После окончания допроса следователь объявил Анне Алексеевне, что она привлекается к ответственности в качестве обвиняемой в антисоветской агитации.

11 января было составлено обвинительное заключение по делу, в котором сотрудник ОГПУ написал: «Привлеченные по данному делу обвиняемые, бывшие монахи ликвидированных монастырей и подворий… живя скопищами, занимались активной антисоветской деятельностью, выражающейся в организации нелегальных антисоветских»братств»и»сестричеств», оказании помощи ссыльным единомышленникам… антисоветской агитации о религиозных гонениях, чинимых советской властью, и распространении всевозможных провокационных слухов среди населения; квартиры их являлись убежищем для всякого рода контрреволюционного элемента».

Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило послушницу Анну к трем годам ссылки в Архангельскую область. В 1934 году, по окончании ссылки, она вернулась на родину в село Константиново.

22 февраля 1938 года Анна Алексеевна была арестована по обвинению «в распространении провокационных слухов о скором падении советской власти» и заключена сначала в тюрьму в городе Загорске, а потом в Москве.

Лжесвидетели показали, будто она говорила, что это Господь так наказывает: коммунисты организовали колхозы, православных ограбили, и теперь они работают день и ночь задаром, все идет в пользу коммунистов, — наказывает за то, что люди отреклись от Бога и веруют антихристу. Православные, лучше бросьте работать и идите в церковь молиться Богу.

— Обвиняемая Макандина, за что вы агитировали население в октябре 1937 года? — спросил следователь.

— В октябре я работала на поденной работе. Я вспоминаю случай, когда мы вместе несколько человек шли с работы домой. Разговор был о том, что в колхозах стало жить лучше, что советская власть дала колхозникам счастливую жизнь. Это была частная беседа, но против советской власти я никогда не говорила.

—Обвиняемая Макандина, вы признаете себя виновной в антисоветской агитации, которую вели в декабре 1937 года среди колхозников?

—В декабре я работала вместе с другими. Мы рубили капусту. Разговор был о войне. Я говорила, что на нас идет японец, но так как советская власть стала сильна, то войны не допустят; но что касается разговоров против советской власти, то я их не вела.

—Обвиняемая Макандина, что вы говорили в ноябре 1937 года колхозникам, стоя у своего дома?

—Я точно не помню, в каком месяце, но с колхозниками вечером у моего дома был разговор. Говорили, что теперь, против царизма, стало жить всем лучше, налоги стали небольшие, всего стало больше. А кроме этого ничего не говорили, а я большую часть времени нахожусь дома.

— Обвиняемая Макандина, признаете ли вы себя виновной в том, что опошляете вождей партии и правительства?

—Я к советской власти враждебно не настроена, я довольна советской властью… и виновной себя в антисоветской агитации не признаю.

На этом допросы были закончены. 8 марта 1938 года Тройка НКВД приговорила ее к расстрелу. Послушница Анна Макандина была расстреляна 14 марта 1938 года на полигоне Бутово под Москвой и погребена в общей безвестной могиле.