Новоселов задумался об истоках духовной крепости народа, позволяющей безропотно выносить тяжелую жизнь, о вере, дающей силы переносить ниспосылаемые Богом испытания. Внимание Новоселова стало все более привлекать православие, испокон веков бывшее для русских людей духовной поддержкой во всех бедствиях.

В итоге трудной и мучительной внутренней борьбы к тридцати годам Новоселов преодолел соблазн толстовства и вернулся в Церковь. Памятником этого возвращения является «Открытое письмо», с которым он обратился к своему бывшему учителю. С горечью он писал Толстому о его учении: «Слова все хорошие: Бог, Дух, любовь, правда, молитва, а в душе пустота получается по прочтении их… Служить вы хотите не Господу, Которого знает и признает вселенское христианство… а какому‑то неведомому безличному началу, столь чуждому душе человеческой, что она не может прибегать к нему ни в скорбные, ни в радостные минуты бытия своего».

Со временем Новоселов сближается с отцом Иоанном Кронштадтским, со старцами Оптиной и Зосимовой пустынь, изучает творения Отцов Церкви и постепенно превращается в твердого в своих убеждениях, сознательного и ясно мыслящего православного христианина. Его жизнь наполняется неустанной деятельностью, связанной с оказанием конкретной практической помощи людям. «Очень верующий, безгранично преданный своей идее, очень активный… участливый к людям, всегда готовый помочь, особенно духовно. Он всех хотел обращать. Он производил впечатление монаха в тайном постриге», — так характеризует Новоселова современник.

Обретя — после долгих лет исканий — истину в лоне Православной Церкви, Михаил Александрович посвятил ей всю свою дальнейшую кипучую деятельность. В 1902 году в Вышнем Волочке, где он тогда жил, Новоселов публикует брошюру «Забытый путь опытного Богопознания», посвященную выяснению важности личного религиозного опыта в деле богопознания. В послесловии к ней он писал: «Идя навстречу пробуждающемуся в нашем обществе интересу к вопросам религиозно–философского характера, группа лиц, связанных между собою христианским единомыслием, приступила к изданию под общим заглавием «Религиозно–философская Библиотека» ряда брошюр и книг, дающих посильный ответ на выдвигаемые жизнью вопросы».

Этим выпуском началось издание новоселовской Библиотеки, книжки которой вскоре стали известны по всей России. Уже название первого выпуска говорило о программе и направлении будущего издательства, желающего привлечь внимание к великим духовным сокровищам, добытым святыми отцами и подвижниками, но забытым и не востребованным потомками.

Главная особенность новоселовских духовно–просветительных брошюр заключалась в том, что они были свободны от пороков рационалистического или протестантского школьного богословия и обращались к первоистокам христианства, выводя читателя на просторы церковного познания через благодать. Словно живой водой брызнули на сухие богословские схемы, будто в душную атмосферу начетнически отвлеченной богословско–философской мысли ворвалась вдруг струя свежего и чистого воздуха — такими словами передавал свое впечатление от новоселовской Библиотеки один из современников.

Новоселовские книги не ограничивались некоей вневременной проповедью, но отвечали на насущные духовные запросы, которые Михаил Александрович хорошо понимал.

Издательская деятельность Новоселова продолжалась до революции — вначале в Вышнем Волочке, а затем в Москве и в Сергиевом Посаде. Заслуги Новоселова в деле духовного просвещения и христианской апологетики были столь несомненны, что в 1912 году он был избран почетным членом Московской Духовной академии. В течение ряда лет он был членом Училищного Совета при Святейшем Синоде. Когда в 1918 году на Поместном Соборе Православной Всероссийской Церкви был учрежден Соборный отдел духовно–учебных заведений, который должен был изыскать новые пути развития духовного образования в стране, Новоселов получил приглашение принять участие в его работе.

События, последовавшие после 9 января 1905 года, показали Новоселову, что Россия идет к краху. Видя рост радикализма в обществе, он писал 26 октября 1905 года Федору Дмитриевичу Самарину — известному государственному, общественному и религиозному деятелю: «Свобода создала такой гнет, какой переживался разве в период татарщины. А — главное — ложь так опутала всю Россию, что не видишь ни в чем просвета. Пресса ведет себя так, что заслуживает розог, чтобы не сказать — гильотины. Обман, наглость, безумие — все смешалось в удушающем хаосе. Россия скрылась куда‑то: по крайней мере, я почти не вижу ее. Если бы не вера в то, что все это — суды Господни, трудно было бы пережить сие великое испытание. Я чувствую, что твердой почвы нет нигде, всюду вулканы, кроме Краеугольного Камня — Господа нашего Иисуса Христа. На Него возвергаю все упование свое».

24 марта 1905 года в собрании частного кружка православных ревнителей Церкви, на котором присутствовало около 60 человек, он сделал доклад «О воссоздании живой церковности в России». Всесторонне охарактеризовав ситуацию в Русской Церкви и признав реформы жизненно необходимыми, Новоселов отметил, что «возрождение требуется произвести правильными путями» и недопустимо начальственное введение «соборности… в 24 часа». Он предложил собрать мнения епископов Русской Церкви по вопросу о характере необходимых преобразований, но чтобы не затянуть дело, немедленно образовать Соборное Подготовительное Совещание из нескольких епископов, духовенства и мирян. Именно таким образом и развивались далее события: уже летом того же года император Николай II издал указ, повелевающий архиереям дать к 1 декабря подробные ответы по всем проблемам будущего церковного переустройства, а через год открылись заседания высочайше утвержденного Предсоборного Присутствия, деятельность которого, продолжавшаяся с 6 марта по 15 декабря 1906 года и нашедшая свое отражение в четырех объемистых томах, всесторонне подготовила Собор.

