В 1885 или 1886 году скончалась совсем молодая супруга отца Иоанна, и трехлетний Николай остался без матери.

Рассказывая о своем детстве, владыка отмечал, что его, маленького, неопустительно будили в церковь к ночной службе под праздники. Утреня по единоверческой традиции совершалась ночью. И в холод, и в непогоду его вели в храм, где он часто засыпал, но присутствие на богослужении считалось необходимым для воспитания.

Отец приучал Колю любить церковную службу, храм, пение и чтение. На клиросе Коля читал охотно и четко. Чтобы он мог видеть лежащий на аналое Часослов, подставляли скамеечку. Однажды маленький Коля вошел в алтарь через царские врата. Видевшие выразили уверенность, что младенец станет служителем Престола Божия.

Взирая на отца, совершавшего литургию, Коля с трепетом внимал его пламенной молитве. «Видно, папа за меня молился в то время, — говорил потом владыка. — Может быть, он испросил у Бога и эту милость, что я пошел по пути служения Церкви Божией».

Учиться Колю отдали в церковное училище при единоверческой церкви, а по окончании ее, в 1895 году, — в Заиконоспасское Духовное училище, что на Никольской улице.

С 1899 года Николай Звездинский — учащийся Московской Духовной семинарии.

В комнате Коли висел образ святителя Николая во весь рост, перед которым он ежедневно молился о даровании способности говорить слово Божие — поучения и проповеди. И Господь наградил его этим даром.

В храме Христа Спасителя в Москве епископом Парфением (Левицким), бывшим незадолго до этого ректором семинарии, совершено было посвящение Николая в чтеца и иподиакона.

В 1902 году, на втором курсе семинарии, когда Коле было 19 лет, он тяжело заболел лимфангоитом, болезнью, тогда практически неизлечимой, но чудесным образом был исцелен по молитве перед привезенным игуменом Саровской пустыни Иерофеем образом еще не прославленного старца Серафима. В Саров отец Иоанн послал заверенное врачами свидетельство об исцелении и благодарственное письмо отцу Иерофею. Образ кроткого старца навсегда стал семейной святыней и сопровождал владыку Серафима почти всю его жизнь. Через год после этого Коля стал свидетелем и участником торжеств прославления преподобного Серафима Саровского. Исполненный благодарности за исцеление сына, отец Иоанн написал службу преподобному Серафиму.

Семинарию Николай Иванович Звездинский окончил в 1905 году одним из лучших учеников и поступил в Московскую Духовную академию.

За годы учения в академии Николай утвердился в выборе монашеского пути. У раки преподобного Сергия вместе со своим другом Виталием Ставицким (будущим епископом Филиппом) дал он обет принять постриг.

В это же время стал он духовным сыном старца Зосимовой пустыни иеромонаха Алексия (Соловьева).

В канун Крещения 1907 года скончался отец Николая, протоиерей Иоанн Звездинский. Единоверцы обратились к Московскому митрополиту Владимиру (Богоявленскому) с просьбой поставить Николая Ивановича настоятелем на место отца. Но владыка, видя в Звездинском яркие духовные дарования, их желание не исполнил.

Вероятно, в Зосимовой пустыни Николай познакомился с архимандритом Чудова монастыря Арсением (Жадановским) и вскоре стал частым его посетителем. Отец Арсений полюбил скромного, духовно настроенного студента. Беседовал с ним как с другом, живо интересуясь его жизнью.