27 февраля 1935 года иеродиакон Феодор писал сестре отца Сергия, рукоположенного к тому времени в сан иеромонаха:

«Сейчас, сидя в тишине больничной ночи, нарушаемой иногда стоном больного или шумом проходящего невдалеке поезда, я мысленно прохожу последние годы. Да, много приобретено доброго, но много и растрачено, особенно за последнее время.

С одной стороны — петровская школа, начало проникновения в службу, в режим и строй монашеской жизни. Затем — масса новых впечатлений от жизни в совсем других условиях. Свобода от уз монашеской дисциплины и, как следствие этого, — рост страстей.

К этому надо прибавить стремление облегчить себе жизнь, все большее погружение в повседневные заботы, увлечение медициной, и над всем этим — сознание полного несоответствия своей жизни со своим званием и недостаток решимости и умения это изменить. Но, несмотря на это, в общем — бодрость и радостноспокойное состояние, которое всегда отношу за счет молитв своих близких.

Вот, родная, что написалось мне в этот раз. Да хранит вас Господь и Его Пречистая Матерь. Приветствую всех, как люблю».

Иеродиакон Феодор вернулся из лагеря, пробыв там полных три года. Первое время он жил в Егорьевске, а затем переехал в Тверь. 11 апреля 1936 года отец Феодор писал из Твери:

«Родные мои! Поздравляю вас всех с наступающим Светлым Праздником и желаю встретить его в духовной радости и единении. Я, слава Богу, провел это время как нельзя более мирно и содержательно, чем вполне был вознагражден за лишения прошлых лет.

За время поста много передумал, и как‑то впервые по приезде сюда совершенно спокойно, не будучи отвлекаем ничем посторонним. Теперь моя жизнь и перспективы на будущее явились в новом свете. Но об этом поподробнее, если Бог благословит, побеседуем по моем приезде в Москву. Я предполагаю к вам выехать в ближайшие дни».

При освобождении отца Феодора из заключения врач снабдил его документами и характеристикой, в которой отмечал его исключительную добросовестность и редкие способности к медицине, и приложил ходатайство о предоставлении ему возможности завершить медицинское образование.

Нужно было решить вопрос: воспользоваться ли этими документами и стать врачом телесным или идти дальше по тесному и скорбному пути священноинока, который в те годы неизбежно вел на голгофу. Его духовный отец и восприемник при постриге архимандрит Никита, который к тому времени вернулся из ссылки, предоставил ему самому свободно решить этот вопрос. Отец Феодор обратился за советом к сестре: «А как ты думаешь, что ты посоветуешь делать?» Ольга стала молиться перед Казанской иконой Божией Матери, которой благословила их мать, и вдруг, словно голос, ясно услышала: «Вземшийся за орало да не зрит вспять». Она повторила эти слова вслух. Отец Феодор внимательно выслушал их и, кротко улыбнувшись, сказал: «Спасибо тебе, одна только ты меня поддержала, мне так это было нужно».

После этого он уже не сомневался в выборе пути и пошел в патриархию, заявив, что хочет служить и принять священство. Священноначалие направило его иеродиаконом в большое село Амельфино Волоколамского района Московской области в помощь старому протоиерею. Тот был вначале недоволен его появлением и говорил, что ему диакона не нужно, так как в храме мало дохода. Впоследствии он полюбил отца Феодора, как родного сына. Своей кротостью, скромностью и полной нестяжательностью отец Феодор сумел победить недоброжелательное отношение к себе. Священник жил вдвоем с супругой, детей у них не было, он страдал страстью винопития, и дело доходило до запоев. Когда он приходил в храм в неподобном состоянии, отец Феодор кротко уговаривал его прилечь на лавке в алтаре. Затем выходил к народу и говорил: «Братья и сестры, помолитесь, наш батюшка очень заболел, служить не сможет, расходитесь с миром по домам до следующего воскресенья». И так бывало не раз. Затем священник был сослан, а храм закрыт. Отец Феодор почти до самого своего ареста материально поддерживал супругу священника.

12 мая 1937 года отошел ко Господу духовник и наставник отца Феодора архимандрит Никита, служивший в храме села Ивановского неподалеку от Волоколамска. Смерть духовника стала большой потерей для отца Феодора, и он говорил: «Я готов еще раз пережить заключение, лишь бы был жив батюшка».

Прихожане храма в селе Ивановском предложили отцу Феодору занять место почившего священника, на что он дал свое согласие. После этого отец Феодор и председатель церковного совета отправились в Москву к архиепископу Сергию (Воскресенскому) с ходатайством о рукоположении иеродиакона Феодора в сан священника ко храму мученика Иоанна Воина в селе Ивановском.

Архиепископ Сергий ходатайство удовлетворил, рукоположив иеродиакона Феодора в сан иеромонаха. Рукоположение состоялось в храме апостолов Петра и Павла на Преображенской площади в Москве. Первую свою службу иеромонах Феодор совершил на сороковой день после кончины архимандрита Никиты.