Был вызван на допрос и Никанор Гаврилович Ивкин, который сказал: «Всю инициативу по делам церкви Никитский брал на себя. Церковный совет работает целиком под его руководством. По его инициативе церковный совет провел работу по регистрации всех верующих, причем он указал, что нужно эту работу провести как можно шире, так как чем больше подписей, тем смелее мы будем требовать от власти оставить церковь в покое. Никитский человек умный и хитрый, и знать его мысли в отношении власти в частном разговоре не удается. В проповедях же проскальзывают выпады против советской власти, касающиеся политики воспитания детей и молодежи, например: советская власть развращает их и делает их моральными калеками, не знающими ничего святого». В конце допроса, подписывая протокол, Никанор Гаврилович написал: «Лично этого выражения не слышал».

15 ноября следствие было закончено и священнику было вменено в преступление, что он «обрабатывал общественное мнение против закрытия церкви». 18 ноября Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило его к трем годам ссылки в Северный край. Он был сослан в Вологодскую область, и здесь ему пришлось работать на лесозаготовках.

Вернувшись домой, отец Василий снова стал служить в храме в селе Поречье, а затем был переведен в храм в село Ильинское Волоколамского района. В 1934 году священника направили служить в храм, расположенный в Талдомском районе; здесь он прослужил до 1937 года. Когда, в связи с многочисленными арестами священнослужителей, некоторые храмы остались без службы, он был переведен в храм в селе Борисово Можайского района, где прослужил полгода. Власти заявили священнику, что храм будет в обязательном порядке закрыт за неуплату налогов, и священноначалие направило отца Василия в храм в селе Теряево Волоколамского района, где он начал служить с 18 января 1938 года.

Шли гонения на Русскую Православную Церковь; от представителей местных властей стали требовать, чтобы они составили «соответствующие» характеристики на священноцерковнослужителей. 12 февраля 1938 года председатель Теряевского сельсовета составил на отца Василия характеристику для НКВД. В ней он писал, что священник распускает слухи, будто ему советская власть не дает служить, не разрешает отпевать людей на кладбище, заставляя их хоронить, как собак. В сельском магазине, где продавались в это время галоши, стоя в очереди, священник говорил, что советской власти нечем торговать. Коммунисты взялись за дело, а фактически у них ничего не получается, в очереди стоит 150 человек, а галош привезли только 20 пар.

В тот же день некий человек отправил докладную записку участковому инспектору милиции, в которой доводил до его сведения, что в Теряеве имеется поп, который ведет антисоветскую пропаганду. 7 февраля поп стоял около церкви и говорил, что 15 февраля будет служба и в храме будет сказана проповедь, о чем он предлагал оповестить все население. «Прошу участкового инспектора милиции, — писал далее заявитель, — примите срочные меры к попу. Вы хорошо знаете, что скоро будут выборы в Верховный Совет. Поповская агитация будет нашу массовую работу на селе тормозить».

14 февраля сотрудники НКВД допросили лжесвидетелей, которые показали, что священник в храме произносит контрреволюционные и антисоветские проповеди, но в чем они заключались, они сказать не смогли; они показали также, что в магазине в очереди, стоявшей за галошами, священник вел антисоветскую пропаганду, призывая стоявших в очереди посещать церковь. Одна из лжесвидетельниц показала, что отец Василий «по вечерам собирает у себя в доме неизвестных лиц из окружающих сел. 9 февраля 1938 года в 23 часа ночи я пыталась подслушать, о чем там вели разговор, но слышно не было».

Этим и ограничивались показания лжесвидетелей. 26 февраля власти арестовали священника, и он был заключен в тюрьму в Волоколамске. 2 марта состоялся первый допрос.

— Вы арестованы за контрреволюционную и антисоветскую деятельность, которую вы проводили среди населения и окружающих лиц в селе Теряево. Дайте показания по этому вопросу! — потребовал следователь.

— Контрреволюционной и антисоветской деятельности я не вел, — ответил священник.

—3 февраля вы, Никитский, стоя в очереди за галошами в магазине Теряевского сельпо, высказывали недовольство советской властью и партией ВКП(б). Признаете ли себя в этом виновным?

— Да, действительно, за галошами я в очереди стоял, но контрреволюционных и антисоветских выступлений с моей стороны не было.

—Следствием установлено, что ваш дом посещали посторонние лица, среди коих вы проводили контрреволюционную деятельность. Дайте правдивые показания по этому вопросу, кто персонально вас посещал и какую работу вы с ними проводили?

— Мою квартиру посещали диакон Спировской церкви, фамилию которого я не знаю, один гражданин из деревни Валуйки Волоколамского района и бывшая церковная староста Мария Болдина, с которой я повстречался в Москве в патриархии, она меня позвала служить в село Теряево. Контрреволюционной деятельности среди посетителей я не вел.

4 марта 1938 года Тройка НКВД приговорила отца Василия к расстрелу. Священник Василий Никитский был расстрелян 14 марта 1938 года и погребен в общей безвестной могиле.