Когда первая революционная волна схлынула, настоящего успокоения в обществе так и не наступило, и Новоселов трезво отдавал себе в этом отчет. «Силы очень нужны, — писал он 3 августа 1909 года Ф. Д. Самарину, — так как работы всякой по горло. Мне последнее время все кажется, что нужно спешить делать добро, как выражался д–р Гааз. То есть и всегда это знаешь, да не всегда чувствуешь. Кругом слишком сумрачно, и громы многие слышатся, и волны вздымаются, — а ковчег наш не устроен и требует внимательной, упорной и энергичной работы. Не знаю, как Вы, а я, видя, что «пашни много», в то же время чувствую, что «дня немного впереди», что впереди, как хорошо о себе в последние годы жизни выразился Владимир Соловьев, впереди»прочее время живота». Если бы Вы спросили, около чего вращается теперь моя мысль по преимуществу, если не исключительно, я твердо бы ответил: около души и Церкви. В сущности эти вещи неразъединимы. Так, по крайней мере, у нас в православии. И это — душа и Церковь — есть то единое на потребу, к чему приложится все прочее, чему приложиться положено волей Божией. Окружающее нас — близкое и далекое — особенно и ценно, и значительно, и поучительно со стороны своего отношения к этому сокровищу, ради которого стоит продать все прочее, чтобы получить его. И хотя нависают тучи и слышны раскаты грома, я все больше и больше, — если хотите — в меру усиления грозы, — чувствую всю несокрушимость того Ковчега, непоколебимость Коего обещана нам Истинным Свидетелем, но тем ответственнее чувствуешь себя за ковчег своей души и за ковчег своей Церкви, которые тогда только могут быть в безопасности, когда прикреплены надежно к Ковчегу вселенскому. Довольно тесное общение, в течение почти 1,5 лет, с протестантствующей молодежью и встреча с заграничными представителями англиканства и баптизма еще больше внушили мне уверенность в несравненной истинности нашей Церкви, несущей в себе предание Духа Истины, и сознание исключительной важности всестороннего служения Церкви. Вот на этом предмете и следует нам всем сосредоточить главные силы».

Для реализации этой цели в 1907 году был организован хорошо известный впоследствии в московской церковной среде «Кружок ищущих христианского просвещения». Конечно, это было в духе времени: широкое распространение различных религиозно–философских объединений (кружков, обществ, братств) было одной из характерных форм духовной жизни предреволюционного десятилетия. На заседаниях этих объединений горячо обсуждались всевозможные проблемы христианского вероучения, а их смешанный состав (духовенство, философы, богословы, ученые, писатели) давал возможность непосредственного диалога между Церковью и интеллигенцией, позволял выдвинуть задачу воцерковления последней. Новоселов придавал большое значение такого рода деятельности и участвовал в ней, начиная с заседаний самого первого из таких объединений — Петербургских «Религиозно–философских Собраний» (1901—1903 гг.), неизменно выступая на них со строго церковных позиций в противовес Мережковскому и Розанову. Участвовал он и в работе Московского религиозно–философского общества памяти Владимира Соловьева (1905—1918 гг.), возле которого сосредоточились в то время основные силы русской религиозной философии.

Заседания новоселовского кружка проходили на квартире Михаила Александровича, жившего напротив Храма Христа Спасителя. Главное, что отличало «Кружок ищущих христианского просвещения», — его строго церковное направление: он принципиально ставил себя внутрь церковной ограды, пользовался покровительством ректора МДА епископа Феодора (Поздеевского) и духовно окормлялся старцами Зосимовой пустыни. На его заседаниях царила подлинно православная атмосфера. Здесь не ставилась задача выработки «нового религиозного сознания», агитации и распространения своих взглядов. Руководящей для деятелей кружка была мысль, что внешними мерами — реформами, новыми уставами и т. п. — ничего не достичь, если не будет внутреннего изменения человека. А достичь такого внутреннего изменения можно было лишь в ходе совместного продумывания основ православной веры, изучения Писания и Предания. Люди, собиравшиеся на новоселовских «четвергах», стремились реализовать хомяковскую идею соборного богопознания. Цель эта постоянно и сознательно «держалась в уме» — какой бы вопрос ни возникал перед членами кружка.

Центром духовной жизни Новоселова была молитва. В письме к Ф. Д. Самарину от 3 августа 1909 года он писал: «Сердечнейшее Вам спасибо за молитвы обо мне. Мы как‑то обычно мало придаем значения этой сфере общения и взаимослужения, а между тем что важнее этого, если оно совершается не формально, а по сердечному влечению. Со времени возникновения нашего»Кружка»я поминаю членов его, лучше сказать, собратьев своих, в ежедневной молитве. Кроме того, временами о каждом из них молюсь особо, испрашивая ему у Господа той милости, которая, по моему рассуждению, нужна ему преимущественно… Будем продолжать молитву друг о друге».