Святитель Софроний, епископ Иркутский, известный под фамилией Кристалевский (в миру Стефан), родился в Малороссии, в Черниговском полку в 1704 году. Отец его Назарий Феодоров был «посполитый человек» (то есть простолюдин, крестьянин; в данном случае — служивый крестьянского происхождения).

Детские годы святого Стефана проходили в местечке Березань Переяславского уезда Полтавской губернии, где поселилась семья после увольнения отца со службы. У святого Стефана было два брата и сестра Пелагея. Имя одного брата — Павел, имя другого, старшего, неизвестно, но есть сведения, что он был впоследствии наместником Красногорского Золотоношского монастыря.

С возрастом святой Стефан поступил в Киевскую духовную академию, где в то время обучались два других будущих святителя — Иоасаф, епископ Белгородский († 1754; 10/23 декабря), и Павел, митрополит Тобольский († 1770; 4/17 ноября).

Получив духовное образование, святой Стефан поступил в Красногорский Преображенский монастырь (позднее переименован в Покровский, а с 1789 года преобразован в женский монастырь), где уже подвизался его старший брат.

23 апреля 1730 года он принял постриг с именем Софроний, в честь святителя Софрония, патриарха Иерусалимского (память 11/24 марта).

В ночь после пострижения в монашество святой инок Софроний услышал в Покровском храме голос: «Когда будешь епископом, построй храм во имя Всех святых», — предуказавший его будущее служение. Через два года, в 1732 году, его вызвали в Киев, где в Софийском соборе хиротонисали в сан иеродиакона, а потом — иеромонаха. О последующем периоде жизни святого Софрония в его послужном списке говорится следующее: «После посвящения в оном Золотоношском монастыре казначеем был два года, а потом взят по указу Переяславской епархии преосвященного Арсения Берлова в дом его архиерейский, в котором был экономом 8 лет по взятие в Александро-Невский монастырь, от которого во оные годы послан был в Санкт-Петербург за делами его архиерейскими, за которыми в ходатайстве пребыл два года».

Эти данные достаточно конкретно свидетельствуют о жизненном пути святителя. Проходя послушание у правящего архиерея в Переяславле, он часто уединялся в расположенном недалеко Преображенском монастыре для безмолвного созерцания и других иноческих трудов.

Во время пребывания иеромонаха Софрония по архиерейским делам в Петербурге, на него обратили особое внимание в Синоде. Когда возникла необходимость пополнить братство Александро-Невского монастыря в Санкт-Петербурге, то в числе 29 иноков, вызванных из разных монастырей России, в январе 1742 года был вызван и будущий святитель. Год спустя его назначили казначеем монастыря, а в 1746 году он был утвержден в должности наместника обители, которую исполнял более семи лет.

В помощь себе святой иеромонах Софроний вызвал своего земляка, уроженца города Прилуки, иеромонаха Синесия и поставил его строителем Ново-Сергиевой пустыни, приписанной к Александро-Невскому монастырю. С того времени дружба двух подвижников — иеромонаха Софрония и иеромонаха Синесия — все более крепла в едином пастырском делании, они уже были неразлучны вплоть до своей кончины на Сибирской земле. В эти годы святой Софроний много трудов положил на благоустройство обители и по улучшению преподавания в находившейся при ней семинарии. Совместно с архиепископом Феодосием он заботился о должном укомплектовании монастырской библиотеки.

При нем была построена двухэтажная церковь: верхняя, во имя святого Феодора Ярославича, старшего брата Александра Невского, и нижняя, во имя святителя Иоанна Златоуста.

В 1747 году скончался Иркутский епископ Иннокентий (Нерунович). Шесть лет самая большая по территории Иркутская епархия оставалась без духовного окормления.

Наконец, императрица Елизавета Петровна (1741–1761) указом от 23 февраля 1753 года рекомендовала Святейшему Синоду благочестивого наместника Александро-Невского монастыря святого Софрония, как «лицо, не только достойное епископского сана, но и вполне могущее оправдать желание и надежды государыни и Синода — подъять бремя епископского служения на далекой окраине и удовлетворить нужды паствы в суровой стране, среди дикой природы и произвола людского».

18 апреля 1753 года, в неделю о Фоме, в большом Успенском соборе Московского Кремля святой Софроний был рукоположен во епископа Иркутского и Нерчинского. В Москве большие услуги святителю оказал архиепископ Московский и Севский Платон (Малиновский), который участвовал в его хиротонии. Он преподал ему отеческие наставления на предстоящий подвиг, так как был хорошо знаком с особенностями сибирского духовного быта, предупреждал о своеволии местных властей и советовал подобрать надежных помощников.

Предвидя трудное служение в отдаленном Сибирском крае, новопоставленный святитель не отправился сразу в Иркутскую епархию, но начал подбирать образованных и духовно опытных сотрудников. Святитель Софроний посетил свою первую Красногорскую обитель, был и у святынь Киева, где испрашивал благословение на свое служение у Киево-Печерских угодников.