель) месячные и праздничные и Октоих.

Так в трудах и подвигах приближался святитель Евфимий к старости и к закату дней своих. Указавши место погребения своего в Вяжицах, архиепископ с особенною любовью относился к обители Вяжицкой — месту своего иноческого пострижения. Воздвигнув там великолепный храм во имя святителя Николая, владыка постоянно украшал его и иконами, и добротами, и всякими деяниями, а, соревнуя ему, бояре, вельможи новгородские и все народное множество не забывали обители милостыней и приношением. Было у владыки желание построить при жизни своей в том же монастыре теплый храм с трапезой во имя святого апостола Иоанна Богослова. Бог помог исполниться этому желанию. В Великом посту заложили церковь, а в день Воскресения Христова братия уже вкушали пищу в новой трапезе. Владыка захотел расписать церковь, но живописцы говорили, что стены еще сыры и писать нельзя. Владыка не хотел слушать их, велел приступить к делу, сам же молил Бога: «Господи Вседержителю, даруй мне хоть один день видеть церковь возлюбленного Твоего с трапезою совершившуюся, и тогда, как Сам хочешь, сотворишь».

Ко дню Сошествия Святого Духа все работы были окончены, и святитель Евфимий с радостными слезами восклицал: «Благодарю Тебя, Господи Человеколюбче, что Ты не оставил прошение раба Твоего, но сподобил меня, как Творец и Владыка мой, то, что я желал видеть, узреть сегодня своими очами».

Каждый год владыка Евфимий имел обыкновение проводить в своем любимом Вяжицком монастыре всю первую седмицу Великого поста. Не случилось этого только в 1458 году, в год блаженной кончины архиепископа. В последнее воскресенье перед Великим постом пришли к архиепископу посадники, бояре, игумены, священники и все множество народное, дать обычное целование с прощением при наступлении Великого поста. Архиепископ, как чадолюбивый отец, всех прощал и милостиво учил, сколько можно, в чистоте проводить Великий пост, удаляться особенно пьянства, от которого происходит все зло. А когда наступил вечер, то, преподавши всем мир и благословение, архиепископ вышел из города и направился не в Вяжицкую обитель, а в монастырь Пречистой Богородицы на Лисичьей горе, откуда взят был на святительство. Придя в обитель, святитель разболелся, но всю седмицу постился и ходил на соборное пение. Все видели его телесные страдания, но ничего скорбного не было на лице у него: оно светилось радостью человека, как будто возвратившегося в свое отечество из дальних чужих стран, он радовался, что дух его разрешается от телесных уз. Перед кончиной своей он преподал всем благословение и прощение, сам испросил у всех прощение, причастился святых Пречистых Таин, воздал хвалу Богу за все, тихо и мирно предал Господу честную и святую душу свою в 11-й день месяца марта в нощи. При кончине распространилось благоухание от тела архиепископа, а при помазании тела его найдены на нем тяжелые вериги («подобно схиме»), которых никто не видал на нем при жизни его.

Быстро распространилась весть о кончине любимого святителя. Многое множество народа и духовенства, подобно быстротечному потоку, устремилось по всем путям к обители на Лисичьей горе. Плач и скорбь были великие.

С любовью, славой и честью перенесли тело архиепископа в собор святой Софии Премудрости Божией и там отпели его, а затем, согласно его завещанию, отнесли для погребения в Вяжицкий монастырь. Найденные на теле святителя вериги были повешены около гроба; «от них многие различные исцеления по молитвам святого бывают, — говорит древний жизнеописатель святителя Евфимия, — особенно страждущих студеною болезнию».

Находясь в предсмертной болезни и желая получить от митрополита Ионы последнее прощение всех своих согрешений и благословение в сей век и будущий, архиепископ Евфимий, незадолго до своей кончины, послал к митрополиту своего слугу с умилительным посланием и известием о своей тяжкой болезни. Митрополит сердечно отнесся к болезни святителя и послал ему разрешительную грамоту с священноиноком Евмением. Был уже шестнадцатый день со времени кончины архиепископа, когда прибыл инок Евмений. Открыли гроб святителя. Тело блаженного отца было светло, цело и не подверглось тлению. Как спящий, лежал он во гробе, «показуя душевную чистоту свою». Дивились все видимому чуду, а инок Евмений воскликнул: «Я уразумел воистину, что Бог сохраняет Великий Новгород и это святое место молитвами сего святителя».

Была прочитана разрешительная грамота и вложена в руку святителя, десная же рука его оставлена благословляющей, и гроб был закрыт.

Бог прославил святого Евфимия не только в жизни его, но и по смерти. Вскоре после кончины стали истекать чудеса от его гроба. Перечислим некоторые из них.

Игумен Вяжицкого монастыря Варлаам одержим был студеною болезнью, но помолился у гроба святителя Евфимия, возложил на себя железную его схиму и тотчас болезнь прекратилась.

Сын одного боярина Матфея Иоанн одержим был три года головною болезнью, и никто не мог его исцелить; придя в Вяжицкий монастырь, поклонился святителю Николаю и гробу блаженного Евфимия, возложил на себя железную схиму, и постепенно болезнь утихла и он был здоров, как будто никогда и не болел.