До ухода обновленцев из Преображенского храма отец Алексий непродолжительное время служил в Виннице и Астрахани. Впоследствии святитель Тихон лично выразил ему благодарность за стойкость и твердость в православии.

В конце сентября 1924 года священники Алексий Воробьев и Алексий Никонов были арестованы по обвинению в том, что «без разрешения местной власти устроили в церкви города Клина собрание верующих, на котором произносили агитационные речи о гонении советской властью православия».

Отец Алексий был перевезен для допросов в комендатуру ОГПУ на Большую Лубянку в Москву. 16 октября отца Алексия допросили.

— Говорите вы проповеди, направленные против советской власти? — спросил следователь.

— Никогда не говорю.

— Скажите, что вы подразумеваете под вопросами на исповеди: не ходил ли на собрания, митинги, не читал ли развратных книг, против Церкви? (Эти вопросы следователь нашел в записной книжке отца Алексия, изъятой у него при обыске во время ареста.)

— На этот вопрос ответить не могу.

—Не есть ли эти вопросы скрытая агитация против советской власти?

— Эти вопросы действительно есть агитация против советской власти, но я не руководствовался этим вопросником в жизни.

До вынесения приговора отец Алексий находился в Бутырской тюрьме в Москве. 27 февраля 1925 года священник Алексий Воробьев был приговорен к заключению в концлагерь сроком на два года. Отбывать наказания его отправили на Соловки.

7 мая 1927 года отец Алексий был освобожден. В течение трех лет ему было запрещено проживать в шести главных городах и областях СССР. В июле отец Алексий прибыл в Уфу и получил назначение служить в церкви Собор Пресвятой Богородицы в селе Быково Благовещенского уезда.

В ноябре 1930 года отец Алексий был назначен в Воскресенский собор города Павловский Посад. В 1931 году возведен в сан протоиерея, в 1935 году — назначен благочинным Павлово–Посадского округа.

27 марта 1935 года Воскресенский собор был передан советской властью обновленцам. Священноначалие перевело отца Алексия в Троицкую церковь в селе Хотеичи, а в августе 1936 года в Вознесенскую церковь в селе Городок в пригороде Павловского Посада. Православные жители города, лишившиеся соборного храма, перешли молиться в Вознесенскую церковь. Духовными чадами отца Алексия стали и некоторые монахини закрытого в Павловском Посаде Покровско–Васильевского монастыря. В Вознесенской церкви отцом Алексием был организован церковный хор из молодежи.

8 августа 1937 года протоиерей Алексий отслужил вечерню накануне дня памяти святого великомученика Пантелеимона и в ту же ночь был арестован сотрудниками НКВД и заключен в тюрьму города Ногинска.