В трудах и заботах о своей обители, в молитвенных подвигах и попечении о спасении души своей состарился преподобный Пахомий, занемог и почувствовал приближение кончины. Инокам, окружившим одр, он сказал прощальное наставление: «Братия! — начал подвижник, — ныне отхожу от вас и вручаю вас всех Пресвятой Троице и Пречистой Богородице. А вы выберите вместо меня, кого хотите, настоятелем».

В ответ братия заплакали и единогласно сказали умирающему старцу: «Отец наш и пастырь! Не лучше ли и нам быть погребенным с тобою, чем здесь оставаться без тебя!»

Преподобный утешил иноков, советовал им надеться на Бога и выбрал им в игумены на свое место Феодора, постриженника Владимирского Рождественского монастыря, оттуда пришедшего в Сыпановскую пустынь. И много святой поучал братию и наставлял на путь спасения, как соблюдать чин и устав монастыря, а в заключение прибавил: «Братия! Терпите находящие на вас скорби и беды на сем месте, да обрящете благодать Божию». После того преподобный испросил у братии прощение, дал им последнее благословение и отпустил с миром по келлиям. 21 марта он приобщился Святых Таин, взирая на иконы, провозгласил: «Господи! В руце Твои предаю дух мой», — и скончался. Это было в 1384 году.

Погребение останков угодника Божия было очень торжественно, при большом стечении народа. Честные мощи преподобного положены были по правую сторону алтаря Троицкого собора. Когда в Сыпанове строили каменную церковь на месте деревянной, 6 мая 1675 года они обретены нетленными, но оставлены под спудом. Потом над ними был устроен придел во имя угодника Божия. Теперь его святые мощи почивают на левой стороне Пахомиевского придела, против северных врат алтаря. Красивая металлическая рака возвышается над ними, а поверх ее положен образ преподобного Пахомия.

Господь Бог прославил Своего угодника даром чудотворений как при жизни его, так и по смерти.

В Нерехте во дни преподобного Пахомия проживал человек, преданный неумеренному пьянству. От вина он лишился рассудка, бесновался и говорил бессмыслицу. Много заботились о нем родные, желая исцелить его от болезни, но напрасно. 1 августа, во время освящения воды, когда преподобный шел на речку Гридевку, родственники вели несчастного в монастырь. Остановив крестный ход, подвижник велел привести больного к иордани, где происходило водоосвящение, и осенил его крестом. Безумный бросился в воду и кричал: «Ах, как больно мне: старец опалил меня огнем». При этом он оставался в речке, которая неглубока, плакал и молился на иконы; рассудок вернулся к нему. Исцеленный потом рассказывал, что из креста вышел огонь, который опалил его. После литургии Пахомий дал исцеленному просфору, и он навсегда избавился от своей болезни.

Инок Иринарх, поселившийся в монастыре при жизни преподобного и много помогавший ему в устроении обители, был искусным живописцем. Через два года после кончины святого напал на Иринарха блудный помысл и тяжко мучил его. Инок покаялся в своем грехе открыто перед всей братией, но и это не помогло ему. Он постился, молился и, наконец, обратился к заступлению преподобного Пахомия, могилу которого посещал каждый день. В одну ночь, утомленный молитвой и возвратясь с могилы, Иринарх заснул и видит во сне светолепного старца, украшенного сединами, имеющего долгую бороду, белую, как снег, и с жезлом в руке. Старец сказал: «Брат Иринарх! Так всегда молись Господу Богу и Пречистой Богородице, Господь помиловал тебя, не согрешай впредь: вот исцеляет тебя Господь от помысла твоего».

При этом чудотворец ударил инока по левому бедру жезлом. Иринарх в ужасе вскочил и видит перед собою преподобного Пахомия, который говорит: «Не бойся, чадо! Ты теперь видишь меня: напиши же образ подобия моего, потому что Господь сопричислил меня к лику преподобных».

Проснувшись, Иринарх рассказал о своем видении игумену и братии и в удостоверение показал след удара на бедре своем. Исполняя волю почившего святого, Иринарх написал образ его, который стоит над гробницею и сохраняется доныне.

В селе Иванькове, близ Костромы, в конце XVIII и начале XIX вв. жил помещик Протасьев. Он долго болел глазами и наконец ослеп. Несчастный не знал, что делать. Но вот является ему во сне старец и советует помолиться преподобному Пахомию. Между тем Протасьев и не знал, где лежат его мощи. Один знакомый ему сказал, что преподобный Пахомий лежит в Сыпанове, и больной с радостью и надеждой явился туда. Целый день горячо молился Протасьев у раки преподобного и совершенно прозрел. В благодарность за исцеление свое он сделал серебряную ризу на гробовую икону преподобного.

В 1811 году в церкви Сыпанова работали живописцы. Один из них, Соколов, работал в куполе, но так лениво, что священник хотел удалить его. Внезапно Соколов тяжко занемог, заболела и его семья. Чувствуя приближение смерти, живописец раскаялся в небрежности своей. Тогда явился ему во сне преподобный Пахомий и говорит: «Вставай и впредь так не делай». Явление так сильно подействовало на Соколова, что, скоро выздоровев, он с усердием принялся за работу и прекрасно исполнил стенную живопись.

Рассказывают, что преподобный Пахомий еще раз явился живописцу перед тем, как писать ему на стене изображение угодника Божия. Пробудившись, Соколов немедленно взялся за кисть, чтобы не забыть черты лица преподобного Пахомия.

В 1843 и 1892 гг. жители Сыпанова были чудесно избавлены предстательством преподобного от пожара. Но особенно памятна для нерехтчан и всего Нерехтского края помощь угодника Божия во время холерных эпидемий 1848 и 1853 гг.

С весны 1848 года холера сильно распространилась по Костромской губернии. В Нерехте началась она в мае и скоро превратилась в мор. Прихожане села Сыпанова обратились с молитвой к преподобному Пахомию, и он избавил их от смертоносной язвы. Когда совершали крестный ход по селу и деревням прихода, болезнь немедленно прекращалась; отчаянные больные немедленно выздоравливали. В Нерехту икона преподобного принесена была в самый разгар эпидемии и оставалась десять дней, и там очень мало умерло из заболевших, — всего 9 человек из 300. Носили икону чудотворца и по соседним селениям и деревням.