Следствие велось сначала в Москве, а затем, когда немцы стали стремительно приближаться к столице, иеромонах Феодор вместе с другими заключенными в московских тюрьмах в конце июля 1941 года был перевезен в Саратов. Отца Феодора ежесуточно в течение долгого времени вызывали на допросы ночью, не давали спать, а на допросах беспощадно избивали и топтали ногами. Однажды его приволокли с допроса в камеру с лицом, превращенным в одну кровавую массу, у него была вырвана часть бороды вместе с кожей. От него требовали, чтобы он назвал всех своих духовных детей и людей, с которыми близко общался. Понимая, какой вред это может им принести, отец Феодор отказался называть их имена.

— Вам предъявлено обвинение в том, что вы, находясь на нелегальном положении, являлись одним из руководителей контрреволюционной организации церковников и проводили антисоветскую пораженческую агитацию. Вы признаете себя в этом виновным? — спросил следователь.

— В предъявленном мне обвинении виновным себя не признаю, так как выдвинутое мне обвинение является необоснованным, — ответил священник.

—Вы напрасно пытаетесь скрыть от следствия свою преступную деятельность. Следствие располагает вполне проверенными неопровержимыми материалами, изобличающими вас в антисоветской работе. Намерены ли вы после этого говорить правдиво следствию о своей преступной работе?

— Никакой преступной антисоветской деятельности я не вел, и, следовательно, никакие материалы, свидетельствующие о такой деятельности, мне неизвестны.

8 сентября закончился отведенный законом срок следствия, и следователи испросили у прокурора разрешение на его продление, мотивируя тем, что «по делу необходимы дополнительные допросы арестованного с целью вскрытия его антисоветской работы и связей». Затем допросы с применением избиений и пыток возобновились.

— Какие связи вы имеете по Москве и по другим городам Советского Союза?

— Связей у меня никаких нет, но в Москве и в других местах у меня имеются знакомые.

—Назовите фамилии и адреса ваших знакомых.

— Поскольку эти знакомства носят личный характер, я назвать их фамилии и адреса не считаю возможным.

—Вы не желаете назвать фамилии и адреса ваших знакомых, потому что они являются вашими соучастниками по контрреволюционной деятельности. Так ведь?

— Нет, не так. Я не хочу, чтобы в моем следственном деле фигурировали знакомые, которые даже не принадлежат к священнослужителям.

—При вашем аресте вы уничтожили какую‑нибудь записку?

— Да, во время моего ареста я разорвал одну записку, которую мне прислала одна из моих знакомых.